Simulation of inclusion complex formation and molecular recognition of cyclodextrin

环糊精包合物形成模拟及分子识别

• 批准号: 19740261
• 负责人: URAKAMI Naohito
• 金额: $ 1.87万
• 依托单位: Yamaguchi University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19740261/
• 关键词: 計算物理; 超分子化学; 自己組織化; 分子認識; ナノ材料; 計算物理学

I developed coarse grained models of cyclodextrin and polymer chain to investigate the inclusion complex process. By carrying out Brownian dynamics simulation using the models, the formation of the inclusion complex was reproduced, and the mechanism of pseudopolyrotaxane formation was revealed. Moreover, I observed two kinds of motions-oscillating motion and shifting motion, after the formation of pseudopolyrotaxane. These two kinds of motions result in random walk of cyclodextrin along polymer chain. I also reproduced the chain length recognition observed in formation of inclusion complex. My simulation results indicated that the difference in the inclusion time between the cyclodextrins and the polymer chains controls chain length recognition.

我开发了环糊精和聚合物链的粗粒模型，以研究包含复合物过程。通过使用模型进行布朗动力学模拟，重现了包含复合物的形成，并揭示了伪poly虫形成的机理。此外，我观察到了伪辣椒二烷形成后两种运动振荡运动和移动运动。这两种运动导致沿聚合物链的环糊精随机步行。我还重现了在包含复合物的形成中观察到的链长识别。我的仿真结果表明，环糊精和聚合物链之间的包含时间差异控制链长度识别。

项目成果

環状分子による鎖長認識メカニズムの解析

环状分子链长识别机制分析

• 发表时间: 2009
• 作者: 浦上直人;他
• 通讯作者: 他

ナノサイズベシクルにおける脂質ドメインの融合と分裂過程

纳米囊泡中脂质结构域的融合和裂变过程

• 发表时间: 2008
• 作者: 緒方祐介;他
• 通讯作者: 他

シクロデキストリンの鎖長認識メカニズムの解析

环糊精链长识别机制分析

• 发表时间: 2008
• 作者: 今田絢子;他
• 通讯作者: 他

The Molecular Dynamics Simulation of Inclusion Complex Formation

包合物形成的分子动力学模拟

• 发表时间: 2007
• 作者: N. Urakami;J. Imada;T. Yamamoto
• 通讯作者: T. Yamamoto

包接化合物の安定性による鎖長認識メカニズムの解明

基于笼形化合物稳定性的链长识别机制的阐明

• 发表时间: 2007
• 作者: 浦上直人;今田絢子;山本隆
• 通讯作者: 山本隆