新規の反応論の導出を指向した水溶液中での基礎有機反応シミュレーション
新規の反応論の導出を指向した水溶液中での基礎有機反応シミュレーション
批准号:
10J04901
负责人:
佐藤 真
金额:
$0.9万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份:
2010
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
2010 至 2011
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本年度は前年に引き続きt-BuClの加水分解反応シミュレーションを行った。フラグメント分子軌道法(FMO)を電子状態計算に用い、水分子410個の液滴モデル中(半径約12Å)におけるt-BuClに対して、FMO2-HF/6-31G^*、FMO(3)-MP2/6-31G^*レベルによる分子動力学(MD)シミュレーションを行った。ここでFMO(3)は、HF部分にのみ3体項を考慮に入れた計算であり、従来の2体近似よりも精度が高い方法である。まずt-BuClの3級炭素-塩素間距離(RC)を1.7~3.4Åの範囲で変化させ、以前より長時間のサンプリングを行い(平衡化1.0ps、サンプリング0.4ps)、自由エネルギー変化を計算した。その結果RC=2.84にC-Cl不均一開裂の遷移状態(14.44kcal mol^<-1>)、RC=2.88に接触イオン対(14.33kcal mol^<-1>)に対応する領域が現れたが、RC=2.7~3.0の範囲での自由エネルギープロファイルは非常にフラットであり、より正確なプロファイルの記述には、電子相関を考慮した計算レベルが必要であると結論した。FMO(3)-MP2/6-31G^*レベルにて、RC=1.86および2.85に固定してシミュレーションを行ったとき、t-BuClのマリケン電荷の差が0.04(0.3ps間のシミュレーションの時間平均)と計算された。これはC-Cl不均一開裂の遷移状態付近で、t-BuClから周辺の水分子へと電子が流れ出していることに対応しており、すなわち求電子的溶媒関与が求核的溶媒関与よりも優位であることを示唆する結果である。しかしこの計算方法では、FMO2-HFと比べて~10倍程度の計算時間を要するため、十分なサンプリングを実行することができず、全体の自由エネルギープロファイルを記述するには至らなかった。
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会议论文
FMO-MDを用いた水溶液中におけるt-BuClの加水分解反応シミュレーション
使用 FMO-MD 模拟 t-BuCl 在水溶液中的水解反应
DOI:
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发表时间:
2012
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Kakinuma, K., Okayasu, T., Jamsran, U., Ohkuro, T., Takeuchi, K., 佐藤真]
通讯作者:
佐藤真
FMO-MDを利用した水溶液中におけるt-BuClの加水分解反応シミュレーション
使用 FMO-MD 模拟 t-BuCl 在水溶液中的水解反应
DOI:
--
发表时间:
2010
期刊:
影响因子:
--
作者:
[柿沼薫, 岡安智生, 佐々木雄大, ジャムスランウンダルマー, 大黒俊哉, 武内和彦, 佐藤真]
通讯作者:
佐藤真
大脳皮質内神経回路操作法の樹立と神経細胞移動障害による大脳回路機能変異の解明
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批准号:20659026
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项目类别:Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
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资助金额:$2.11万
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财政年份:2008
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
フィラミン/FILIPの神経系形成に及ぼす働きについて
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批准号:18022017
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$4.86万
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财政年份:2006
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
FILIPの神経系形成に及ぼす働きについて
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批准号:17024022
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$2.3万
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财政年份:2005
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
PHドメイン含有分子と大脳皮質形成-網羅的検索と機能解析
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批准号:17650098
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项目类别:Grant-in-Aid for Exploratory Research
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资助金额:$2.18万
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财政年份:2005
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
FILIPによる脳室帯からの細胞移動の制御メカニズムについて
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批准号:16015250
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$3.84万
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财政年份:2004
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
アクチン結合蛋白フィラミンの分解による細胞移動調節とその分子基盤
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批准号:16022228
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$3.14万
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财政年份:2004
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
アクチン結合蛋白フィラミンの分解による細胞移動調節とその分子基盤
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批准号:15024226
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$3.07万
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财政年份:2003
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
Otx1の大脳皮質形成に及ぼす役割と分子カスケードについて
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批准号:15029221
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$4.1万
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财政年份:2003
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
大脳皮質脳室帯からの細胞移動の制御メカニズムについて
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批准号:15016049
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$4.42万
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财政年份:2003
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
FILIPによる脳室帯からの細胞移動の制御メカニズムについて
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批准号:14017039
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$4.48万
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财政年份:2002
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
減数分裂における相同染色体対合の分子機構の解明
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批准号:14657003
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项目类别:Grant-in-Aid for Exploratory Research
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资助金额:$1.98万
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财政年份:2002
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
FILIPによる神経上皮からの細胞移動の制御メカニズムについて
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批准号:13210061
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
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资助金额:$3.71万
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财政年份:2001
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
細胞運動の調節に関わる新規細胞骨格関連因子の機能について
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批准号:13216042
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
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资助金额:$4.54万
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财政年份:2001
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
Otx-1の錐体路形成・成熟に及ぼす分子的基盤に関する研究
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批准号:12053227
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
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资助金额:$1.86万
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财政年份:2000
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
細胞運動の調節に関わる新規細胞骨格関連因子の機能について
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批准号:12215053
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
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资助金额:$2.69万
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财政年份:2000
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
ポートフォリオのマルチメディア化による質的評価方法の開発
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批准号:12907010
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (B)
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资助金额:$0.17万
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财政年份:2000
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
神経分化・発達と神経活動との関連についての新しいアプローチによる研究
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批准号:11878150
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项目类别:Grant-in-Aid for Exploratory Research
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资助金额:$1.34万
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财政年份:1999
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
橋由来大脳皮質軸索化学誘導因子、側枝形成促進因子の分子生物学的検討
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批准号:09260227
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.09万
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财政年份:1997
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
特異的シナプス結合形成機構の分子生物学的解析
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批准号:09780706
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$1.34万
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财政年份:1997
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
宿主側因子Tat結合蛋白質に関する形態学的、分子生物学的検討
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批准号:08269221
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.79万
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财政年份:1996
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负责人:佐藤 真
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依托单位:
海外基金