High quality long read sequencing from low input DNA
High quality long read sequencing from low input DNA
批准号:
BB/T018011/1
负责人:
Alistair Darby
金额:
$53.35万
依托单位:
依托单位国家:
英国
项目类别:
Research Grant
财政年份:
2020
资助国家:
英国
项目状态:
已结题
起止时间:
2020 至 --
中文摘要
基因组学是一个快速发展的领域,它不断受到测序技术发展的推动。为了保持在这个领域的领先地位,我们定期投资于最新的设备是很重要的。在此申请中,利物浦大学基因组研究中心(CGR)建议购买太平洋生物科学公司的Sequel II和femtoppulse系统,以扩展其目前的测序供应。这些仪器将提供新的、独特的能力——从有限的DNA中生成长读DNA序列数据,从而在从头基因组组装、微生物组分析、AMR和基因调控方面实现新的应用。CGR长期以来一直成功运行PacBio长读测序平台,并通过提供基因组技术来支持研究界。Sequel II将被放置在一个已建立的实验室中,该实验室拥有20名工作人员和价值约500万英镑的设备。我们在PacBio平台上的经验特别意味着Sequel II可以在到达后立即部署,取代我们的Sequel I平台,后者很快就会变得不经济,无法满足研究人员的期望,因此在功能上就会过时。
英文摘要
Genomics is a fast-moving field that is constantly been driven forward by developments in sequencing technology. To stay at the leading edge of this field it is important that we invest periodically in the latest equipment. In this application the Centre for Genomic Research (CGR) at the University of Liverpool proposes to purchase a Pacific Biosciences Sequel II and a FemtoPulse system to extend its current sequencing provision. These instruments will provide new, unique capability-- generation of long-read DNA sequence data from limited amounts of DNA, enabling new applications in de novo genome assembly, microbiome analysis, AMR and gene regulation. The CGR has a long-track record of successfully running PacBio long-read sequencing platforms and of supporting the research community by providing access to genomic technologies. The Sequel II will be placed in an established laboratory, with 20 staff and ~£5m of equipment. Our experience with PacBio platforms specifically means that the Sequel II can be deployed immediately on arrival, replacing our Sequel I platform, which will soon be uneconomical, unable to meet researchers' expectations, and hence functionally becoming obsolete.
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DOI:
10.1038/s41564-020-00836-1
发表时间:
2021-03
期刊:
Nature microbiology
影响因子:
28.3
作者:
[Pulford CV, Perez-Sepulveda BM, Canals R, Bevington JA, Bengtsson RJ, Wenner N, Rodwell EV, Kumwenda B, Zhu X, Bennett RJ, Stenhouse GE, Malaka De Silva P, Webster HJ, Bengoechea JA, Dumigan A, Tran-Dien A, Prakash R, Banda HC, Alufandika L, Mautanga MP, Bowers-Barnard A, Beliavskaia AY, Predeus AV, Rowe WPM, Darby AC, Hall N, Weill FX, Gordon MA, Feasey NA, Baker KS, Hinton JCD]
通讯作者:
Hinton JCD
Arsenophonus symbiosis with louse flies: multiple origins, coevolutionary dynamics, and metabolic significance
Arsenophonus 与虱蝇共生:多重起源、共同进化动力学和代谢意义
DOI:
10.1101/2023.07.13.548870
发表时间:
2023
期刊:
影响因子:
--
作者:
[Ríhová J]
通讯作者:
Ríhová J
DOI:
10.1128/msystems.00706-23
发表时间:
2023-10-26
期刊:
mSystems
影响因子:
6.4
作者:
[]
通讯作者:
DOI:
10.1093/g3journal/jkac210
发表时间:
2022-09-30
期刊:
G3 (Bethesda, Md.)
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
DOI:
10.1038/s41467-020-20680-5
发表时间:
2021-01-21
期刊:
Nature communications
影响因子:
16.6
作者:
[Ward CM, Aumann RA, Whitehead MA, Nikolouli K, Leveque G, Gouvi G, Fung E, Reiling SJ, Djambazian H, Hughes MA, Whiteford S, Caceres-Barrios C, Nguyen TNM, Choo A, Crisp P, Sim SB, Geib SM, Marec F, Häcker I, Ragoussis J, Darby AC, Bourtzis K, Baxter SW, Schetelig MF]
通讯作者:
Schetelig MF
共 9 条
13TSB_TIBio: Genomes and synthetic biology for development of novel pest control technologies
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批准号:BB/M001512/1
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项目类别:Research Grant
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资助金额:$11.79万
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财政年份:2014
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负责人:Alistair Darby
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依托单位:
Drosophila model to investigate the tripartite relationship between symbiont, trypanosomes and tsetse flies
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批准号:BB/J017698/1
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项目类别:Research Grant
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资助金额:$54.31万
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财政年份:2013
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负责人:Alistair Darby
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依托单位:
国内基金
海外基金
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基于Relm-β核转位激活EndMT促进肺动脉高压研究肺心汤预防 Long COVID 机制
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批准号:2025JJ90008
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项目类别:省市级项目
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资助金额:--
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批准年份:2025
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负责人:刘慧
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依托单位:
维生素D调控巨噬细胞极化在改善“Long COVID”中作用和机制的分子流行病学研究
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批准号:82373643
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项目类别:面上项目
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资助金额:49万元
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批准年份:2023
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负责人:马翔宇
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依托单位:
long non-coding RNA(lncRNA)-activatedby TGF-β(lncRNA-ATB)通过成纤维细胞影响糖尿病创面愈合的机制研究
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批准号:LQ23H150003
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项目类别:省市级项目
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资助金额:--
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批准年份:2023
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负责人:厉怡
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依托单位:
Long-TSLP和Short-TSLP佐剂对新冠重组蛋白疫苗免疫应答的影响与作用机制
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批准号:--
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项目类别:面上项目
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资助金额:58万元
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批准年份:2021
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负责人:叶亮
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依托单位:
水稻LONG PANICLE1基因调控穗长的分子机制研究
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批准号:32101768
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项目类别:青年科学基金项目(C类)
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资助金额:30.0万元
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批准年份:2021
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负责人:刘二宝
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依托单位:
METTL3通过调控LncHOTAIRM1激活CD8+T细胞自噬介导肝移植急性排斥反应
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批准号:82070673
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项目类别:面上项目
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资助金额:55.0万元
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批准年份:2020
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负责人:汪根树
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依托单位:
long-TSLP诱导的M2型巨噬细胞调控肺成纤维细胞线粒体融合在哮喘气道重塑中的作用和机制
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批准号:81970032
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项目类别:面上项目
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资助金额:55.0万元
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批准年份:2019
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负责人:蔡绍曦
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依托单位:
不同远距离基因互作对胚胎干细胞中Sox2基因调控的研究
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批准号:31970592
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项目类别:面上项目
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资助金额:58.0万元
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批准年份:2019
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负责人:张玉波
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依托单位:
转座因子调控多能干细胞染色质三维结构中的作用
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批准号:31970589
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项目类别:面上项目
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资助金额:60.0万元
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批准年份:2019
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负责人:ANDREW P·HUTCHINS
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依托单位:
LONG8及其互作蛋白LGIP1调控水稻籽粒大小的分子机理研究
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批准号:31871219
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项目类别:面上项目
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资助金额:59.0万元
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批准年份:2018
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负责人:李娜
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依托单位: