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シロイヌナズナDNAマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析

使用拟南芥 DNA 微阵列进行基因表达分析

基本信息

批准号：
16011266
负责人：
関原明
金额：
$ 4.48万
依托单位：
The Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、モデル高等植物のシロイヌナズナを用い、シロイヌナズナDNAマイクロアレイを用いた解析により、種々のストレス、ホルモンに応答する遺伝子等を単離、同定する。同定された遺伝子に関してプロモーター解析を行う。約7000個のシロイヌナズナ完全長cDNAクローンを含むcDNAマイクロアレイやアジレント22Kオリゴアレイを用いて、種々のストレスやホルモン処理、種々の組織、種々の変異体やトランスジェニック植物など約300種類の異なる条件下での発現プロファイル解析を行った。論文発表したものの幾つかに関しては発現データを公開した。アジレント22Kオリゴアレイなどを用いて、低温馴化および低温脱馴化過程での遺伝子発現プロファイル解析を行った。その結果、低温馴化過程で発現誘導される遺伝子の多くは脱馴化過程で発現が減少する事、および脱馴化過程で発現誘導される遺伝子の多くは低温馴化過程では発現誘導されないことがわかった。また、ラフィノースの合成に関与するガラクチノール合成酵素遺伝子(AtGolS3)やマルトースの合成に関与するβ-アミラーゼ遺伝子(At4g17090)などが植物の耐凍性獲得に主要な役割を果たしていることが示唆された。また、シス・トランス因子を迅速に同定していく上で、プロモーターをカタログ化する事が重要である。これまでにマイクロアレイ解析により同定したストレス誘導性遺伝子約600個に関して、プロモーター断片のサブクローニング、プロモーター+GUS(LUC)のベクターコンストラクトの作製、アグロバクテリウムへの形質転換を行った。今後、プロモーター+GUS(LUC)のトランスジェニック植物の作製、GUS(LUC)遺伝子の発現解析、シス配列の探索を行う予定である。

In this study, the isolation and identification of higher plant DNA fragments were studied. The same is true for the analysis of the data. About 7000 complete cDNA fragments were analyzed at 22K for the development of plants, species, and tissues under different conditions. About 300 species of plants were analyzed under different conditions. The paper is published in the public domain. The analysis of the evolution of the protein in the process of low temperature acclimation and low temperature acclimation was carried out at 22K. As a result, induction occurs during cold acclimation, and many of them decrease during cold acclimation. Induction occurs during cold acclimation. The synthesis of the enzyme gene (AtGolS3) is related to the synthesis of the enzyme gene (At4g17090), which is the main factor in the acquisition of plant freezing tolerance. It is important to quickly adjust the parameters of the system. The results showed that there were about 600 related genes in the analysis of the gene, including the gene fragment, gene fragment, gene fragment +GUS(LUC) gene fragment, gene fragment and gene transformation. In the future, plant production, GUS(LUC) gene discovery analysis and GUS(LUC) gene alignment exploration will be scheduled.

项目成果

期刊论文数量（73）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

Construction of a full-length cDNA library from young spikelets of hexaploid wheat and its characterization by large-scale sequencing of expressed sequence tags

DOI：
10.1266/ggs.79.227
发表时间：
2004-08-01
期刊：
GENES & GENETIC SYSTEMS
影响因子：
1.1
作者：
Ogihara, Y;Mochida, K;Yamazaki, Y
通讯作者：
Yamazaki, Y

Identification of ASK and clock-associated proteins as molecular partners of LKP2 (LOV kelch protein 2) in Arabidopsis.

DOI：
10.1093/jxb/erh226
发表时间：
2004-09
期刊：
Journal of experimental botany
影响因子：
6.9
作者：
M. Yasuhara;Shunya Mitsui;H. Hirano;Rieko Takanabe;Y. Tokioka;N. Ihara;Akihiro Komatsu;M. Seki;K. Shinozaki;T. Kiyosue
通讯作者：
M. Yasuhara;Shunya Mitsui;H. Hirano;Rieko Takanabe;Y. Tokioka;N. Ihara;Akihiro Komatsu;M. Seki;K. Shinozaki;T. Kiyosue

Solution structure of the WRKY DNA-binding domain.

WRKY DNA 结合结构域的溶液结构。

DOI：
发表时间：
2005
期刊：
Plant Cell (印刷中)
影响因子：
0
作者：
Ndhlovu;L.C.;Ishii;N.ほか;Sato-Nara et al.;Sakurai et al.;Yamasaki et al.
通讯作者：
Yamasaki et al.

Solution structure of the B3 DNA domain of the Arabidopsis cold-responsive transcription factor RAV1.

拟南芥冷响应转录因子 RAV1 的 B3 DNA 结构域的溶液结构。

DOI：
发表时间：
2004
期刊：
Plant Cell 16
影响因子：
0
作者：
Ndhlovu;L.C.;Ishii;N.ほか;Sato-Nara et al.;Sakurai et al.;Yamasaki et al.;Pantoja-Uceda et al.;Hiraguri et al.;Yoshitani et al.;関原明他;Seki et al.;Narusaka et al.;Takahashi et al.;Chini et al.;Narusaka et al.;Maruyama et al.;Tran et al.;Fujita et al.;Iida et al.;Taji et al.;Nagashima et al.;Yamasaki et al.
通讯作者：
Yamasaki et al.

Folate synthesis in plants : The p-aminobenzoate branch is initiated by a bifunctional PabA-PabB protein that is targeted to plastids

植物中的叶酸合成：对氨基苯甲酸酯分支由针对质体的双功能 PabA-PabB 蛋白启动

DOI：
发表时间：
2004
期刊：
Proc.Natl.Acad.Sci. USA 101
影响因子：
0
作者：
Ndhlovu;L.C.;Ishii;N.ほか;Sato-Nara et al.;Sakurai et al.;Yamasaki et al.;Pantoja-Uceda et al.;Hiraguri et al.;Yoshitani et al.;関原明他;Seki et al.;Narusaka et al.;Takahashi et al.;Chini et al.;Narusaka et al.;Maruyama et al.;Tran et al.;Fujita et al.;Iida et al.;Taji et al.;Nagashima et al.;Yamasaki et al.;Yamasaki et al.;Ogihara et al.;Hunt et al.;Basset et al.;Higuchi et al.;Sawasaki et al.;Pantoja-Uceda et al.;Lopez-Mendez et al.;Zhao et al.;Suzuki et al.;Takahashi et al.;Bassel at al.
通讯作者：
Bassel at al.