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Development of universal transcriptome analysis method toward functional genomics in woody plants

木本植物功能基因组通用转录组分析方法的开发

基本信息

批准号：
24658130
负责人：
SAITO Hideyuki
金额：
$ 2.58万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
财政年份：
2012
资助国家：
日本
起止时间：
2012-04-01 至 2014-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

To advance the functional genomics of non-model woody plant, Fagus crenata (Fagaceae), an ecologically important tree species, two studies was conducted as follows; (1) DNA microarray created from a F. crenata cDNA sequence data-set is examined if versatile tool to study transcriptome comparing among intraspecific variations or not, and (2) F. crenata draft genome was generated. The transcriptome analysis by using the F. crenata DNA microarray was available for three populations, Kuromatsunai in Hokkaido Island, Tanzawa and Fuji in Honshu Island, suggesting the method is versatile in F. crenata. A draft genome of F. crenata was generated with 442 Mbp (including gap), allowing 48,618 predicted genes. This genomic information of F. crenata would contribute to accelerate the functional genomics of woody plants in family Fagaceae.

为了深入研究具有重要生态意义的木本植物非模式木本植物金合欢(Fagus crenata，Fagus crenata)的功能基因组学，本论文开展了以下两个方面的研究：(1)利用金合欢(Fagus Crenata)的cDNA序列数据集构建的DNA微阵列是否具有研究种内变异转录组的通用工具；(2)建立金合欢的基因组草图。利用F.crenata DNA微阵列对北海道的黑松井、本州岛的坦泽和富士三个种群进行了转录组分析，表明该方法在F.crenata中是通用的。获得了一个包含GAP在内的442个碱基的基因组草图，包含48,618个预测基因。这些基因组信息将有助于加快壳斗科木本植物的功能基因组学研究。

项目成果

期刊论文数量（20）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

ブナ葉の糖濃度と花成遺伝子群の発現

山毛榉叶子中的糖浓度和开花基因表达

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
Le Liu;Chunlan Lian;斎藤秀之;小倉俊治・斎藤秀之;小倉俊治・斎藤秀之;斎藤秀之;斎藤秀之;斎藤秀之・神村章子・瀬々潤・齋藤央嗣・谷脇徹・清水(稲継)理恵・清水健太郎;斎藤秀之・瀬々潤・神村章子・山田宰靖・小倉淳・清水(稲継)理恵・清水健太郎;斎藤秀之・神村章子・瀬々潤・齋藤・谷脇・清水(稲継)理恵・清水健太郎;斎藤秀之・瀬々潤・神村章子・山田宰靖・小倉淳・清水(稲継)理恵・清水健太郎;小倉俊治・斎藤秀之;斎藤秀之・神村章子・瀬々潤・清水(稲継)理恵・清水健太郎;斎藤秀之・神村章子・瀬々潤・清水(稲継)理恵・清水健太郎;小倉俊治・斎藤秀之・鈴木慎吾・荒川圭太・松浦英幸・門松昌彦
通讯作者：
小倉俊治・斎藤秀之・鈴木慎吾・荒川圭太・松浦英幸・門松昌彦

ブナの花芽分化と花成遺伝子群の発現調節

山毛榉花芽分化及开花基因表达调控

DOI：
发表时间：
2012
期刊：
影响因子：
0
作者：
Le Liu;Chunlan Lian;斎藤秀之;小倉俊治・斎藤秀之;小倉俊治・斎藤秀之;斎藤秀之;斎藤秀之;斎藤秀之・神村章子・瀬々潤・齋藤央嗣・谷脇徹・清水(稲継)理恵・清水健太郎;斎藤秀之・瀬々潤・神村章子・山田宰靖・小倉淳・清水(稲継)理恵・清水健太郎;斎藤秀之・神村章子・瀬々潤・齋藤・谷脇・清水(稲継)理恵・清水健太郎;斎藤秀之・瀬々潤・神村章子・山田宰靖・小倉淳・清水(稲継)理恵・清水健太郎;小倉俊治・斎藤秀之;斎藤秀之・神村章子・瀬々潤・清水(稲継)理恵・清水健太郎;斎藤秀之・神村章子・瀬々潤・清水(稲継)理恵・清水健太郎;小倉俊治・斎藤秀之・鈴木慎吾・荒川圭太・松浦英幸・門松昌彦;斎藤秀之・小倉俊治・門松昌彦
通讯作者：
斎藤秀之・小倉俊治・門松昌彦

針葉樹のフロリゲンをコードする遺伝子の探索に関する研究動向

与寻找编码针叶树成花素的基因相关的研究趋势