大腸菌ゲノムの一次構造の解析

大腸菌ゲノム構造の全体像を解明するためには、(1)実験データを効率よく得るための方法・技術を開発すること、及び、(2)データの収録・整理・統合などを効率よく行なうこと、が必要である。(1)の目的のためには、大腸菌の全ゲノムを網羅したいわゆる「整列クローンバンク」から、個々のクローンを取り出して塩基配列を決定する過程、および塩基配列決定を可能な限り機械化・自動化することを検討する必要がある。そこで本研究では、個々のクローンのDNAを直接、塩基配列決定のための酵素反応(ジデオキシ法)の鋳型として用いる方法を開発し、これを市販されているDNAシーケンサーで使用できるようにした。さらに、DNAシーケンサーをよりよく駆使できるように、ハード、ソフトの両面から改良を加えた。また、(2)の目的のためにはコンピューターの使用が不可欠であり、これを最大限有効に利用する方法を講じなければならない。大腸菌ゲノムの全構造が解明されれば、その約470万塩基対からなる塩基配列データは、それ自身で一個の独立のデータベースとして、取り扱われるようになるものと考えられる。そこで、すでに発表されている塩基配列データーを収録して整理し、これに遺伝子地図データおよび整列クローンのデータを加えて「大腸菌データーベース」として整理し、班員の利用に供した。このように本年度の研究では、実験方法の改良、特に実験の機械化、コンピューター化を計ることを綿密に検討するとともに、データの評価法を確立し、研究を進めていく過程でこれらをより普遍的なものに編成し、本重点領域研究の他の計画研究・公募研究を含めた実際の研究に反映させてきた。それとともに、各種の領域の塩基配列決定を行ない、大腸菌のゲノム全構造の解明に向けての努力を重ねた。

大腸菌ゲノム構造の全体像を解明するためには、(1)実験データを効率よく得るための方法・技術を開発すること、及び、(2)データの収録・整理・統合などを効率よく行なうこと、が必要である。(1)の目的のためには、大腸菌の全ゲノムを網羅したいわゆる「整列クローンバンク」から、個々のクローンを取り出して塩基配列を決定する過程、および塩基配列決定を可能な限り機械化・自動化することを検討する必要がある。そこで本研究では、個々のクローンのDNAを直接、塩基配列決定のための酵素反応(ジデオキシ法)の鋳型として用いる方法を開発し、これを市販されているDNAシーケンサーで使用できるようにした。さらに、DNAシーケンサーをよりよく駆使できるように、ハード、ソフトの両面から改良を加えた。また、(2)の目的のためにはコンピューターの使用が不可欠であり、これを最大限有効に利用する方法を講じなければならない。大腸菌ゲノムの全構造が解明されれば、その約470万塩基対からなる塩基配列データは、それ自身で一個の独立のデータベースとして、取り扱われるようになるものと考えられる。そこで、すでに発表されている塩基配列データーを収録して整理し、これに遺伝子地図データおよび整列クローンのデータを加えて「大腸菌データーベース」として整理し、班員の利用に供した。このように本年度の研究では、実験方法の改良、特に実験の機械化、コンピューター化を計ることを綿密に検討するとともに、データの評価法を確立し、研究を進めていく過程でこれらをより普遍的なものに編成し、本重点領域研究の他の計画研究・公募研究を含めた実際の研究に反映させてきた。それとともに、各種の領域の塩基配列決定を行ない、大腸菌のゲノム全構造の解明に向けての努力を重ねた。