シロイヌナズナ完全長cDNAマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析

使用拟南芥全长 cDNA 微阵列进行基因表达分析

• 批准号: 15011264
• 负责人: 関 原明
• 金额: $ 3.52万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15011264/
• 关键词: シロイヌナズナ; cDNAマイクロアレイ; 完全長cDNA; ストレス応答; シグナル伝達; プロモーター

本研究では、モデル高等植物のシロイヌナズナを用い、シロイヌナズナDNAマイクロアレイを用いた解析により、種々のストレス、ホルモンに応答する遺伝子等を単離、同定する。同定された遺伝子に関してプロモーター解析を行う。これまでに単離した約7000個のシロイヌナズナ完全長cDNAクローンを用いて完全長cDNAマイクロアレイを作製し、乾燥,低温、塩などの種々のストレスまたはABAなどの種々のホルモン処理、種々の変異体やトランスジェニック植物など200種類以上の異なる条件下での発現プロファイル解析を行った。論文発表したものの幾つかに関しては発現データを公開した。アレイ解析により乾燥2時間後の再吸水処理により応答する遺伝子を152個同定した。同定された誘導性遺伝子に関して再吸水処理過程での発現パターンについて解析し、再吸水処理直後には、"細胞の乾燥ストレス状態からの解放"に関わる遺伝子が機能し、やがて、後期になって、"光合成や植物生長などの再開"に関わる遺伝子が機能する事を明らかにした。再吸水処理誘導性遺伝子の中には、乾燥ストレスにより発現誘導されるもの、発現が抑制されるもの、発現に変化がないものの3つのグループが存在することを明らかにした。再吸水処理誘導性遺伝子と無処理植物体を単に水に移すという処理で発現誘導される遺伝子とをベン図解析して、再吸水処理誘導性遺伝子の中には1)単に水に移すという処理でも発現誘導される遺伝子(細胞内の浸透圧変化の調節に関与するもの)と、2)単に水に移すという処理では発現誘導されない遺伝子(乾燥ストレスにより生じたダメージの修復に関与するもの)、の2つのグループが存在することを明らかにした。さらに再吸水処理誘導性遺伝子のプロモーター解析の結果、再吸水処理による発現誘導に関与する新規なシス配列の存在が示唆された。

In this study, the isolation and identification of higher plant DNA fragments were studied. The same is true for the analysis of the data. The complete cDNA sequence of about 7000 species is processed, dried, and stored at low temperatures and temperatures. The sequence is analyzed under conditions of ABA treatment, plant species differentiation, and more than 200 species of plants. The paper is published in the public domain. After drying for 2 hours, the re-absorption treatment was carried out in 152 samples. At the same time, induction gene is related to the discovery of protein in the process of reabsorption treatment, and the function of gene in the process of reabsorption treatment is related to the release of cell drying state. The re-absorption treatment induced the formation of the protein in the medium, drying the medium, forming the medium and forming the medium. Reabsorption treatment induced genes and untreated plants in the presence of water migration, treatment induced genes, analysis, reabsorption treatment induced genes in the presence of water migration, treatment induced genes (2) Infiltration of intracellular pressure and regulation of the relationship between the two),(2) water transfer and treatment of the development of induced protein (drying of the process, production of the relationship between the two),(2) the existence of the relationship between the two). The results of the analysis of re-absorption induced genes and the existence of new gene combinations during re-absorption treatment were also reported.

项目成果

Seki et al.: "RIKEN Arabidopsis full-length (RAFL) cDNA and its application for expression profiling under abiotic stress conditions."Journal of Experimental Botany. 55. 213-223 (2004)

Seki 等人：“RIKEN 拟南芥全长 (RAFL) cDNA 及其在非生物胁迫条件下表达谱分析的应用。”实验植物学杂志。

Oono et al.: "Monitoring expression profiles of Arabidopsis gene expression during rehydration process after dehydration using ca.7000 full-length cDNA microarray."Plant Journal. 34. 868-887 (2003)

Oono 等人：“使用 ca.7000 全长 cDNA 微阵列监测脱水后补水过程中拟南芥基因表达的表达谱。”植物杂志。

Urano et al.: "Characterization of Arabidopsis genes involved in biosynthesis of polyamines in abiotic stress responses and developmental stages."Plant Cell and Environment. 26. 1917-1926 (2003)

Urano等人：“拟南芥基因在非生物胁迫反应和发育阶段参与多胺生物合成的表征。”植物细胞和环境。

Takahashi: "Expression and interaction analysis of Arabidopsis Skp1-related genes."Plant and Cell Physiology. 45. 83-91 (2004)

Takahashi：“拟南芥 Skp1 相关基因的表达和相互作用分析。”植物和细胞生理学。

Seki et al.: "Molecular responses to drought, salinity and frost : common and different paths for plant protection."Current Opinion in Biotechnology. 14. 194-199 (2003)

Seki 等人：“对干旱、盐度和霜冻的分子反应：植物保护的常见和不同途径。”生物技术的当前观点。