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DNAおよび転写因子との相互作用に関わるRNAポリメラーゼ上の構造

参与与 DNA 和转录因子相互作用的 RNA 聚合酶的结构

基本信息

批准号：
07268223
负责人：
藤田信之
金额：
$ 1.66万
依托单位：
National Institute of Genetics
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1995
资助国家：
日本
起止时间：
1995 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-07268223/
关键词：
RNAポリメラーゼ大腸菌蛋白質立体構造転写調節

项目摘要

大腸菌RNAポリメラーゼαサブユニットのC末端領域は、cANP受容体蛋白(CRP)などの転写因子(クラスI転写因子)との蛋白-蛋白相互作用、およびプロモーターUPエレメントとの蛋白-DNA相互作用のいずれにも必須である。プロテアーゼ限定分解の結果から独立のドメインを形成していると考えられたC末端側97アミノ酸残基の領域に相当するペプチドを大量発現し、多次元NMRによる構造解析を行なった(本重点領域研究の京極、白川、山崎博士との共同研究)。構造が決定されたPhe^<249>からIle^<326>の領域(RMSD=0.67Å)は、4本のαヘリックスとその両端の2本のアームからなるコンパクトな構造をとっており、他のDNA結合蛋白との類似性はなかった。この構造の上で、蛋白-蛋白相互作用および蛋白-DNA相互作用に関わるアミノ酸残基を詳細にマップする目的で、260位から270位までを1個ずつトリプトファンに置き換えた変異体、258位から275位までと297位から298位までを1個ずつアラニンに置き換えた変異体、さらに最も重要と思われたArg^<265>を他の6種類のアミノ酸に置き換えた変異体を作成した。これらの変異サブユニットを精製し、in vitroでホロ酵素を再構成したのち、CRP依存性のlacプロモーターおよびUPエレメント依存性のrrnBP1プロモーターを用いて、in vitro転写およびDNaseIフットプリンティングによる解析を行なった。その結果、CRPおよびUPエレメントのいずれとの相互作用においても、ヘリックス1およびヘリックス4のN端領域にあって溶媒に露出しているアミノ酸残基、なかでもヘリックス1のN端に位置するArg^<265>、が重要な役割を果たすことがわかった。この結果は、蛋白-蛋白相互作用および蛋白-DNA相互作用の両者に同じ蛋白構造が関わっていることを示唆する点で興味深い。

The C-terminal domain, cANP receptor protein (CRP), writing factor (writing factor), protein-protein interaction (protein-protein interaction), and protein-protein interaction (protein-DNA interaction) of RNA receptor protein (CRP), receptor receptor protein (CRP), protein-protein interaction (DNA), protein-protein interaction (DNA), protein-protein interaction and protein-protein interaction must be detected. The results of this study show that there is a significant increase in the number of acid residues at the C-terminal. The field of acid residues in the C-terminal is very sensitive to a large number of detectable and multivariate NMR analysis (this key field is jointly studied by Beijing, Shirakawa and Yamazaki). The manufacturer determines that the DNA binding protein binding protein is similar to that of the DNA binding protein. It is determined that there are four copies of the DNA binding protein field (RMSD=0.67 domain), and four copies of the alpha database. Protein-protein interaction, protein-protein interaction, protein-DNA interaction, protein-protein interaction, protein-protein interaction, protein-protein The most important thing is to think about Arg ^ & lt. 265gt; other information, such as the number of people who do not need to pay attention to the size of the system. This is the first time that the enzyme has been identified. The CRP dependence is lac, the enzyme is UP, the dependency is rrnBP1, the enzyme is DNaseI, the enzyme is DNaseI, and the line is parsed. The results showed that the interaction between CRP and UP showed that there was no significant difference between the two groups. The results showed that the N-terminal domain of the solvent was significantly higher than that of the control group (n-terminal). The results showed that the N-terminal position of the N-terminal position of the 1-terminal position, the lt;265>, the N-terminal position, the position, the position, the Results, protein-protein interaction, protein-DNA interaction, protein-protein interaction and protein-protein interaction.