Support for the Protein Circular Dichroism Data Bank and the Dichroweb Analysis Server

支持蛋白质圆二色性数据库和 Dichroweb 分析服务器

• 批准号: BB/F010346/1
• 负责人: Bonnie Wallace
• 金额: $ 54.86万
• 依托单位: Birkbeck, University of London
• 依托单位国家: 英国
• 项目类别: Research Grant
• 财政年份: 2008
• 资助国家: 英国
• 起止时间: 2008 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://gtr.ukri.org/projects?ref=BB%2FF010346%2F1
• 关键词: Support; Protein; Circular; Dichroism; Data

Circular Dichroism (CD) spectroscopy is an established and valuable technique for examining protein structure, dynamics, and folding, and is regularly used as a standard method in a large number of UK biological and chemical laboratories. This is a proposal to create a comprehensive electronic archiving and analysis resource for CD spectroscopy that can be used by the structural biology and bioinformatics communities. It will include the running, curation and development of the Protein Circular Dichroism Data Bank (PCDDB), a deposition and searchable data bank for circular dichroism spectra of biomacromolecules. The PCDDB will be a resource for structural molecular biology and bioinformatics, and a public archive for data sharing of spectroscopic data to parallel the Protein Data Bank (PDB), a long-existing and valuable reference data bank for protein crystal and NMR data. This project also includes the operation, upgrading and maintenance of DICHROWEB, a widely-used user-friendly online server for the analysis of circular dichroism data. Together these two bioinformatics facilities will provide a comprehensive package of enabling and supportive resources in CD spectroscopy for the Structural Biology and Bioinformatics communities.

圆二色（CD）光谱是一种成熟的、有价值的技术，用于检测蛋白质结构、动力学和折叠，并且在英国大量的生物和化学实验室中经常作为标准方法使用。这是一个建议，以建立一个全面的电子档案和分析资源的CD光谱，可用于结构生物学和生物信息学社区。它将包括蛋白质圆二色性数据库（PCDDB）的运行、管理和开发，这是一个沉积和可搜索的生物大分子圆二色性光谱数据库。PCDDB将成为结构分子生物学和生物信息学的资源，以及与蛋白质数据库（PDB）平行的光谱数据共享的公共档案，PDB是一个长期存在的有价值的蛋白质晶体和核磁共振数据参考数据库。本项目还包括操作、升级和维护DICHROWEB，这是一个广泛使用的用户友好的在线服务器，用于分析圆二色数据。这两个生物信息学设施将为结构生物学和生物信息学社区提供全面的CD光谱学支持资源。

项目成果

Tools and Resources for Circular Dichroism Spectroscopy

圆二色光谱的工具和资源

• 发表时间: 2020
• 期刊: BIOPHYSICAL JOURNAL
• 影响因子: 3.4
• 作者: Wallace Bonnie A.

Cannabidiol interactions with voltage-gated sodium channels.

• DOI: 10.7554/elife.58593
• 发表时间: 2020-10-22
• 期刊: eLife
• 影响因子: 7.7
• 作者: Sait LG;Sula A;Ghovanloo MR;Hollingworth D;Ruben PC;Wallace BA
• 通讯作者: Wallace BA

Tools and methods for circular dichroism spectroscopy of proteins: a tutorial review.

• DOI: 10.1039/d0cs00558d
• 发表时间: 2021-08-07
• 期刊: Chemical Society reviews
• 影响因子: 46.2
• 作者: Miles AJ ;Janes RW ;Wallace BA
• 通讯作者: Wallace BA