课题基金 / 基金详情

哺乳類ゲノムにおけるレトロポゾン由来の高度保存配列の同定と機能解析

哺乳類ゲノムにおけるレトロポゾン由来の高度保存配列の同定と機能解析
哺乳动物基因组中反座子高度保守序列的鉴定和功能分析
批准号：
07F07423
负责人：
岡田 典弘
金额：
$1.79万
依托单位：
Tokyo Institute of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2007
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2007 至 2008
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-07F07423/
关键词：
SINEレトロポゾンexaptation哺乳類ゲノム高度保存領域

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项目成果

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本研究課題の研究目的は、バイオインフォマティクスの技術を活かして哺乳類ゲノムで高度に保存された新規SINEおよびLINEを包括的に探索することである。これにより、どれほど多くの反復配列が哺乳類ゲノム中で機能を獲得したのか、それらがどのような遺伝子の発現制御に関与しているのか、そしてレトロポゾンの機能獲得が哺乳類の形態進化にどのような影響を及ぼしたのかについての解明に繋がると期待される。まず、様々な哺乳類ゲノムの比較から得られた多数の保存領域およびタンパク質コード領域データを参照し、非コード保存領域のデータセットを独自に抽出した。さらにヒトゲノム内部における相同領域データ、すなわち複数コピー存在する短いゲノム領域のデータを抽出し、これを新規反復配列の発見の手掛かりとした。最後にバックグラウンドとなる既知のレトロポゾン配列データを除き、これらのデータを相互比較することで、非コード領域において進化的に保存された反復配列を100種類以上発見することに成功した。個々のエレメントに関して詳細なアラインメントをおこないその由来の解明を試みたが、現在のところ、明確にSINEもしくはLINEに由来する配列は発見されていない。しかしながら哺乳類ゲノムには多数の未知の反復配列が存在し、いずれも種間で非常に保存性が高いという事実は、SINEやLINEなど既知のレトロポゾンのみならず、他にも多くの反復配列がゲノム進化に大きな影響を及ぼしたことを示唆している。その点で本研究は哺乳類のゲノム進化学において非常に重要な知見を与えたと考えられる。
期刊论文(0)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
The amphioxus genome illuminates vertebrate origins and cephalochordate biology
DOI： 10.1101/gr.073676.107
发表时间： 2008-07-01
期刊： GENOME RESEARCH
影响因子： 7
作者： [Holland, Linda Z., Albalat, Ricard, Holland, Peter W. H.]
通讯作者： Holland, Peter W. H.
生物多様性獲得の分子機構
  • 批准号：
    21247038
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
  • 资助金额：
    $10.73万
  • 财政年份：
    2009
  • 负责人：
    岡田 典弘
  • 依托单位：
    Tokyo Institute of Technology
Sauria SINEの挿入を指標としたヘビ類の起源解明
  • 批准号：
    06F06184
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
  • 资助金额：
    $1.54万
  • 财政年份：
    2006
  • 负责人：
    岡田 典弘
  • 依托单位：
    Tokyo Institute of Technology
SINE挿入を指標とした翼手目ヒナコウモリ科内部の系統解析
  • 批准号：
    05F05182
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
  • 资助金额：
    $1.54万
  • 财政年份：
    2005
  • 负责人：
    岡田 典弘
  • 依托单位：
    Tokyo Institute of Technology
LINE逆転写酵素によるRNA3,末端配列の認識機構
  • 批准号：
    14035218
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 资助金额：
    $2.05万
  • 财政年份：
    2002
  • 负责人：
    岡田 典弘
  • 依托单位：
    Tokyo Institute of Technology
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