シロイヌナズナ完全長cDNAマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析

使用拟南芥全长 cDNA 微阵列进行基因表达分析

基本信息

批准号：
12202056
负责人：
関原明
金额：
--
依托单位：
The Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2000
资助国家：
日本
起止时间：
2000 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究ではモデル高等植物のシロイヌナズナを用い、シロイヌナズナ完全長cDNAマイクロアレイを用いた解析により、種々のストレス、ホルモンおよび光に応答する遺伝子や種々の植物組織特異的に発現する遺伝子等を単離、同定する。同定された遺伝子に関して全長cDNAの塩基配列の決定およびプロモーター解析(シス配列の検索など)を行う。ビオチン化cap trapper法によりシロイヌナズナの完全長cDNAライブラリーをこれまでに9種類作製し、これまでに約15,000個のcDNAクローンを単離した。それらをクラスタリングしたところ、約7500個の独立したcDNAグループに分類された。マイクロアレイ解析の最初の実験として単離したクローンの内、約1300個の独立したクローンを含むマイクロアレイ(ver.1)を作製し、乾燥、低温ストレスに応答する遺伝子や乾燥、低温ストレス耐性に関与する転写因子DREB1AのTarget遺伝子を調べる研究を行った。その結果、これまでに乾燥誘導性遺伝子を44個、低温誘導性遺伝子を19個、転写因子DREB1AのTarget遺伝子を12個同定した。その内、新規な乾燥または低温誘導性遺伝子およびDREB1A Target遺伝子は各々30個、10個、6個存在していた。同定されたDREB1AのTarget遺伝子の内、ゲノム配列が報告されている11個についてゲノム配列との比較によりプロモーター配列を調べたところ、すべての遺伝子においてDREB1Aの結合に関与する、9bpのシス配列DREまたはCCGACのコア配列が存在しており、これら11個の遺伝子はDREB1AのTarget遺伝子であることが示唆された。また、これまでに単離した約7500クローンを含むcDNAマイクロアレイ(ver.2)を作製し、それを用いた解析を現在進めている。

在这项研究中，使用了较高的植物拟南芥，使用拟南芥全长cDNA微阵列进行分析，用于隔离和鉴定对各种植物组织中特异性表达的各种应力，激素和光以及基因响应的基因。确定全长cDNA的核苷酸序列，并对鉴定基因进行启动子分析（例如搜索顺式序列）。到目前为止，已经由生物素化的帽捕获器方法制备了9个拟南芥全长cDNA文库，到目前为止，已经分离出了大约15,000个cDNA克隆。它们被聚集在大约7500个独立的cDNA基团中。作为微阵列分析的第一个实验，我们准备了一个包含大约1,300个独立克隆的微阵列（VER.1），并研究了对干燥和冷应激响应的靶基因，以及DREB1A的靶基因，DREB1A的靶基因，这是一种参与干燥和冷应激性的转录因子。结果，到目前为止，已经鉴定出44个干诱导基因，19个冷诱导基因和12个转录因子DREB1A的靶基因。其中，分别存在30、10和6新的干燥或冷诱导基因和DREB1A靶基因。在已鉴定的DREB1A靶基因中，其中11个报告了基因组序列，并将启动子序列与基因组序列进行了比较，并提出存在9 bp cis semence dre或CCGAC序列DRE或CCGAC核心序列涉及所有基因的DREB1A结合，表明所有11个基因是这些基因的dreeb1a。此外，我们已经制作了一个cDNA微阵列（Ver.2），该微阵列（VER.2）迄今为止分离了大约7500个克隆，目前正在使用此分析进行分析。