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Sequencing the genome of the powdery mildew fungus Blumeria graminis

对白粉病真菌 Blumeria graminis 的基因组进行测序

基本信息

批准号：
BB/E00282X/1
负责人：
Sarah Gurr
金额：
$ 1.75万
依托单位：
University of Oxford
依托单位国家：
英国
项目类别：
Research Grant
财政年份：
2007
资助国家：
英国
起止时间：
2007 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://gtr.ukri.org/projects?ref=BB%2FE00282X%2F1
关键词：
Sequencing genome powdery mildew fungus

项目摘要

This proposal aims to obtain an annotated genome sequence of the powdery mildew fungus Blumeria graminis f sp hordei. This fungus is an obligate biotrophic pathogen that causes one the agronomically most important diseases of barley and is a 'model' organism for the study of powdery mildew diseases in other crops. We will sequence the genome with a 7-fold coverage. The sequence will be assembled automatically. An EST library of cDNAs isolated from haustoria will also be sequenced and annotated; this will complement the existing collections and complete the coverage of all the important stages in the pathogen's life cycle. The ESTs are instrumental in training the gene finding processes that drive the annotation. The annotation of the genomic sequence will be carried out using a series of pipelines already used for other genome projects (Botrytis and tomato). The results from the semi-automated annotation will then be verified by manual curation and reviewed by specialist researchers in the sequencing consortium. The results will be placed on publicly accessible web-sites and a meeting will be convened with the world wide user community to bring train potential users, present major outcomes of the sequencing and the first annotations and discuss the results.

这项建议旨在获得白粉菌Blumeria graminis f sp hordei的注释基因组序列。该真菌是一种专性生物营养病原菌，在农学上是大麦最重要的病害之一，是研究其他作物白粉病的模式生物。我们将对基因组进行7倍的测序。该序列将被自动组装。还将对从吸器中分离的cDNA的EST文库进行测序和注释；这将补充现有的收藏，并完成对病原体生命周期所有重要阶段的覆盖。EST在训练驱动注释的基因发现过程中起着重要作用。基因组序列的注释将使用一系列已经用于其他基因组项目(Botrytis和番茄)的管道进行。半自动注释的结果随后将通过人工管理进行验证，并由测序联盟中的专业研究人员进行审查。结果将放在公众可访问的网站上，并将与世界各地的用户社区召开一次会议，培训潜在用户，介绍排序和第一次注释的主要结果，并讨论结果。

项目成果

期刊论文数量（10）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

The rise and rise of emerging infectious fungi challenges food security and ecosystem health

DOI：
10.1016/j.fbr.2011.10.004
发表时间：
2011-12-01
期刊：
Fungal Biology Reviews
影响因子：
6
作者：
Gurr, Sarah;Samalova, Marketa;Fisher, Matthew
通讯作者：
Fisher, Matthew

A novel Botrytis species is associated with a newly emergent foliar disease in cultivated Hemerocallis.

DOI：
10.1371/journal.pone.0089272
发表时间：
2014
期刊：
PloS one
影响因子：
3.7
作者：
Grant-Downton RT;Terhem RB;Kapralov MV;Mehdi S;Rodriguez-Enriquez MJ;Gurr SJ;van Kan JA;Dewey FM
通讯作者：
Dewey FM

Crop pests and pathogens move polewards in a warming world

DOI：
10.1038/nclimate1990
发表时间：
2013-11-01
期刊：
NATURE CLIMATE CHANGE
影响因子：
30.7
作者：
Bebber, Daniel P.;Ramotowski, Mark A. T.;Gurr, Sarah J.
通讯作者：
Gurr, Sarah J.

Emerging fungal threats to animal, plant and ecosystem health.

DOI：
10.1038/nature10947
发表时间：
2012-04-11
期刊：
NATURE
影响因子：
64.8
作者：
Fisher, Matthew C.;Henk, Daniel. A.;Briggs, Cheryl J.;Brownstein, John S.;Madoff, Lawrence C.;McCraw, Sarah L.;Gurr, Sarah J.
通讯作者：
Gurr, Sarah J.

Lateral-Flow Devices to Rapidly Determine Levels of Stable Botrytis Antigens in Table and Dessert Wines