权益分类	功能权益	普通用户	{{item.name}}会员
{{category.name}}	{{benefitItem.name}}

哺乳類ゲノムにおけるレトロポゾン由来の高度保存配列の同定と機能解析

哺乳动物基因组中反座子高度保守序列的鉴定和功能分析

基本信息

批准号：
07F07423
负责人：
岡田典弘
金额：
$ 1.79万
依托单位：
Tokyo Institute of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2007
资助国家：
日本
起止时间：
2007 至 2008
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-07F07423/
关键词：
SINE レトロポゾン exaptation 哺乳類ゲノム高度保存領域

项目摘要

本研究課題の研究目的は、バイオインフォマティクスの技術を活かして哺乳類ゲノムで高度に保存された新規SINEおよびLINEを包括的に探索することである。これにより、どれほど多くの反復配列が哺乳類ゲノム中で機能を獲得したのか、それらがどのような遺伝子の発現制御に関与しているのか、そしてレトロポゾンの機能獲得が哺乳類の形態進化にどのような影響を及ぼしたのかについての解明に繋がると期待される。まず、様々な哺乳類ゲノムの比較から得られた多数の保存領域およびタンパク質コード領域データを参照し、非コード保存領域のデータセットを独自に抽出した。さらにヒトゲノム内部における相同領域データ、すなわち複数コピー存在する短いゲノム領域のデータを抽出し、これを新規反復配列の発見の手掛かりとした。最後にバックグラウンドとなる既知のレトロポゾン配列データを除き、これらのデータを相互比較することで、非コード領域において進化的に保存された反復配列を100種類以上発見することに成功した。個々のエレメントに関して詳細なアラインメントをおこないその由来の解明を試みたが、現在のところ、明確にSINEもしくはLINEに由来する配列は発見されていない。しかしながら哺乳類ゲノムには多数の未知の反復配列が存在し、いずれも種間で非常に保存性が高いという事実は、SINEやLINEなど既知のレトロポゾンのみならず、他にも多くの反復配列がゲノム進化に大きな影響を及ぼしたことを示唆している。その点で本研究は哺乳類のゲノム進化学において非常に重要な知見を与えたと考えられる。

The research purpose of this research topic is the technology of living and breathing mammalsムで高にSavedされたNew regulations SINEおよびLINEをincluded にExplore することである.これにより、どれほど多くの Repeated combination of mammal ゲノム中で Function をObtained the したのか, それらがどのような缝子の発existing system and the に关 and しているのか、そしてレトロポゾンの Function acquisition が Mammal morphological evolution にどのような Impact を and ぼしたのかについての解明に Department がるとLook forward to される.まず、様々なMammalsゲノムのComparisonからgetられたMost preservation areasおよびタンパクquality The field of コード field is used for reference, and the field of non-コード saved field is used for drawing alone.さらにヒトゲノム internal における same field データ, すなわち plural コピーexistent する Short The field of いゲノムのデータをdraws out し, and the new rules of これを are repeated and arranged の発见のhandhang かりとした. Finally, the にバックグラウンドとなる known のレトロポゾン arrangement データをexcept き, これらのデータを mutual comparison するThe one that has evolved from the non-コード domain, the one that has been saved, has been repeatedly arranged, and more than 100 types have been successfully maintained. 々のエレメントに关してDetailsなアラインメントをおこないそのの解明をtrialみたが, present のところ, clear にSINE もしくは LINE に origin する配 rank は発见されていない.しかしながらMammals ゲノムにはMost of the unknown の Repeated arrangement がExistence し, いずれもInterspecies でvery にPreservation がHigh いという事実は, SINE やLINEなど知のレトロポゾンのみならず、他にも多くの Repeat It is matched with the evolution of the がゲノムに大きなeffectを and the ぼしたことをshows the instigation している. The point of this study is that the evolution of mammals is very important, and the knowledge and insights are very important.