课题基金 / 基金详情

Modeling Mammalian Genomes

Modeling Mammalian Genomes
哺乳动物基因组建模
批准号：
8460150
负责人：
C. Anthony Blau
金额：
$58.7万
依托单位：
UNIVERSITY OF WASHINGTON
依托单位国家：
美国
项目类别：
财政年份：
2011
资助国家：
美国
项目状态：
已结题
起止时间：
2011-05-30 至 2015-04-30
来源：
https://reporter.nih.gov/project-details/8460150
关键词：
AdoptedAllelesArchitectureCCCTC-binding factorCellsCellular biologyCentromereChromatinChromosomesCodeComplexDNA replication originDataData SetDevelopmentDiploidyEP300 geneEnhancersEpigenetic ProcessFrequenciesFunctional RNAFungal GenomeGenesGenetic TranscriptionGenomeGenomicsGenotypeHaploidyHybrid CellsHybridsHypoxanthine PhosphoribosyltransferaseKidneyLightMapsMethodsModelingMolecular ConformationMusNaturePhenotypeProtein BindingRNAResearch PersonnelRodentRoleSaccharomyces cerevisiaeScaffolding ProteinSingle Nucleotide PolymorphismStructureStructure-Activity RelationshipSurveysTechniquesTechnologyTransfer RNAUnited States National Institutes of HealthX Chromosomebasecell typecohesingenetic elementgenome-widehistone modificationmammalian genomepromoterspatial relationshiptelomerethree-dimensional modeling

项目摘要

项目成果

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中文摘要
翻译
描述(申请人提供)：最近，基因组已被公认为采用进化上保守且特定于细胞类型的首选物理结构。我们开发了一种方法，用于在全基因组范围内描述染色体间和染色体内的远程相互作用。我们的方法是基于染色质构象捕捉(3C)，但不同于3C(或其他衍生技术)，对相互作用的遗传元件没有先验假设。由于哺乳动物基因组的大小，我们最初在单倍体酿酒酵母中验证了我们的方法。在这个应用中，我们建议使用这种方法来理解哺乳动物发育过程中基因组结构和等位基因特异性表达之间的关系。
英文摘要
DESCRIPTION (provided by applicant): Recently, genomes have been recognized to adopt preferred physical architectures that are evolutionarily conserved and cell type specific. We developed a method for characterizing long-range inter- and intra- chromosomal interactions on a genome-wide scale. Our method is based on chromatin conformation capture (3C) but unlike 3C (or other derivative technologies), makes no a priori assumptions regarding interacting genetic elements. Due to the large size of mammalian genomes we initially validated our approach in haploid Saccharomyces cerevisiae. In this application we propose to use this method to understand the relationship between genome architecture and allele specific expression in mammalian development.
期刊论文(1)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
Regulation of Embryonic Stem Cell Self-Renewal
  • 批准号：
    8598889
  • 项目类别：
  • 资助金额：
    $35.93万
  • 财政年份：
    2013
  • 负责人：
    C. Anthony Blau
  • 依托单位：
    UNIVERSITY OF WASHINGTON
Regulation of Embryonic Stem Cell Self-Renewal
  • 批准号：
    8460654
  • 项目类别：
  • 资助金额：
    $35.5万
  • 财政年份：
    2012
  • 负责人：
    C. Anthony Blau
  • 依托单位：
    UNIVERSITY OF WASHINGTON
Modeling Mammalian Genomes
  • 批准号：
    8269673
  • 项目类别：
  • 资助金额：
    $60.61万
  • 财政年份：
    2011
  • 负责人：
    C. Anthony Blau
  • 依托单位：
    UNIVERSITY OF WASHINGTON
Modeling Mammalian Genomes
  • 批准号：
    8135058
  • 项目类别：
  • 资助金额：
    $60.88万
  • 财政年份：
    2011
  • 负责人：
    C. Anthony Blau
  • 依托单位：
    UNIVERSITY OF WASHINGTON
海外基金