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シロイヌナズナ完全長cDNAマイクロアレイを用いた遺伝子発現解析

使用拟南芥全长 cDNA 微阵列进行基因表达分析

基本信息

批准号：
13202075
负责人：
関原明
金额：
$ 3.39万
依托单位：
The Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2001
资助国家：
日本
起止时间：
2001 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、モデル高等植物のシロイヌナズナを用い、シロイヌナズナ完全長cDNAマイクロアレイを用いた解析により、種々のストレス、ホルモンおよび光に応答する遺伝子や種々の植物組織特異的に発現する遺伝子等を単離、同定する。同定された遺伝子に関してプロモーター解析(シス配列の検索など)を行う。ビオチン化cap trapper法によりシロイヌナズナの完全長cDNAライブラリーをこれまでに19種類作製し、これまでに約150,000個のcDNAクローンを単離した。それらをクラスタリングしたところ、約14,000個の独立したcDNAグループに分類された。これまでに単離した約7000個の完全長cDNAクローンを用いて完全長cDNAマイクロアレイを作製し、乾燥、低温、塩などのストレスおよび植物ホルモンABAに応答する遺伝子の同定を試みた。その結果、乾燥、低温、塩およびABA誘導性遺伝子はそれぞれ、277個、53個、194個、243個同定された。これら同定された誘導性遺伝子の中には転写因子と相同性を持つものが40個存在しており、乾燥、低温、塩、ABAのシグナル伝達経路には多くの遺伝子発現制御機構が存在していることが明らかとなった。また、同定された乾燥、低温、塩ストレス誘導性遺伝子の重なり具合について調べたところ、乾燥と塩ストレスの両方により誘導される遺伝子は、乾燥と低温ストレスの両方により誘導される遺伝子や低温と塩ストレスの両方により誘導される遺伝子よりもはるかに多く存在していた。これらの結果は、乾燥と塩ストレスのシグナル伝達経路は、低温ストレスのシグナル伝達経路よりもよりクロストークしている、というこれまでに考えられていたモデルと一致した。さらに、同定された低温誘導性遺伝子のプロモーターについて解析したところ、これまでに報告されている低温誘導性の遺伝子発現に関与するシス配列DREをプロモーター領域に持たない遺伝子が存在しており、低温誘導性の遺伝子発現に関与する新規なシス配列の存在が示唆された。

In this study, the full-length cDNA of higher plant のシロイヌナズナを and シロイヌナズナ were analyzed using いたり, kind of 々のストレス, ホルモンおよび光に応 Answer する缝子やkind of 々の plant tissue-specific に発appears する伝子 Wait を単利, 同定する.同定された伝子に关してプロモーターanalytic (シス配arrayの検SOなど)を行う.ビオチンcap The trapper method is a complete length of cDNA using the trapper method. About 150,000 pieces of cDNA are produced in 19 types.それらをクラスタリングしたところ、About 14,000 independent したcDNAグループにclassified された.これまでに単出したAbout 7000 pieces of complete length cDNAクローンをいてcomplete length cDNAマイクロアレイをProduction, drying, low temperature, 塩などのストレスおよびplant ホルモンABAに応 Answer する伝子の同定をtrialみた. The results of その, drying, low temperature, 塩およびABA-induced residual 伝子はそれぞれ, 277, 53, 194, 243 are determined by された.これら同定されたinducing residual 伝子の中には転WRITING FACTOR とidentity をhold つものが40 presence しており, drying, low temperature 、婩、ABAのシグナル伝达経路には多くの缝子発existing control organization していることが明らかとなった.また, Tongding された drying, low temperature, 塩ストレス induced residual 伝子の重なり合について片べたところ、Drying と塩ストレスの両方によりinducing される缝子は、Drying and low temperature ストレスの両方によりinduced される伝子やlow temperature と塩ストレスの両方によりinducing される伝子よりもはるかに多くexistent していた.これらのRESULT は, dry と塩ストレスのシグナル伝达経路は, low temperature ストレスのシグナル伝达経路よりもよりクロストークしている、というこれまでに卡えられていたモデルと同した.さらに、同定されたlow temperature-induced residual syndromeのプロモーターについてanalyticsしたところ、これまでにReport on されているlow temperature-induced の缝子発appears に关与するシス组 DREをプロモーター区にholdたない伝子がexistingしており, The existence of low-temperature-induced の缝子発発 is related to the existence of する新氪シスmatching and がshows instigation された.