メタボロミクスを基盤とするシロイヌナズナのゲノム機能科学

基于代谢组学的拟南芥基因组功能科学

• 批准号: 06F06908
• 负责人: 斉藤 和季
• 金额: $ 1.66万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2008
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-06F06908/
• 关键词: メタボローム; トランスクリプトーム; シロイヌナズナ; アントシアニン; 一次代謝; 二次代謝

本研究の目的は、主にモデル植物であるシロイヌナズナの公共的なトランスクリプトームデータベースから、共発現関係にある遺伝子セットを抽出してそれらの機能をメタボローム解析によって解明することである。特に、植物の一次代謝・二次代謝に関係する未知遺伝子の機能を網羅的に決定する。具体的には、組み換えタンパク質の機能発現やT-DNA挿入変異体のメタボローム解析を組み合わせてシロイヌナズナゲノム遺伝子の機能解明を行う。昨年度に引き続き、シロイヌナズナの公共的なトランスクリプトーム共発現データベースから、特にアントシアニン生合成についてストレス応答から転写制御因子PAP1の発現の間に位置すると考えられるシグナル伝達因子の解明を目標にして共発現関係にある複数の遺伝子を抽出した。これらの候補遺伝子にはたんぱく質リン酸化酵素や糖トランスポーターをコードすると考えられる遺伝子などが含まれていた。これらについて、T-DNAやトランスポゾンが挿入された変異体を取得した。一部は、既にホモ接合変異体のメタボローム解析を行った。ここでのメタボローム解析は主に高速液体クロマトグラフィー-質量分析装置によりおこなった。いくつかの新規な遺伝子について解析を進めているが、現在のところ挿入変異体のアントシアニン蓄積表現型が明らかに変化し、遺伝子機能について明確な示唆を与えたものはない。また、シロイヌナズナ植物おいて炭素-窒素バランスの変動により変化する遺伝子と代謝産物の相関性を網羅的に解明する実験系の開発を行った。炭素-窒素バランスの変動により引き起こされるトランスクリプトームデータとしてすでに公表されている公共データの実験例を元に、同条件でのメタボローム変化をガスクロマトグラフィー-質量分析装置によって解析する系を検討して、予備的な分析を行った。

Purpose の this study は, main に モ デ ル plant で あ る シ ロ イ ヌ ナ ズ ナ の public な ト ラ ン ス ク リ プ ト ー ム デ ー タ ベ ー ス か ら, total 発 now masato に あ る heritage 伝 son セ ッ ト を spare し て そ れ ら の function を メ タ ボ ロ ー ム parsing に よ っ て interpret す る こ と で あ る. The に and the に of plant <s:1> primary and secondary metabolism are related to the に determination する of the を network of <s:1> function of する unknown relics 伝. Specific に は, group み in え タ ン パ ク qualitative の function 発 now や scions into - T - DNA variants の メ タ ボ ロ ー ム parsing を group み close わ せ て シ ロ イ ヌ ナ ズ ナ ゲ ノ ム 伝 の function line and interpret を う son. Yesterday's annual に lead き 続 き, シ ロ イ ヌ ナ ズ ナ の public な ト ラ ン ス ク リ プ ト ー ム 発 now total デ ー タ ベ ー ス か ら, に ア ン ト シ ア ニ ン biosynthesis に つ い て ス ト レ ス 応 answer か ら planning write suppression factor PAP1 の 発 is の に position between す る と exam え ら れ る シ グ ナ ル 伝 of factor の interpret を target に し て altogether 発 masato is now に あ る plural The 伝 sub-を of the cultural heritage takes out た. Son こ れ ら の alternate heritage 伝 に は た ん ぱ く qualitative リ ン acidification enzyme や sugar ト ラ ン ス ポ ー タ ー を コ ー ド す る と exam え ら れ る heritage 伝 son な ど が containing ま れ て い た. <s:1> れらに れらに を て て て て and T-DNAやトラ <e:1> スポゾ が が が insert into the された variant を to obtain た. A にホモ, that is, a にホモ conjugative variant, is メタボロ ム ム parses を lines った. こ こ で の メ タ ボ ロ ー ム parsing は main に high-speed liquid ク ロ マ ト グ ラ フ ィ ー - quality analysis device に よ り お こ な っ た. い く つ か の new rules な posthumous son 伝 に つ い て parsing を into め て い る が, now の と こ ろ scions into - variant の ア ン ト シ ア ニ ン accumulation phenotype が Ming ら か に - し, heritage 伝 sub function に つ い て clear な in stopping を and え た も の は な い. ま た, シ ロ イ ヌ ナ ズ ナ plant お い て carbon - smothering バ ラ ン ス の - move に よ り variations change す る posthumous son 伝 と metabolites の phase of masato を snare に interpret す る be 験 started の 発 を line っ た. Carbon element - smothering バ ラ ン ス の - move に よ り lead き up こ さ れ る ト ラ ン ス ク リ プ ト ー ム デ ー タ と し て す で に male table さ れ て い る public デ ー タ の be を yuan に 験 cases, with conditions で の メ タ ボ ロ ー ム variations change を ガ ス ク ロ マ ト グ ラ フ ィ ー - quality analysis device に よ っ て parsing す る department を beg し 検 を line っ て, to prepare な analysis た.