アンチセンスRNAによる概日リズムおよび非生物的ストレス応答の制御機構の解明

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環境ストレス(乾燥、低温、塩)やABA処理条件下でのタイリングアレイデータ(Matsui et al. 2008)およびSteve Kayグループの概日リズム応答に関するタイリングアレイデータ(Hazen et al. 2009)を用いてデータ解析を行った。その結果、乾燥・塩などのストレスやABAに応答し、かつ概日リズムにも応答する遺伝子の内、概日リズム応答性のアンチセンスRNAが蓄積しているものはほんの一部であった。一方で、低温ストレスと概日リズムの両方に応答する遺伝子においては、概日リズム応答性のアンチセンスRNAが蓄積するものが幾らか存在していた。その中には、低温などの環境ストレスにより誘導される遺伝子としてよく知られているRD29A遺伝子および概日リズム制御の主要な因子であるLHYおよびCCA1遺伝子が存在していた。本研究ではLHYおよびCCA1遺伝子に解析対象を絞って進めた。まず、アンチセンスRNAの概日リズム依存的な発現プロファイル検出を目指して鎖特異的なRT-PCRの条件検討およびアンチセンスRNAのクローニングを目指してRACE-PCR条件の至適化を進めた。また、近年クロマチンリモデリングが概日リズム応答の制御に関与する事が示唆されてきている。上記アレイデータを用いて概日リズムにより発現制御されるクロマチンリモデリング関与遺伝子の候補を幾つか同定した。それら遺伝子のT-DNA挿入変異株を選抜し、野生株と異なる概日リズムを有する変異体を迅速に同定するためCCA1:LUCのトランスジェニック植物系統との交配を進めた。さらに、概日リズム解析のためのクロマチン免疫沈降実験のプロトコールの至適化を行った。今後、野生株と異なる概日リズムを有する変異体を同定し、変異体におけるクロマチン動態の解析を行う予定である。