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哺乳類ゲノムにおけるレトロポゾン由来の高度保存配列の同定と機能解析

哺乳动物基因组中反座子高度保守序列的鉴定和功能分析

基本信息

批准号：
07F07423
负责人：
岡田典弘
金额：
$ 1.79万
依托单位：
Tokyo Institute of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2007
资助国家：
日本
起止时间：
2007 至 2008
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-07F07423/
关键词：
SINE レトロポゾン exaptation 哺乳類ゲノム高度保存領域

项目摘要

本研究課題の研究目的は、バイオインフォマティクスの技術を活かして哺乳類ゲノムで高度に保存された新規SINEおよびLINEを包括的に探索することである。これにより、どれほど多くの反復配列が哺乳類ゲノム中で機能を獲得したのか、それらがどのような遺伝子の発現制御に関与しているのか、そしてレトロポゾンの機能獲得が哺乳類の形態進化にどのような影響を及ぼしたのかについての解明に繋がると期待される。まず、様々な哺乳類ゲノムの比較から得られた多数の保存領域およびタンパク質コード領域データを参照し、非コード保存領域のデータセットを独自に抽出した。さらにヒトゲノム内部における相同領域データ、すなわち複数コピー存在する短いゲノム領域のデータを抽出し、これを新規反復配列の発見の手掛かりとした。最後にバックグラウンドとなる既知のレトロポゾン配列データを除き、これらのデータを相互比較することで、非コード領域において進化的に保存された反復配列を100種類以上発見することに成功した。個々のエレメントに関して詳細なアラインメントをおこないその由来の解明を試みたが、現在のところ、明確にSINEもしくはLINEに由来する配列は発見されていない。しかしながら哺乳類ゲノムには多数の未知の反復配列が存在し、いずれも種間で非常に保存性が高いという事実は、SINEやLINEなど既知のレトロポゾンのみならず、他にも多くの反復配列がゲノム進化に大きな影響を及ぼしたことを示唆している。その点で本研究は哺乳類のゲノム進化学において非常に重要な知見を与えたと考えられる。

In this study, the purpose of this study is related to the purpose of this study, and the purpose of this study is to preserve the exploration and exploration included in the new SINE, which is included in the new LINE. In order to improve the performance of breast-feeding, the information system can be used to improve the performance of mammalian equipment. In this way, it is necessary to ensure that the system can improve the performance of mammalian animals. In recent years, most of the mammals have been able to save the field, the reference in the field, and the reference in the field, while those in the non-field have been isolated. In the same field, the number of complex data exists in the same area. There is a shortage of data in the field, such as extraction, anti-allocation of new regulations, and so on. At the end of the day, it is known that there are more than 100 categories of information in the field of conservation, such as the elimination of information, the comparison of each other, and the improvement of information in the field of non-investment. The reason for this is to understand the origin of the SINE, the current situation, and the origin of the LINE. In most cases of breast cancer, most of them do not know about the existence of anti-configuration, the existence of high-security, high-security, high- In this study, it is very important for mammalian animals to gain insight and knowledge.