Experimental verification of genomic changes which caused human-specific characters

导致人类特有特征的基因组变化的实验验证

• 批准号: 23370101
• 负责人: SAITOU Naruya
• 金额: $ 12.9万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011-04-01 至 2014-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23370101/
• 关键词: 分子・遺伝; ホミニゼーション; CNS; 非コード領域; 発生制御; 比較ゲノム; 生物進化; 人類進化; 組織特異的エンハンサー; トランスジェニックマウス; 進化発生; 転写制御

We used transgenic mice experiment for inferring function of particular DNA fragments as well as comparative genomics. Some USA researchers proposed that positive selection on short non-coding DNA created new human-specific phenotype, while Sumiyama & Saitou (2012) found same phenotype by eliminating that DNA fragment. Therefore, it is possible that phenotype emerged by loss-of-function mutations which were selectively neutral. Babarinde & Saitou (2013) conducted genome comparison and found that primate specific conserved non-coding regions are far more abundant than three other mammalian lineages (rodents, carnivores, and cetariodactyla).

我们使用转基因小鼠实验来推断特定DNA片段的功能以及比较基因组学。一些美国研究人员提出，对短非编码DNA的正选择会产生新的人类特异性表型，而Sumiyama & Saitou（2012）通过消除该DNA片段发现了相同的表型。因此，有可能表型是由选择性中性的功能丧失突变出现的。 Babarinde & Saitou（2013）进行了基因组比较，发现灵长类动物特异性保守非编码区远比其他三种哺乳动物谱系（啮齿动物，食肉动物和鲸鲨）丰富。

项目成果

Theria-specific homeodomain and cis-regulatory element evolution of the Dlx3-4 bigene cluster in 12 different mammalian species.

• DOI: 10.1002/jez.b.22469
• 发表时间: 2012-12
• 期刊: JOURNAL OF EXPERIMENTAL ZOOLOGY PART B-MOLECULAR AND DEVELOPMENTAL EVOLUTION
• 影响因子: 2.2
• 作者: Sumiyama, Kenta;Miyake, Tsutomu;Grimwood, Jane;Stuart, Andrew;Dickson, Mark;Schmutz, Jeremy;Ruddle, Frank H.;Myers, Richard M.;Amemiya, Chris T.
• 通讯作者: Amemiya, Chris T.

Exploration for functional nucleotide sequence candidates within coding regions of mammalian genes.

• DOI: 10.1093/dnares/dsr010
• 发表时间: 2011-06
• 期刊: DNA research : an international journal for rapid publication of reports on genes and genomes
• 作者: Suzuki R;Saitou N
• 通讯作者: Saitou N

Heterogeneous mode and tempo of conserved noncoding sequence evolution among mammalian lineages and phylogenetic timescales

哺乳动物谱系和系统发育时间尺度中保守非编码序列进化的异质模式和速度

• 作者: 半谷吾郎;宮田晃江;好廣眞一;高畑由起夫;古市剛史; 栗原洋介; 早石周平;Babarinde I.
• 通讯作者: Babarinde I.

Introduction to Evolutionary Genomics

• DOI: 10.1007/978-1-4471-5304-7
• 发表时间: 2014-01
• 作者: N. Saitou

脊椎動物ボディプラン進化における遺伝子重複によるシス転写調節機構新機能獲得進化の可能性

通过基因复制进化顺式转录调控机制以获得脊椎动物身体计划进化中的新功能的可能性

• 作者: 川本芳;白井啓;直井洋司;萩原光;白鳥大祐;川本咲江;濱田穰;川村輝;杉浦義文;丸橋珠樹;羽山伸一;隅山健太
• 通讯作者: 隅山健太