シロイヌナズナ完全長cDNAマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析

使用拟南芥全长 cDNA 微阵列进行基因表达分析

• 批准号: 12202056
• 负责人: 関 原明
• 金额: --
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2000 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12202056/
• 关键词: シロイヌナズナ; 完全長cDNA; cDNAマイクロアレイ; 乾燥ストレス; 低温ストレス; DREBIA; プロモーター解析

本研究ではモデル高等植物のシロイヌナズナを用い、シロイヌナズナ完全長cDNAマイクロアレイを用いた解析により、種々のストレス、ホルモンおよび光に応答する遺伝子や種々の植物組織特異的に発現する遺伝子等を単離、同定する。同定された遺伝子に関して全長cDNAの塩基配列の決定およびプロモーター解析(シス配列の検索など)を行う。ビオチン化cap trapper法によりシロイヌナズナの完全長cDNAライブラリーをこれまでに9種類作製し、これまでに約15,000個のcDNAクローンを単離した。それらをクラスタリングしたところ、約7500個の独立したcDNAグループに分類された。マイクロアレイ解析の最初の実験として単離したクローンの内、約1300個の独立したクローンを含むマイクロアレイ(ver.1)を作製し、乾燥、低温ストレスに応答する遺伝子や乾燥、低温ストレス耐性に関与する転写因子DREB1AのTarget遺伝子を調べる研究を行った。その結果、これまでに乾燥誘導性遺伝子を44個、低温誘導性遺伝子を19個、転写因子DREB1AのTarget遺伝子を12個同定した。その内、新規な乾燥または低温誘導性遺伝子およびDREB1A Target遺伝子は各々30個、10個、6個存在していた。同定されたDREB1AのTarget遺伝子の内、ゲノム配列が報告されている11個についてゲノム配列との比較によりプロモーター配列を調べたところ、すべての遺伝子においてDREB1Aの結合に関与する、9bpのシス配列DREまたはCCGACのコア配列が存在しており、これら11個の遺伝子はDREB1AのTarget遺伝子であることが示唆された。また、これまでに単離した約7500クローンを含むcDNAマイクロアレイ(ver.2)を作製し、それを用いた解析を現在進めている。

In this study, we identified and identified the plant tissue-specific expression of the complete cDNA in higher plants. Determination and analysis of nucleotide sequence of full-length cDNA The complete cDNA sequence is composed of nine species and approximately 15,000 cDNA sequences. About 7500 unique cDNA fragments were classified. The initial analysis of DREB1A was carried out in about 1300 individual DREB1A samples, including DREB1A Target genes, which were controlled, dried, and subjected to cold stress. The results showed that there were 44 dried-induced genes, 19 cold-induced genes, 12 target genes and DREB1A genes in the same sequence. There are 30, 10, and 6 low-temperature-induced genes in the inner, new, and dry regions, respectively. In the same way, DREB1A's target gene has 11 genes that are assigned to DREB1A's target gene. In the same way, DREB1A's target gene has 11 genes that are assigned to DREB1A's target gene. In the same way, DREB1A's target gene has 9bp that is assigned to DREB1A's target gene. About 7500 copies of cDNA were produced and analyzed.

项目成果

篠崎一雄 他: "シロイヌナズナの機能解析、ポストシークエンスのゲノム科学"中山書店(in press). (2001)

Kazuo Shinozaki 等：“拟南芥功能分析，测序后基因组科学”Nakayama Shoten（出版中）。

Seki et al.: "Arabidopsis encyslopedia using full-length cDNAs and its application"Plant Physiology and Biochemistry. 39(in press). (2001)

Seki 等人：“使用全长 cDNA 的拟南芥百科全书及其应用”植物生理学和生物化学。

Nakashima et al.: "Organization and expression of two Arabidopsis DREB2 genes encoding DRE-binding proteins involved in dehydration- and high-salinity-responsive gene expression"Plant Molecular Biology. 42. 657-665 (2000)

Nakashima 等人：“编码参与脱水和高盐度响应基因表达的 DRE 结合蛋白的两个拟南芥 DREB2 基因的组织和表达”植物分子生物学。

Seki et al.: "Monitoring the expression pattern of 1300 Arabidopsis genes under drought and cold stresses using full-length cDNA microarray"Plant Cell. 13(in press). (2001)

Seki 等人：“使用全长 cDNA 微阵列监测 1300 个拟南芥基因在干旱和冷胁迫下的表达模式”Plant Cell。

篠崎一雄 他: "シロイヌナズナゲノム上に同定された転写因子の遺伝子、植物ゲノム機能のダイナミズム"シュプリンガー、フェアラーク東京株式会社(in press). (2001)

Kazuo Shinozaki 等：“拟南芥基因组中鉴定的转录因子基因和植物基因组功能的动态”Springer，Verlag Tokyo Co., Ltd.（印刷中）。