Microarray analysis for studies of genome organisation and evolution plus development of novel diagnostic tools and technologies

用于基因组组织和进化研究以及新型诊断工具和技术开发的微阵列分析

基本信息

  • 批准号:
    BB/E024211/1
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 37.89万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    英国
  • 项目类别:
    Fellowship
  • 财政年份:
    2008
  • 资助国家:
    英国
  • 起止时间:
    2008 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

A microarray is a series of tiny spots of DNA arranged on a glass slide in a very ordered way. It can represent a whole genome, ordered as it appears in the organism; it can consist of parts of genes that are expressed in certain tissue at certain times or it can contain DNA that represents the sort genetic of variation that would appear in individual organisms such as ourselves. When we perform certain experiments on these arrays we can better understand when genes are switched on and off at certain developmental time-points, how humans and animals vary genetically and how genomes evolve. Previously my research interests have centred around the studies of chromosomes - the structures that form from the DNA (and associated protein) as a cell divides. Notable successes include the first application of a chromosomal technique for diagnosing genetic disease in embryos only three days after they have been conceived, insight in to sperm production and telling all the chromosomes apart in chicken (the first time this had been achieved in a bird). More recently we have been interested in what happens to the chromosomes when the cell is not dividing i.e. when the cell is performing its normal functions. The opportunity to introduce microarray technology into my laboratory is an exciting one. In principle, a lot of the technology is very similar to that used on chromosomes and thus should not present a quantum leap, particularly if I can attend certain training courses to get me up to speed with respect to protocols for analysing the results obtained. These courses are run regularly e.g. at the Sanger Centre in Cambridge. Specifically, I would be interested in developing new microarray-based technologies for genetic diagnosis in early development; investigating genome evolution in birds; and asking how the switching on and off of genes and gene clusters relates to their position in space and time in the nucleus of a cell. Funding is requested therefore to buy out my time from my teaching and administration duties to re-direct my own interests and that of my laboratory towards this novel technology and, more specifically, asking biological questions using it.
微阵列是以非常有序的方式在玻璃片上排列的一系列微小的DNA斑点。它可以代表整个基因组,按照它在有机体中出现的顺序;它可以由在特定时间在特定组织中表达的部分基因组成,也可以包含代表在我们等个体有机体中出现的那种遗传变异的DNA。当我们在这些阵列上进行某些实验时,我们可以更好地了解基因在特定发育时间点何时开启和关闭,人类和动物如何在基因上发生变化,以及基因组是如何进化的。在此之前,我的研究兴趣主要集中在染色体的研究上--当细胞分裂时,DNA(和相关蛋白质)形成的结构。值得注意的成功包括首次应用染色体技术在胚胎受孕仅三天后诊断遗传病,对精子产生的洞察力,以及区分鸡的所有染色体(这是第一次在鸟类身上做到这一点)。最近,我们一直感兴趣的是,当细胞不分裂时,即当细胞履行其正常功能时,染色体会发生什么。将微阵列技术引入我的实验室是一个令人兴奋的机会。原则上,许多技术与染色体上使用的技术非常相似,因此不应该出现巨大的飞跃,特别是如果我可以参加某些培训课程,让我了解分析结果的方案的话。这些课程是定期举办的,例如在剑桥的桑格中心。具体地说,我感兴趣的是开发基于微阵列的新技术,用于早期发育的基因诊断;研究鸟类的基因组进化;以及询问基因和基因簇的开启和关闭与它们在细胞核中的空间和时间位置之间的关系。因此,我需要资金来购买我从教学和管理职责中抽出的时间,将我自己和我实验室的兴趣重新引导到这项新技术上,更具体地说,用它来提出生物学问题。

项目成果

期刊论文数量(10)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Upgrading short-read animal genome assemblies to chromosome level using comparative genomics and a universal probe set.
  • DOI:
    10.1101/gr.213660.116
  • 发表时间:
    2017-05
  • 期刊:
  • 影响因子:
    7
  • 作者:
    Damas J;O'Connor R;Farré M;Lenis VPE;Martell HJ;Mandawala A;Fowler K;Joseph S;Swain MT;Griffin DK;Larkin DM
  • 通讯作者:
    Larkin DM
Gene duplication and fragmentation in the zebra finch major histocompatibility complex.
  • DOI:
    10.1186/1741-7007-8-29
  • 发表时间:
    2010-04-01
  • 期刊:
  • 影响因子:
    5.4
  • 作者:
    Balakrishnan CN;Ekblom R;Völker M;Westerdahl H;Godinez R;Kotkiewicz H;Burt DW;Graves T;Griffin DK;Warren WC;Edwards SV
  • 通讯作者:
    Edwards SV
Nuclear organisation in totipotent human nuclei and its relationship to chromosomal abnormality.
全能人类细胞核中的核组织及其与染色体异常的关系。
  • DOI:
    10.1242/jcs.025205
  • 发表时间:
    2008
  • 期刊:
  • 影响因子:
    4
  • 作者:
    Finch KA
  • 通讯作者:
    Finch KA
Differences in pregnancy outcomes in donor egg frozen embryo transfer (FET) cycles following preimplantation genetic screening (PGS): a single center retrospective study.
Novel Insights into Chromosome Evolution in Birds, Archosaurs, and Reptiles.
  • DOI:
    10.1093/gbe/evw166
  • 发表时间:
    2016-08-25
  • 期刊:
  • 影响因子:
    3.3
  • 作者:
    Farré M;Narayan J;Slavov GT;Damas J;Auvil L;Li C;Jarvis ED;Burt DW;Griffin DK;Larkin DM
  • 通讯作者:
    Larkin DM
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知道了