基于转录因子高阶结构的基因组信息科学-猫眼课题宝

基于转录因子高阶结构的基因组信息科学

批准号：

14015230

负责人：

西村善文

金额：

$3.71万

依托单位：

Yokohama City University

依托单位国家：

日本

项目类别：

Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

财政年份：

2002

资助国家：

日本

项目状态：

已结题

起止时间：

2002 至 --

来源：

https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14015230/

关键词：

DNA結合タンパク質二重鎖DNAチップ TRF テロメアDNA 表面電苛 DNAマイクロレイ Myb テロメアタンパク質

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英文摘要

新しいタンパク質同定用二重鎖DNAチップを開発した。DNA結合タンパク質の多くは二重鎖DNAに結合するため、二重鎖DNAチップを作成しなくてはならない。そのため、一本鎖DNAチップを作成しておいて、その相補鎖のDNAをハイブリダイゼーションし、二重鎖DNAにしておいた後に遺伝子産物であるタンパク質を流しトラップする。また、プローブのDNAを末端でスライドガラスに結合するためにアビジンコートスライドガラスを使用し、ビオチン化したプローブDNAを使用した。今年度はTRFをサンプルタンパク質としてTRFに特化した二重鎖DNAチップの開発を行った。ハイブリ用DNAサンプルとして16種類のすべての相補鎖を含むようにハイブリ用DNAサンプルプローブを合成した。作成したDNAチップに対してハイブリダイゼーションを行った。二重鎖DNAを形成していることを読み取りで確認し、調整したDNA結合タンパク質を添加してカバーガラスをかぶせて全体に行き渡るようにした後に純水で洗浄した。サンプルタンパク質としてTRF1とTRF2に関して実験を行った。本研究における二重鎖DNAチップの有用性を調べるために、BIACOREでDNA結合タンパク質TRF1の各々のプローブに対する解離定数を調べた。現時点で7プローブに対して同じくビオチン修飾したDNAプローブを用いることで解離定数を求めた。7点での相関係数は0.85であった。また新しい可視化技術の開発として過去に報告されたDNA結合タンパク質とDNAとの相互作用をDNA表面で展開するソフトを開発しDNA結合面から見たタンパク質表面の特徴を描くことに成功した。

期刊论文(10)

专著(0)

科研奖励(0)

会议论文

西村善文 (分担執筆): "ここまで判った形づくりのシグナル伝達 (竹縄忠臣、帯刀益夫編 p、72-81)"羊土社. 278 (2002)

Yoshifumi Nishimura（合著者）：“迄今为止已了解的整形中的信号传输（由 Tadaomi Takenawa 和 Masuo Tateto 编辑，第 72-81 页）”Yodosha 278 (2002)。

DOI： --

发表时间：

期刊：

影响因子： --

作者：

[]

通讯作者：

奥田昌彦, 西村善文: "転写における構造生物学"蛋白質・核酸・酵素. Vol.47. 926-940 (2002)

Masahiko Okuda，Yoshifumi Nishimura：“转录的结构生物学”，蛋白质、核酸和酶，第 47 卷（2002 年）。

DOI： --

发表时间：

期刊：

影响因子： --

作者：

[]

通讯作者：

西村善文: "蛋白質のドメイン構造-機能ドメインと構造ドメイン"実験医学増刊. Vol.20. 24-32

西村义文：“蛋白质的结构域——功能域和结构域”实验医学特别版。20。24-32

DOI： --

发表时间：

期刊：

影响因子： --

作者：

[]

通讯作者：

西村善文: "情報伝達におけるドメイン構造の多様性と認識の普遍性"実験医学増刊. Vol.20. 72-81 (2002)

Yoshifumi Nishimura：“信息传递中的域结构的多样性和识别的普遍性”实验医学特别版。20。72-81（2002）。

DOI： --

发表时间：

期刊：

影响因子： --

作者：

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通讯作者：

長土居有隆, 西村善文 (分担執筆): "NMR分光法 (阿久津秀雄、島田一夫、鈴木栄一郎、西村善文編 p153-160、p207-233)"学会出版センター. 269 (2003)

Yutaka Nagadoi、Yoshifumi Nishimura（撰稿人）：“NMR 光谱学（由 Hideo Akutsu、Kazuo Shimada、Eiichiro Suzuki 和 Yoshifumi Nishimura 编辑，第 153-160 页，第 207-233 页）”学会出版中心 269（2003 年）。

DOI： --

发表时间：

期刊：

影响因子： --

作者：

[]

通讯作者：