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メタボロミクスを基盤とするシロイヌナズナのゲノム機能科学

基于代谢组学的拟南芥基因组功能科学

基本信息

批准号：
06F06908
负责人：
斉藤和季
金额：
$ 1.66万
依托单位：
The Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2006
资助国家：
日本
起止时间：
2006 至 2008
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究の目的は、主にモデル植物であるシロイヌナズナの公共的なトランスクリプトームデータベースから、共発現関係にある遺伝子セットを抽出してそれらの機能をメタボローム解析によって解明することである。特に、植物の一次代謝・二次代謝に関係する未知遺伝子の機能を網羅的に決定する。具体的には、組み換えタンパク質の機能発現やT-DNA挿入変異体のメタボローム解析を組み合わせてシロイヌナズナゲノム遺伝子の機能解明を行う。昨年度に引き続き、シロイヌナズナの公共的なトランスクリプトーム共発現データベースから、特にアントシアニン生合成についてストレス応答から転写制御因子PAP1の発現の間に位置すると考えられるシグナル伝達因子の解明を目標にして共発現関係にある複数の遺伝子を抽出した。これらの候補遺伝子にはたんぱく質リン酸化酵素や糖トランスポーターをコードすると考えられる遺伝子などが含まれていた。これらについて、T-DNAやトランスポゾンが挿入された変異体を取得した。一部は、既にホモ接合変異体のメタボローム解析を行った。ここでのメタボローム解析は主に高速液体クロマトグラフィー-質量分析装置によりおこなった。いくつかの新規な遺伝子について解析を進めているが、現在のところ挿入変異体のアントシアニン蓄積表現型が明らかに変化し、遺伝子機能について明確な示唆を与えたものはない。また、シロイヌナズナ植物おいて炭素-窒素バランスの変動により変化する遺伝子と代謝産物の相関性を網羅的に解明する実験系の開発を行った。炭素-窒素バランスの変動により引き起こされるトランスクリプトームデータとしてすでに公表されている公共データの実験例を元に、同条件でのメタボローム変化をガスクロマトグラフィー-質量分析装置によって解析する系を検討して、予備的な分析を行った。

The purpose of this study is to extract and analyze the common characteristics of plants and their co-occurrence relationships. The relationship between primary metabolism and secondary metabolism of plants is unknown. The function of T-DNA fusion protein is analyzed by the method of combination and function analysis. Last year, we introduced a new method for the identification of common genes, such as gene expression, gene expression The candidate gene is the enzyme that causes the disease. This is the first time that T-DNA has been acquired. A part of the joint is the analysis of the joint. High speed liquid analysis equipment The expression pattern of accumulation of new genes and their functions is clearly indicated by the analysis of new genes and their functions. The development of a system for understanding the correlation between genes and metabolites in plant carbon-containing enzymes is under way. The carbon-based carbon