全ゲノムをカバーするBACクローンDNAマイクロアレイを用いた癌関連遺伝子の探索

使用覆盖整个基因组的 BAC 克隆 DNA 微阵列搜索癌症相关基因

• 批准号: 13770673
• 负责人: 村山 裕治
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: Keio University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 2002
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13770673/
• 关键词: マイクロアレイ; チップ; がん; CGH; LOH; ゲノム; 遺伝子; 分子生物学

癌細胞における癌関連遺伝子の増幅や欠失を検出するため、100種類の癌関連遺伝子、106種類の癌関連領域をカバーする506個のBACクローンを単離し、BAC-DNAマイクロアレイを作製した。これらのアレイを用いて検定標品に扁平上皮癌由来のA431細胞ゲノムを使用し、コントロールとして用いた正常リンパ芽球細胞株と比較したところ、FISH法等で示されていたEGF受容体遺伝子の増幅を再現性良く検出できた。さらに乳癌や膵臓癌、腎細胞癌などの細胞株についても同様の検討を行ったところ、いくつかの細胞で増幅を認める遺伝子を見い出すことができた。これらの遺伝子増幅の結果はFISH法でも確認できた。全ゲノムをカバーするBAC-DNAマイクロアレイを作製するため、慶應BACクローンの収集を行った。21番、22番染色体をカバーするBACクローンの単離はほぼ完了した。また、8番染色体については約4000個のクローンを得たので、それぞれのクローンの末端シーケンスを解読して8番ドラフトシークエンス上へ配置している。さらに4万個のBACクローンの末端シークエンシングを行い、ヒトドラフト、ヒト完成シークエンスに対して末端シーケンスを照合することにより、全ゲノムを網羅的にカバーするBACクローンの整列化を進めている。ゲノムBAC-DNAマイクロアレイの検出感度を高めるため、ニトロセルロース膜固定化スライドガラス上にBAC-DNAを固定し、高いS/N比で検出する手法を確立した。さらに、金属粒子を用いた標識法を導入することにより、蛍光色素を使う方法と比べ高感度の検出を可能にした。その結果一桁低いプローブ濃度でも同等のS/N比のシグナルを検出できた。

Cancer cells, 100 types of cancer-related genes, and 106 types of cancers. Related fields: をカバーする506のBACクローンを単し, BAC-DNAマイクロアレイをした.これらのアレイを Use いて検 calibrator にSquamous epithelial cancer origin のA431 cells ゲノムを use し, コントロールとして use いたnormal リThe results of the comparison of the ンパ bud cell strain and FISH method and the improvement of the EGF receptor have shown good reproducibility.さらに Breast cancer, breast cancer and renal cell carcinomaたところ, いくつかのcell でincrease width をcognize める伝子を见い出すことができた. The result of the enlargement is confirmed by the FISH method. All ゲノムをカバーするBAC-DNAマイクロアレイを production するため, Keio BAC クローンのCollection を行った. The 21st and 22nd chromosomes are finished.また、8th chromosome についてはAbout 4000 のクローンを得たので、それぞれのクしているさらに40,000のBACクローンのENDシークエンシングを行い、ヒトドラフト、ヒトCompleteシークエンスに対してThe end of the series is the terminating series, and the series of the full series of series is the series of the series.ゲノBAC-DNA マイクロアレイの検 Sensitivity を高めるため、ニトロセルロース membrane fixation The chemical BAC-DNA is fixed and the S/N ratio is high and the technique is established.さらに, metal particles are imported using いた marking method, することにより, and light pigments are made using a method that is more sensitive than べの検出をpossible にした. The result of the test is that the concentration of the product is low and the S/N ratio is the same.