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変形性関節症罹患軟骨の層間の比較によるタンパク分解酵素発現機序の解明

通过比较受骨关节炎影响的软骨层阐明蛋白水解酶的表达机制

基本信息

批准号：
21659360
负责人：
福井尚志
金额：
$ 1.98万
依托单位：
Clinical Research Center for Allergy and Rheumatology, National Hospital Organization, Sagamihara National Hospital
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
财政年份：
2009
资助国家：
日本
起止时间：
2009 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21659360/
关键词：
変形性関節症 cDNAマイクロアレイ

项目摘要

研究初年度の平成21年度は10症例のOA膝関節から得た軟骨を浅層、中間層、深層に分けてそれぞれからRNAを抽出し、これを用いてcDNAマイクロアレイによる解析を行った。用いたアジレント社のマイクロアレイには合計43376個のプローブが載っていたが、このうち有効なシグナルが検出できたものが32007個あった。このプローブについて3群間で有意の差があるか否かを一元配置分散分析(ANOVA)で解析したところ3層間で有意の発現差があると判断された遺伝子は11212遺伝子であった。1.これらの遺伝子について比較的厳しいBonferroniの基準を用いて多重比較を行った場合、3つの層間で発現レベルに有意差があった遺伝子は504遺伝子(有意水準5%)、またこれより緩やかな基準であるBenjamin and Hochberg法によるfalse discovery rate (FDR)補正を行った場合には7672遺伝子(有意水準5%)が見出された。2.S層、M層、D層に特異的に発現していると判断された遺伝子はそれぞれ728個、11個、216個あり、またS>M>DあるいはS<M<Dの順で発現レベルが変化していると判断された遺伝子が131個見出された。このように全体の遺伝子発現のプロファイルを解析すると、浅層と中間層、深層の問で遺伝子発現のパターンが異なるものが多いことが明らかになった。これはS層にはもともと性格の異なる細胞が存在することのほか、OA関節においてこの層が病的な性状の関節液に長期間暴露されていることにもよるのではないかと考えられた。本研究の研究機関は既に終了しているが、今後層特異的に発現が変化していた遺伝子についてパスウェイ解析を進め、遺伝子発現の機序を推定する検討を行う予定である。また正常軟骨からも軟骨層に分けてのRNA抽出-マイクロアレイによる解析を試み、既に得られたOA軟骨における結果と対比、検討をする予定である。

In the first year of the study, 10 cases of OA knee disease in Pingcheng 21 were divided into shallow, middle and deep bones. RNA was extracted and analyzed with the help of cDNA. In total, a total of 43376 tax holders were registered in the rural areas, and 32007 were registered in rural areas. There are three groups of people who intend to make a difference or not to analyze the unitary configuration dispersion analysis (ANOVA). Analyze the unitary configuration dispersion analysis (ANOVA). 1. The standard of standard Bonferroni for multiple comparison tests was used to determine the accuracy of the whole system. In the range of 3 minutes, it was found that there was an intentional difference between the two levels (5% of the intended level), and that the Benjamin and Hochberg method was used to determine the standard of the false discovery rate (FDR). The average level was 7672 yuan. 2.There are 728, 11, 216 subscribers in S, M and D franchises, and there are 728, 11, 216 obsolete stations in S, M and D markets. This is the first time for the whole group to know that there is a problem in the analysis of the situation, in the middle of the day, and in the depth of the problem. There is a long-term exposure to the characteristics of typhoid disease, such as the presence of respiratory syndrome, the presence of OA, and the long-term exposure of respiratory tract disease. In this study, the research institute has not only studied the current situation, but also analyzed the data in the future. The results show that the sequence of the system is presumed to be in order to predict the performance of the system. The normal bone was divided into two parts, the RNA was extracted, the bone was extracted, the OA was analyzed, the results were compared, and the predetermined results were obtained.

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

New sequence variants in HLA class II/III region associated with susceptibility to knee osteoarthritis identified by genome-wide association study.

DOI：
10.1371/journal.pone.0009723
发表时间：
2010-03-18
期刊：
PloS one
影响因子：
3.7
作者：
Nakajima M;Takahashi A;Kou I;Rodriguez-Fontenla C;Gomez-Reino JJ;Furuichi T;Dai J;Sudo A;Uchida A;Fukui N;Kubo M;Kamatani N;Tsunoda T;Malizos KN;Tsezou A;Gonzalez A;Nakamura Y;Ikegawa S
通讯作者：
Ikegawa S

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