Deskriptive und funktionelle Analyse von amplifizierten Genomabschnitten primärer humaner Neuroblastome und humaner Neuroblastomzelllinien.

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Mittels Tiling-Array konnten wir die Grenzen der amplifizierten Bereiche um MYCN (Chr.2p24-25) von primären Neuroblastomen auf +/- 50bp genau bestimmen. Die bisherigen Ergebnisse unserer Untersuchungen lassen darauf schließen, dass sowohl sequenzcodierte als auch epigenetische Eigenschaften der amplifizierten Chromosomenabschnitte vorliegen, die den entsprechenden Bereich für eine Amplifikation definieren könnten.In den Untersuchungen, für die eine weitere Förderung beantragt wird, sollen bisherige Ergebnisse abschließend validiert werden. Die genauen Amplikongrenzen (-fusionsstellen) und deren potentielle Integrationssites sollen sequenziert werden. Epigenetische Eigenschaften (Histon-Code, Nukleosomendichte, Lamin-Assoziation, Bindungsverteilung von Proteine, deren Bindemotive in den Amplikongrenzen gehäuft vorkommen) sollen mittels ChIP-on-CHIP (Chromatin-IP mit anschließender Arrayhybridisierung) in MYCN amplifizierten Neuroblastomzelllinien untersucht und mit deren Amplikonausdehnung verglichen werden. Als Modell für die Entstehung und letztlich auch die mögliche Terminierung amplifizierter Genomabschnitte soll die durch Methotrexat zu induzierende Amplifikation des Dihydrofolatreductase (DHFR) –Genes (Chr5q11.2) dienen. Diese soll in verschiedenen Neuroblastomzelllinien in Abhängigkeit zur Expression von MYCN etabliert und untersucht werden. Die hierbei entstehenden DHFR-Amplikons sollen wie zuvor die MYCN-Amplikons auf Sequenzebene und epigenetisch untersucht werden. Die erwarteten Ergebnisse können wichtige Rückschlüsse auf die Entstehung und ggf. auch die mögliche Terminierung/Revertierung genomischer Amplifizierungsprozesse zulassen. Damit könnten mögliche Ableitungen für eine Therapie MYCN amplifizierter Neuroblastome gezogen werden.