放射光を利用した時間分割ラウエ法による酵素反応過程追跡実験法とトリガーの開発
放射光を利用した時間分割ラウエ法による酵素反応過程追跡実験法とトリガーの開発
批准号:
07224201
负责人:
原田 繁春
金额:
$1.02万
依托单位:
依托单位国家:
日本
项目类别:
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份:
1995
资助国家:
日本
项目状态:
已结题
起止时间:
1995 至 --
中文摘要
ラウエ法による精度の高いデータ測定法を確立するためにnative結晶からの回折強度データを(1)大型IPを使い、(2)白色X線の照射ごとに結晶を少しづつ並進させて測定した。その結果、2Å分解能までのデータ(F≧2σ)を52%のcompleteness、R_<merge>=9%で測定することができた。これは大型IPを使うことによってたくさんの反射が記録できたので精度の高い“wavelength normalization curve"が得られたからと考えられる。このデータを使ってScNPの構造の精密化をPROLSQで行なった。その結果、completenessの高い単色X線の場合と遜色のない精密化を行なうことができた。しかし、更に質を向上させ単色X線並みのデータを得るためには(1)harminic overlapの反射についてdeconvolutionを行なう、(2)吸収の影響を大きく受ける長い波長のX線をカットしてバンド幅の狭い白色X線を使う、といったことが考えられる。フローセル中にサーモリシンの結晶をアガロースゲルで固定し、EDTAを含む溶液を流してみた。目的はサーモリシン中の活性に必須の亜鉛原子がEDTAで抜かれていく様子が見られるかどうかと、データの質を検討するためである。溶液を流しはじめて0、30、45分後にデータを測定した。completenessを上げるために同じ実験をX線に対する方位を変えた3個の結晶を使って行なった。しかし、2個の結晶は回折強度が弱くて処理することができなかった。1個の結晶からのデータでは分解能2Åでcompletenessは30%程度、R_<merge>は22‐28%であった。また、ScNP結晶を使った実験では溶液を流しながら、スピンドル軸が0、24、48°でデータ(image‐1、image‐2、image‐3)を測定した。これらのデータを処理したところ、例えばimage‐1だけだとcompletenessは29%(2.0Å分解能)と低いが、R_<merge>は16%程度であった。しかし、image‐1+image‐2、image‐1+image‐2+image‐3という具合に結晶の方位を変えてとったデータをたし合わせるとR_<merge>は23%、29%とどんどん悪くなっていった。明らかに吸収の影響がでている。
英文摘要
ラウエ法による精度の高いデータ測定法を確立するためにnative結晶からの回折強度データを(1)大型IPを使い、(2)白色X線の照射ごとに結晶を少しづつ並進させて測定した。その結果、2Å分解能までのデータ(F≧2σ)を52%のcompleteness、R_<merge>=9%で測定することができた。これは大型IPを使うことによってたくさんの反射が記録できたので精度の高い“wavelength normalization curve"が得られたからと考えられる。このデータを使ってScNPの構造の精密化をPROLSQで行なった。その結果、completenessの高い単色X線の場合と遜色のない精密化を行なうことができた。しかし、更に質を向上させ単色X線並みのデータを得るためには(1)harminic overlapの反射についてdeconvolutionを行なう、(2)吸収の影響を大きく受ける長い波長のX線をカットしてバンド幅の狭い白色X線を使う、といったことが考えられる。フローセル中にサーモリシンの結晶をアガロースゲルで固定し、EDTAを含む溶液を流してみた。目的はサーモリシン中の活性に必須の亜鉛原子がEDTAで抜かれていく様子が見られるかどうかと、データの質を検討するためである。溶液を流しはじめて0、30、45分後にデータを測定した。completenessを上げるために同じ実験をX線に対する方位を変えた3個の結晶を使って行なった。しかし、2個の結晶は回折強度が弱くて処理することができなかった。1個の結晶からのデータでは分解能2Åでcompletenessは30%程度、R_<merge>は22‐28%であった。また、ScNP結晶を使った実験では溶液を流しながら、スピンドル軸が0、24、48°でデータ(image‐1、image‐2、image‐3)を測定した。これらのデータを処理したところ、例えばimage‐1だけだとcompletenessは29%(2.0Å分解能)と低いが、R_<merge>は16%程度であった。しかし、image‐1+image‐2、image‐1+image‐2+image‐3という具合に結晶の方位を変えてとったデータをたし合わせるとR_<merge>は23%、29%とどんどん悪くなっていった。明らかに吸収の影響がでている。
期刊论文(2)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
Shigeharu Harada: "Complete amino acid sequence of a zinc metalloendoprotease from Streptomyces caespitosus" Eur.J.Biochem.233. 683-686 (1995)
Shigeharu Harada:“来自链霉菌的锌金属内切蛋白酶的完整氨基酸序列”Eur.J.Biochem.233。
DOI:
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发表时间:
期刊:
影响因子:
--
作者:
[]
通讯作者:
アフリカ型トリパノソーマ由来グリセロールキナーゼを標的にした阻害剤の論理的開発
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批准号:12F02102
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项目类别:Grant-in-Aid for JSPS Fellows
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资助金额:$1.47万
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财政年份:2012
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负责人:原田 繁春
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依托单位:
ウシ心筋ミトコンドリア電子伝達系に存在する膜蛋白質会合体の構造研究
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批准号:19036010
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$4.22万
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财政年份:2007
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负责人:原田 繁春
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依托单位:
膜結合性コハク酸ユビキノン酸化還元酵素複合体のX線結晶解析
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批准号:16048203
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$2.3万
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财政年份:2004
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负责人:原田 繁春
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依托单位:
膜結合性コハク酸ユビキノン酸化還元酵素複合体のX線構造解析
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批准号:13033006
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$2.3万
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财政年份:2001
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负责人:原田 繁春
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依托单位:
大腸菌の膜結合性コハク酸ユビキノン酸化還元酵素複合体のX線構造解析
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批准号:11169211
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
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资助金额:$1.92万
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财政年份:1999
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负责人:原田 繁春
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依托单位:
結晶構造をもとにした金属プロテアーゼ中の亜鉛による基質の活性化に関する研究
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批准号:08249205
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.15万
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财政年份:1996
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负责人:原田 繁春
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依托单位:
放射光を利用した時間分割ラウエ法による酵素反応過程追跡実験法とトリガーの開発
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批准号:08214202
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$0.83万
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财政年份:1996
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负责人:原田 繁春
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依托单位:
Zn-金属プロテアーゼの立体構造と構造・機能相関に関する研究
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批准号:07672416
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项目类别:Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
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资助金额:$1.09万
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财政年份:1995
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负责人:原田 繁春
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依托单位:
放射光を利用した時間分割ラウエ法による酵素反応過程追跡実験法とトリガーの開発
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批准号:06235207
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.02万
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财政年份:1994
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负责人:原田 繁春
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依托单位:
放射光を利用した時間分割ラウエ法による酵素反応過程追跡実験法とトリガーの開発
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批准号:05244204
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项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
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资助金额:$1.15万
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财政年份:1993
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负责人:原田 繁春
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依托单位:
放線菌が産出する中性プロテアーゼの結晶構造解析
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批准号:02780055
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.58万
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财政年份:1990
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负责人:原田 繁春
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依托单位:
バクテリア型リゾチームの解媒機構及び分子進化に関する研究
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批准号:58780150
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项目类别:Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
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资助金额:$0.51万
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财政年份:1983
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负责人:原田 繁春
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依托单位:
海外基金