Analysis of between-species and intra-species diversity using primate genome data and application to conservation biology

利用灵长类基因组数据分析种间和种内多样性及其在保护生物学中的应用

• 批准号: 19207008
• 负责人: SAITOU Naruya
• 金额: $ 33.61万
• 依托单位: National Institute of Genetics
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-19207008/
• 关键词: 霊長類; DNA多型; ゲノム解析; 保全生物学; 種間交雑; 遺伝学; 遺伝子; ゲノム; 進化; 人類学

For primate conservation biology and for intraspecies diversity study, we developed database called "Prim-Prim". Through comparison of human and macaque genomic sequences, intronic regions sandwitched with identical exonic sequences between two species were extracted, and 2,303 primer pairs which can amplify DNA fragment of unsequenced primate genomes were listed in this database, and it is open to public. We used these primers to determine nucleotide sequences of 6 gibbon species, and showed usefulness of these primers.

为了灵长类保护生物学和种内多样性研究，我们开发了一个名为“Prim-Prim”的数据库。通过对人和猕猴基因组序列的比较，提取出两种物种间内含子与外显子序列完全相同的片段，并将2,303对引物对收录到该数据库中，该数据库已向公众开放。利用这些引物对6种大豆的核苷酸序列进行了测定，结果表明这些引物是有效的。

项目成果

TP53 codon 72 polymorphism in 12 populations of insular Southeast Asia and Oceania

东南亚岛屿和大洋洲 12 个人群的 TP53 密码子 72 多态性

• 发表时间: 2007
• 期刊: Journal of Human Genetics 52
• 作者: Kashima;T.;et. al.
• 通讯作者: et. al.

Utility of phylogenetic network for deciphering nucleotide sequence history

系统发育网络在破译核苷酸序列历史中的应用

• 发表时间: 2008
• 作者: 久保田大地;林伸彦;石田武和;合田圭吾;Saitou N
• 通讯作者: Saitou N

ゲノム進化学入門

基因组进化简介

• 发表时间: 2007
• 作者: 斎藤 成也

Mitochondrial DNA sequence phylogeny of four populations of the widely distributed cynomolgus macaque (Macaca fascicularis fascicularis).

广泛分布的食蟹猴（Macaca fasciculis fasciculis）四个种群的线粒体DNA序列系统发育。

• 发表时间: 2008
• 期刊: Journal of Heredity 99(3)
• 作者: Blancher A.;Bonhomme M.;Crouau-Roy B.;Terao K.;Kitano T.;Saitou N.
• 通讯作者: Saitou N.

Neccessity of Non-Tree Structure in Nuclear DNA Phylogeny

核DNA系统发育中非树结构的必要性

• 发表时间: 2007
• 作者: 高田豊行;城石俊彦;Saitou N.
• 通讯作者: Saitou N.