全ゲノムをカバーするBACDNAマイクロアレイを用いた疾患関連遺伝子の探索と解析

使用覆盖整个基因组的 BACDNA 微阵列搜索和分析疾病相关基因

• 批准号: 14013057
• 负责人: 村山 裕治
• 金额: $ 4.74万
• 依托单位: Keio University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14013057/
• 关键词: マイクロアレイ; チップ; がん; CGH; LOH; ゲノム; 遺伝子; 分子生物学

全ゲノムをカバーするBAC-DNAマイクロアレイを作製するため、慶應BACクローンの収集を行った。まず患者の多くにおいて数十〜数百kbにわたる欠失変異が見出される若年性パーキンソン病の原因遺伝子Parkin(ゲノムサイズ1.4Mb)をカバーする51個のBACクローンを単離しスポットしたマイクロアレイを作製した。また癌関連遺伝子の増幅や欠失を検出するため、206種類の癌関連遺伝子/領域をカバーする506個のBACクローンを単離しマイクロアレイを作製した。さらにダウン症の診断のため21番染色体をカバーするBACクローン、猫目症候群や22q11.2欠失症候群の診断のため22番染色体をカバーするBACクローンの単離をほぼ完了した。またSTS/ESTスクリーニングによって4千個の8番染色体特異的クローンを得たので、末端シーケンスを解読してドラフトシークエンス上へ配列している。さらに4万個のBACクローンの末端シーケンスを解読、ヒトドラフト/完成シークエンスに照合して全ゲノムを網羅的にカバーするBACクローンの整列化を進めている。癌関連遺伝子のマイクロアレイについては、EGF受容体遺伝子の増幅などいくつかの癌遺伝子の増幅を培養細胞や臨床検体で確認することができた。これらの増幅はFISH法などの結果と一致した。LOHやParkin遺伝子の欠失、22番染色体の欠失などのヘミ接合領域の検出については現在検討中である。シグナル検出上の課題として感度やダイナミックレンジを改善することが求められた。そこでニトロセルロース膜固定化スライドガラス上にBAC-DNAを固定したところ、高いS/N比で検出する手法を確立することができ、さらに、金属粒子を用いた標識法を導入することにより、蛍光色素を使う方法と比べ高感度の検出を可能にした。その結果一桁低いプローブ濃度でも同等のS/N比のシグナルを可能にした。

This is the best way to do this. You should use the BAC-DNA data to make sure that you have a set of rows. The number of patients is tens to hundreds of kilobytes (kb). If the disease is caused by the disease, the Parkin (child), the cause of the disease, the cause of the disease There is a link between BAC and other cancers. There are two hundred and six cancers. Chromosome 21, BAC syndrome, feline syndrome, 22q11.2 syndrome, BAC syndrome, 22 chromosomes, 22 chromosomes. In order to improve the quality of each of the 4, 000 special chromosomes, the end-to-end STS/EST system should be assigned to each of the 4, 000 special chromosomes. There are more than 40, 000 BAC messages in the terminal. This is not the only way to solve the problem.