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プロテオームが忌避する配列をもつ人工タンパク質の示す免疫原性能力の調査

研究具有被蛋白质组排斥的序列的人工蛋白质的免疫原性潜力

基本信息

批准号：
13878137
负责人：
芝清隆
金额：
$ 1.34万
依托单位：
Japanese Foundation For Cancer Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2001
资助国家：
日本
起止时间：
2001 至 2002
项目状态：
已结题

项目摘要

現存天然タンパク質から大きく離れた構造を持つ人工タンパク質を人工的に作製し、これら人工タンパク質の免疫惹起能力を調査することを目的とした研究である。人工タンパク質は、マイクロ遺伝子をタンデムに重合することから作製する。マイクロ遺伝子の設計は次の戦略に従う。(1)天然タンパク質が忌避する配列性向を、「ジペプチド」の出現頻度といった尺度で調査し、(2)マイクロ遺伝子が3つの読み枠でコードするペプチドのジペプチドが、できる限り、天然プロテオームが忌避するジペプチドから構成されるようにデザインする。昨年度の研究では、2文字列の分布を、大腸菌をモデルとして調査し、これをアミノ酸の含量で補正し、天然タンパク質で用いられているジペプチド配列の出現頻度に点数付けをおこない、ジペプチドの「嫌われ度」のindexを完成した。この「嫌われ度」indexを利用して、任意に与えた初期配列を読み枠の1つにコードし、他の読み枠に「嫌われ度」の高いペプチドをコードするような塩基配列をデザインするプログラムは問題なく作成できた。今年度は、初期配列を含めて、全体の「嫌われ度」を高めていくようなアルゴリズム、具体的には、いくつかのランダムサンプルした配列からスタートし、より広い配列空間をサーチできるプログラムを開発することをめざした。この目的を達成するためには、現在のアルゴリズムを用いていては、計算時間、データ保存に必要な計算機容量に問題があるため、新たにジペプチドの内包する他の読み枠のアミノ酸配列情報を含めた、マイクロ遺伝子デザイン法を開発した(国内・海外特許出願中)。これにより、マイクロ遺伝子のデザイン時間の大幅な短縮が可能となった。今後、このアルゴリズムを利用してデザインしたマイクロ遺伝子からプロテオームが忌避するジペプチドからなる人工タンパク質を作成し、その免疫原性を調べていく予定である。

To investigate the immune response ability of the existing natural and artificial structures. The human body is composed of two parts. The design of the original design. (1)The alignment orientation of the natural environment, the frequency and scale of occurrence of the "selection",(2) the selection of the natural environment,(3) the selection of the natural environment,(4) the restriction of the natural environment, and (5) the composition of the natural environment. Last year's research was conducted on the distribution of 2 character strings, the investigation of coliform bacteria, the correction of acid content, the use of natural substances, the selection of the frequency of occurrence of the character strings, the completion of the index of "suspect degree" of the character strings. This "degree of suspicion" index is used to create a problem in the initial arrangement of arbitrary and arbitrary degrees. This year, the initial arrangement includes the following: all the "suspect degrees" are high, the specific details are low, the initial arrangement is high, the arrangement space is high, the initial arrangement is high, the total arrangement space is high, the specific arrangement space is high, and the specific arrangement space is high. To achieve this goal, we need to develop a new method for calculating time, saving data, and storing necessary computer capacity. The time of the game is greatly shortened. In the future, the use of this protein to prepare artificial proteins and to modulate their immunogenicity will be determined.