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シロイヌナズナ完全長cDNAマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析

使用拟南芥全长 cDNA 微阵列进行基因表达分析

基本信息

批准号：
13202075
负责人：
関原明
金额：
$ 3.39万
依托单位：
The Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2001
资助国家：
日本
起止时间：
2001 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、モデル高等植物のシロイヌナズナを用い、シロイヌナズナ完全長cDNAマイクロアレイを用いた解析により、種々のストレス、ホルモンおよび光に応答する遺伝子や種々の植物組織特異的に発現する遺伝子等を単離、同定する。同定された遺伝子に関してプロモーター解析(シス配列の検索など)を行う。ビオチン化cap trapper法によりシロイヌナズナの完全長cDNAライブラリーをこれまでに19種類作製し、これまでに約150,000個のcDNAクローンを単離した。それらをクラスタリングしたところ、約14,000個の独立したcDNAグループに分類された。これまでに単離した約7000個の完全長cDNAクローンを用いて完全長cDNAマイクロアレイを作製し、乾燥、低温、塩などのストレスおよび植物ホルモンABAに応答する遺伝子の同定を試みた。その結果、乾燥、低温、塩およびABA誘導性遺伝子はそれぞれ、277個、53個、194個、243個同定された。これら同定された誘導性遺伝子の中には転写因子と相同性を持つものが40個存在しており、乾燥、低温、塩、ABAのシグナル伝達経路には多くの遺伝子発現制御機構が存在していることが明らかとなった。また、同定された乾燥、低温、塩ストレス誘導性遺伝子の重なり具合について調べたところ、乾燥と塩ストレスの両方により誘導される遺伝子は、乾燥と低温ストレスの両方により誘導される遺伝子や低温と塩ストレスの両方により誘導される遺伝子よりもはるかに多く存在していた。これらの結果は、乾燥と塩ストレスのシグナル伝達経路は、低温ストレスのシグナル伝達経路よりもよりクロストークしている、というこれまでに考えられていたモデルと一致した。さらに、同定された低温誘導性遺伝子のプロモーターについて解析したところ、これまでに報告されている低温誘導性の遺伝子発現に関与するシス配列DREをプロモーター領域に持たない遺伝子が存在しており、低温誘導性の遺伝子発現に関与する新規なシス配列の存在が示唆された。

In this study, we isolated and identified the complete long cDNA of higher plants, including the use of cDNA, the identification of species, the identification of plant tissue-specific genes, and the identification of plant tissue-specific genes. The same determination is made for the relationship between the data and the analysis of the data. There are 19 kinds of cDNA fragments in the complete cDNA fragments of the cDNA fragments, and about 150,000 cDNA fragments are isolated. About 14,000 unique cDNA fragments were classified. This is the first time that about 7000 full-length cDNA fragments have been used in the identification of full-length cDNA fragments in plants, plants, and plants. 277, 53, 194 and 243 ABA-induced genes were identified. There are more than 40 different mechanisms for the development of inducible genes in the pathway of drought, low temperature, drought and ABA. In addition, the dry, low temperature, and high temperature induced genes have a combination of heat transfer, heat transfer, and dry heat transfer. The results are: dry, cold, dry, dry In addition, the analysis of low temperature-induced gene expression and the report of low temperature-induced gene expression are related to the existence of DRE in the field of low temperature-induced gene expression and the existence of new gene expression.