大腸菌ゲノムの一次構造の解析

大肠杆菌基因组一级结构分析

• 批准号: 01655005
• 负责人: 磯野 克己
• 金额: $ 20.48万
• 依托单位: Kobe University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 1989
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 1989 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-01655005/
• 关键词: 整列クローンバンク; 塩基配列決定; DNAシーケンサー; コンピュータープログラム; 大腸菌データベース

大腸菌ゲノム構造の全体像を解明するためには、(1)実験データを効率よく得るための方法・技術を開発すること、及び、(2)データの収録・整理・統合などを効率よく行なうこと、が必要である。(1)の目的のためには、大腸菌の全ゲノムを網羅したいわゆる「整列クローンバンク」から、個々のクローンを取り出して塩基配列を決定する過程、および塩基配列決定を可能な限り機械化・自動化することを検討する必要がある。そこで本研究では、個々のクローンのDNAを直接、塩基配列決定のための酵素反応(ジデオキシ法)の鋳型として用いる方法を開発し、これを市販されているDNAシーケンサーで使用できるようにした。さらに、DNAシーケンサーをよりよく駆使できるように、ハード、ソフトの両面から改良を加えた。また、(2)の目的のためにはコンピューターの使用が不可欠であり、これを最大限有効に利用する方法を講じなければならない。大腸菌ゲノムの全構造が解明されれば、その約470万塩基対からなる塩基配列データは、それ自身で一個の独立のデータベースとして、取り扱われるようになるものと考えられる。そこで、すでに発表されている塩基配列データーを収録して整理し、これに遺伝子地図データおよび整列クローンのデータを加えて「大腸菌データーベース」として整理し、班員の利用に供した。このように本年度の研究では、実験方法の改良、特に実験の機械化、コンピューター化を計ることを綿密に検討するとともに、データの評価法を確立し、研究を進めていく過程でこれらをより普遍的なものに編成し、本重点領域研究の他の計画研究・公募研究を含めた実際の研究に反映させてきた。それとともに、各種の領域の塩基配列決定を行ない、大腸菌のゲノム全構造の解明に向けての努力を重ねた。

Coliform ゲ ノ ム tectonic の all like を interpret す る た め に は, (1) be 験 デ ー タ を sharper rate よ く have る た め の way, technology を open 発 す る こ と, and び, (2) デ ー タ の 収 recording, sorting, integration な ど を sharper rate よ く line な う こ と, が necessary で あ る. (1) purpose の の た め に は, coliform の full ゲ ノ ム を snare し た い わ ゆ る "the whole column ク ロ ー ン バ ン ク" か ら, a 々 の ク ロ ー ン を take り out し て salt base with column を decided す る process, お よ び salt base with column decided を may な limits り mechanization, automation す る こ と を beg す 検 る necessary が あ る. そ こ で this study で は, a 々 の ク ロ ー ン の を DNA directly, salt base with column decided の た め の enzyme reverse 応 (ジ デ オ キ シ method) の type where と し て in い る method を open 発 し, こ れ を city vendor さ れ て い る DNA シ ー ケ ン サ ー で use で き る よ う に し た. さ ら に, DNA シ ー ケ ン サ ー を よ り よ く 駆 make で き る よ う に, ハ ー ド, ソ フ ト の struck surface か ら improved を plus え た. ま た purpose, (2) の の た め に は コ ン ピ ュ ー タ ー の use が not owe で あ り, こ れ を most time is sharper に using す る method を speak じ な け れ ば な ら な い. Coliform ゲ ノ ム の whole structure が interpret さ れ れ ば, そ の about 4.7 million salt base ain か ら な る salt base with column デ ー タ は, そ で れ itself a の independent の デ ー タ ベ ー ス と し て, take り Cha わ れ る よ う に な る も の と exam え ら れ る. そ こ で, す で に 発 table さ れ て い る salt base with column デ ー タ ー を 収 recorded し て し, こ れ に heritage 伝 son to 図 デ ー タ お よ び whole column ク ロ ー ン の デ ー タ を plus え て "coliform デ ー タ ー ベ ー ス" と し て し, audit の using に for し た. こ の よ う に の research this year で は, be の 験 method improvement, especially に be 験 の mechanization, コ ン ピ ュ ー タ ー change を meter る こ と を tight-knit に beg す 検 る と と も に, デ ー タ を 価 の evaluation method to establish を し, research into め て い く process で こ れ ら を よ り common な も の に し, the key field of research の he の project research, public offering を containing め た Practical <s:1> research に reflects させて た た. そ れ と と も に, various の の salt base line arrangement decided を な い, coliform の ゲ ノ ム whole structure の interpret に to け て の を hard heavy ね た.

项目成果

Nakayama M.,Fujita N.,Ohama T.,Osawa S.,Ishihama A.: "Micrococcus luteus,a bacterium with a high G+C content,contains Escherichia coli-type promoters." Mol.Gen.Genet.218. 384-389 (1989)

Nakayama M.、Fujita N.、Ohama T.、Osawa S.、Ishihama A.：“藤黄微球菌是一种具有高 G C 含量的细菌，含有大肠杆菌型启动子。”

Tanaka Y.,Tujimura A.,Fujita N.,Isono S.,Isono K.: "Cloning and analysis of an Escherichia coli operon containing the rpmF gene for ribosomal protein L32 and the gene for a 30 kilodalton protein." J.Bacteriol.171. 5707-5712 (1989)

Tanaka Y.、Tujimura A.、Fujita N.、Isono S.、Isono K.：“含有核糖体蛋白 L32 rpmF 基因和 30 kilodalton 蛋白基因的大肠杆菌操纵子的克隆和分析。”

Miyauchi T.: "Basigi,a new member of the immunoglobulin superfamily of broad distribution has strong homology with both immunoglobulin V domain and the β-chain of major histocompatibility complex class II antigen." J.Biochem.(1990)

Miyauchi T.：“Basigi，广泛分布的免疫球蛋白超家族的新成员，与免疫球蛋白 V 结构域和主要组织相容性复合物 II 类抗原的 β 链具有很强的同源性。”(1990)

Tanaka, S. , Matsushita, Y. , Yoshikawa, A. , Isono, K.: "Cloning and molecular characterization of the gene rimL which encodes an enzyme acetylating ribosomal protein L12 of Escherichia coli." Mol. Gen. Genet. 217. 289-293 (1989)

Tanaka, S.、Matsushita, Y.、Yoshikawa, A.、Isono, K.：“编码大肠杆菌核糖体蛋白 L12 乙酰化酶的 rimL 基因的克隆和分子表征。”

Matsushita, Y. , Kitakawa, M. , Isono, K.: "Cloning and analysis of the nuclear genes for two mitochondrial ribosomal proteins in yeast." Mol. Gen. Genet. 219. 119-124 (1989)

Matsushita, Y.、Kitakawa, M.、Isono, K.：“酵母中两种线粒体核糖体蛋白的核基因的克隆和分析。”