ゲノムスケールの転写因子結合サイトと遺伝子発現データの統合解析環境の構築

构建基因组规模转录因子结合位点和基因表达数据的集成分析环境

• 批准号: 17710170
• 负责人: 坊農 秀雅
• 金额: $ 2.37万
• 依托单位: Transdisciplinary Research Integration Center (2007)Saitama Medical University (2005-2006)
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-17710170/
• 关键词: ゲノム; バイオインフォマティクス; 遺伝子; 転写因子; マイクロアレイ

前年度から引き続きグノム上の物理的な位置に対して付与されたアノテーションデータを利用するシステムの開発を行った。実際にデータ解析している研究者に広く使ってもらえるよう,インターネット上のウェブページ上から気軽にアクセス可能となる仕組みを検討したが,ゲノム配列の全領域を対象とすることから計算量が多く,また現状では研究テーマ別にプログラムを一部改変する必要があり,ウェブページ上から一般公開して広く使ってもらうには難があるため共同研究者を対象にその利用を図った。それぞれの研究テーマに合ったゲノムアノテーションを組み合わせることで,BiomartやUCSC Table Browserなどのウェブインタフェースで利用可能なデータマイニングツールでは利用不可能なゲノムアノテーションの組み合わせでin silicoな候補領域を検索しその結果を精査してもらった。現在のところデータ解釈の途中であるが,今回の検索によってベンチでの実験回数を減らすことができたばかりでなくこれまで事実上不可能だった候補の領域の選定が実現した。現在in vitro/in vivoでそれらの確認実験が進行中となっている。論文発表とともに,参考にされた候補領域の情報はSupplemental dataとしてインターネット上で公開される予定である。昨年度から課題とされてきたシステムの使い方の文書化に関しては,DAS(Distributed Annotation System)の枠組みを利用して既存のゲノムブラウザー(Ensembl Genome Browserなど)に見たいゲノムアノテーションを表示する方法をこれまでの(Power Pointなどによる)静的なプレゼンテーションから一歩進めて動画としてその使い方を説明する形で作成した。その動画はSaya Matcherのホームページ(http://Saya Matcher.sourceforge.jp/)からアクセス可能となっている。

Before the annual か ら lead き 続 き グ ノ ム の physical な position に し seaborne て give さ れ た ア ノ テ ー シ ョ ン デ ー タ を using す る シ ス テ ム の open 発 を line っ た. Be interstate に デ ー タ parsing し て い る researchers に hiroo く make っ て も ら え る よ う, イ ン タ ー ネ ッ ト on の ウ ェ ブ ペ ー ジ on か ら 気 軽 に ア ク セ ス may と な る blackstone group み を beg し 検 た が, ゲ ノ ム match column の full-scope を like と seaborne す る こ と か ら が く more amount of calculation and ま た status quo で は research テ ー マ don't に プ ロ グ ラ ム を a change - す る will To が あ り, ウ ェ ブ ペ ー ジ on か ら general public し て hiroo く make っ て も ら う に は difficult が あ る た め researchers を together like に seaborne そ の using を 図 っ た. そ れ ぞ れ の research テ ー マ に close っ た ゲ ノ ム ア ノ テ ー シ ョ ン を group み close わ せ る こ と で, Biomart や UCSC Table Browser な ど の ウ ェ ブ イ ン タ フ ェ ー ス で may use な デ ー タ マ イ ニ ン グ ツ ー ル で は use impossible な ゲ ノ ム ア ノ テ ー シ ョ ン の group み close わ せ で in silicoな candidate field を検 Socrates そ <s:1> results を detailed search らった て らった らった. Now の と こ ろ デ ー タ solution 釈 の way で あ る が, today back to の 検 cable に よ っ て ベ ン チ で の be 験 back several を minus ら す こ と が で き た ば か り で な く こ れ ま で things be impossible on だ っ た alternate の の field selected が be presently し た. Now in vitro/in vivoでそれら confirm that the trial が is in progress となって る る る. Paper 発 table と と も に, reference に さ れ の た alternate field intelligence は Supplemental data と し て イ ン タ ー ネ ッ ト で on public さ れ る designated で あ る. Yesterday's annual か ら subject と さ れ て き た シ ス テ ム の make い party の documents に masato し て は, DAS (Distributed Annotation System) の 枠 group み を using し て existing の ゲ ノ ム ブ ラ ウ ザ ー (Ensembl Genome Browser な ど) に see た い ゲ ノ ム ア ノ テ ー シ ョ ン を said す る method を こ れ ま で の (Power Point な ど に よ る) static な プ レ ゼ ン テ ー シ ョ ン か ら one step into め て animation と し て そ の make い を illustrate す る form で made し た. そ の animation は Saya Matcher の ホ ー ム ペ ー ジ (http://Saya Matcher. Sourceforge. Jp /) か ら ア ク セ ス may と な っ て い る.

项目成果

ゲノム情報はこう活かせ!

如何利用基因组信息！

• 发表时间: 2005
• 作者: Takeuchi;Yukari;竹内由香里;Jieun Cheong;Kenji Watanabe et al.;Kento Koketsu et al.;Hiroki Oguri et al.;Yuta Fujita et al.;Yuta Fujita et al.;Hiroki Oguri et al.;Hiroki Oguri et al.;Nakazato T.;坊農 秀雅;Bono H;Bono H;坊農 秀雅;Bono H.;坊農 秀雅;坊農 秀雅;坊農秀雅
• 通讯作者: 坊農秀雅

SayaMatcher : genome scale organization and systematic analysis of nuclear receptor response elements

SayaMatcher：核受体反应元件的基因组规模组织和系统分析

• 发表时间: 2005
• 期刊: Gene 364
• 作者: Takeuchi;Yukari;竹内由香里;Jieun Cheong;Kenji Watanabe et al.;Kento Koketsu et al.;Hiroki Oguri et al.;Yuta Fujita et al.;Yuta Fujita et al.;Hiroki Oguri et al.;Hiroki Oguri et al.;Nakazato T.;坊農 秀雅;Bono H
• 通讯作者: Bono H

ゲノムセントラルな遺伝子発現情報融通システムYUZ(柚子)

基因组-中心基因表达信息共享系统YUZ（柚子）

• 发表时间: 2007
• 作者: Takeuchi;Yukari;竹内由香里;Jieun Cheong;Kenji Watanabe et al.;Kento Koketsu et al.;Hiroki Oguri et al.;Yuta Fujita et al.;Yuta Fujita et al.;Hiroki Oguri et al.;Hiroki Oguri et al.;Nakazato T.;坊農 秀雅;Bono H;Bono H;坊農 秀雅
• 通讯作者: 坊農 秀雅

BioCompass: A Novel Functional Inference Tool that Utilizes MeSH Hierarchy to Analyze Groups of Genes

• 发表时间: 2008
• 期刊: In silico biology
• 作者: Takeru Nakazato;Toru Takinaka;H. Mizuguchi;H. Matsuda;H. Bono;M. Asogawa

マイクロアレイデ「タ統計解析プロトコール

微阵列数据统计分析方案

• 发表时间: 2008
• 作者: Takeuchi;Yukari;竹内由香里;Jieun Cheong;Kenji Watanabe et al.;Kento Koketsu et al.;Hiroki Oguri et al.;Yuta Fujita et al.;Yuta Fujita et al.;Hiroki Oguri et al.;Hiroki Oguri et al.;Nakazato T.;坊農 秀雅;Bono H;Bono H;坊農 秀雅;Bono H.;坊農 秀雅
• 通讯作者: 坊農 秀雅