Développement d'approches pour la concentration et la détection des virus entériques dans les aliments

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Les norovirus (NoV) sont la cause la plus fréquente de gastroentérite virale dans le monde et le virus de l'hépatite A (HAV) continue de poser une menace internationale pour la santé. Ces virus peuvent contaminer une grande variété d'aliments comme les mollusques bivalves, les fruits et légumes. Contrairement aux échantillons cliniques souvent hautement contaminés, la quantité de virus dans les aliments est souvent faible mais suffisante pour causer une infection. Il est donc impératif de prévoir une étape d'isolation et de concentration de ces virus à partir des aliments pour pouvoir les détecter. Plusieurs approches ont été rapportées mais leur comparaison demeure limitée puisqu'elles sont testées sur des matrices alimentaires différentes et selon des protocoles et plateformes d'extraction et d'amplification variées. Le but ultime de cette étape est de séparer les virus de la matrice, de les concentrer dans un petit volume et d'éliminer les facteurs inhibiteurs pouvant affecter le test final. Malgré des efforts importants comme ceux résumés dans les procédures ISO 15216, le développement de méthodes robustes et rapides pour détecter les virus dans les aliments demeure un défi. L'objectif général est de développer des nouvelles approches pour la concentration et la détection des virus en vue d'un meilleur contrôle dans les aliments. Diverses approches d'isolement et de concentration seront développées à savoir une approche utilisant : 1) des aptamères; 2) des ligands; 3) des anticorps et 4) la pipette de concentration afin de récupérer les virus après lavage ou broyage d'aliments. Les objectifs spécifiques suivants seront poursuivis : 1) Développer des approches d'isolement et de concentration des virus entériques; 2) Évaluer la compatibilité des approches développées avec les trousses d'extraction d'ARN et de détection pour les NoV humain et le HAV et 3) Valider le système concentration/détection avec différents échantillons d'aliments. L'approche développée et son transfert pourra alors être utilisée dans les laboratoires privés, industriels et gouvernementaux permettant la mise en place de programmes de surveillance et un meilleur contrôle des infections virales d'origine alimentaire.****