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ストレス応答のシステム生物学:出芽酵母GCN経路のリアルタイム計測

ストレス応答のシステム生物学:出芽酵母GCN経路のリアルタイム計測
应激反应的系统生物学：酿酒酵母 GCN 通路的实时测量
批准号：
16651095
负责人：
伊藤 隆司
金额：
$1.98万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Exploratory Research
财政年份：
2004
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2004 至 2005
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16651095/
关键词：
アミノ酸センサーFRETHisJEYFPECFP

项目摘要

项目成果

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本研究の目的は、ストレス応答のシステム生物学的解析への第一歩として、出芽酵母の栄養ストレス応答を制御するGCNパスウェイの挙動をリアルタイムに計測できる実験系を構築することにある。具体的には、GCN経路の出力である細胞質内のアミノ酸濃度の実時間計測を行なうことを目指して、蛍光共鳴エネルギー転移(FRET)を利用したセンサーの開発に取り組んだ。センサーの骨格としては、大腸菌のペリプラズム結合蛋白質HisJを用いた。HisJは2つのローブからなる蛋白質で、ヒスチジンと結合すると、コンフォメーションの変化が起こり、ローブの位置関係が変化する。そこでN末とC末に黄色蛍光蛋白質YFPとシアン蛍光蛋白質CFPを付加しておくと、FRETの変化が起こると期待される。この考えに基づいて、YFP-HisJ-CFPを作成したところ、ヒスチジンの添加とともにFRETが減少してゆくセンサーを開発することに成功した。更に細胞質内のヒスチジン濃度に合致したKdを持つように変異を導入したところ、Glnに対しても親和性を持つことが判明した。そこで、ドッキングシミュレーションを用いてGlnの結合様式を予測し、それに基づく変異導入でGlnには殆ど結合せず、生理的な濃度のHisに応答できるセンサーの開発に成功した。このセンサーを用いて倍地中のHisの変化に応じた細胞質Hisの変化の計測に成功した。しかしながら、内因性の蛍光物質が培地中に蓄積することから、培養液そのものを用いた蛍光計測が困難である。現在、これを回避する為に励起-蛍光波長が長波長側にずれたセンサーの開発を試みている。
期刊论文(8)
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会议论文
Analysis of gene network regulating yeast multidrug resistance by artificial activation of transcription factors : involvement of Pdr3 in salt resistance
通过人工激活转录因子调节酵母多药耐药性的基因网络分析：Pdr3参与耐盐性
DOI： --
发表时间： 2004
期刊： Gene 332
影响因子： --
作者： [Dnda, M., Ota, K., Chiba, T., Sakaki, Y., Ito.T.]
通讯作者： Ito.T.
A yeast one-hybrid system to detect methylation-dependent DNA-protein interactions
DOI： 10.1016/j.bbrc.2003.12.027
发表时间： 2004-01-23
期刊： BIOCHEMICAL AND BIOPHYSICAL RESEARCH COMMUNICATIONS
影响因子： 3.1
作者： [Feng, SY, Ota, K, Ito, T]
通讯作者： Ito, T
A comprehensive analysis of allelic methylation status of CpG islands on human chromosome 21q
DOI： 10.1101/gr.1351604
发表时间： 2004-02-01
期刊： GENOME RESEARCH
影响因子： 7
作者： [Yamada, Y, Watanabe, H, Ito, T]
通讯作者： Ito, T
Transcriptional activators in yeast.
DOI： 10.1093/nar/gkj493
发表时间： 2006
期刊： Nucleic acids research
影响因子： 14.9
作者： [Titz B, Thomas S, Rajagopala SV, Chiba T, Ito T, Uetz P]
通讯作者： Uetz P
共 6 条
    構造多型への構成的アプローチ：Cas9ニッケースとスプリントDNAによる誘導
    • 批准号：
      24K02015
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
    • 资助金额：
      $11.9万
    • 财政年份：
      2024
    • 负责人：
      伊藤 隆司
    • 依托单位：
      Kyushu University
    エピジェネティクスの基本動作原理に基づくメチロームの合成
    • 批准号：
      22K19276
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Challenging Research (Exploratory)
    • 资助金额：
      $4.16万
    • 财政年份：
      2022
    • 负责人：
      伊藤 隆司
    • 依托单位：
      Kyushu University
    選択性の高いタンパク質間相互作用制御化合物の探索技術
    • 批准号：
      20651052
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
    • 资助金额：
      $2.05万
    • 财政年份：
      2008
    • 负责人：
      伊藤 隆司
    • 依托单位：
      The University of Tokyo
    半導体デバイスの超微細化に向けた革新的な高濃度極浅接合形成技術の創出
    • 批准号：
      19656085
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Exploratory Research
    • 资助金额：
      $2.05万
    • 财政年份：
      2007
    • 负责人：
      伊藤 隆司
    • 依托单位：
      Tohoku University
    海外基金