転写因子の高次構造に基づくゲノム情報科学

基于转录因子高阶结构的基因组信息科学

• 批准号: 14015230
• 负责人: 西村 善文
• 金额: $ 3.71万
• 依托单位: Yokohama City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2002
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2002 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14015230/
• 关键词: DNA結合タンパク質; 二重鎖DNAチップ; TRF; テロメアDNA; 表面電苛; DNAマイクロレイ; Myb; テロメアタンパク質

新しいタンパク質同定用二重鎖DNAチップを開発した。DNA結合タンパク質の多くは二重鎖DNAに結合するため、二重鎖DNAチップを作成しなくてはならない。そのため、一本鎖DNAチップを作成しておいて、その相補鎖のDNAをハイブリダイゼーションし、二重鎖DNAにしておいた後に遺伝子産物であるタンパク質を流しトラップする。また、プローブのDNAを末端でスライドガラスに結合するためにアビジンコートスライドガラスを使用し、ビオチン化したプローブDNAを使用した。今年度はTRFをサンプルタンパク質としてTRFに特化した二重鎖DNAチップの開発を行った。ハイブリ用DNAサンプルとして16種類のすべての相補鎖を含むようにハイブリ用DNAサンプルプローブを合成した。作成したDNAチップに対してハイブリダイゼーションを行った。二重鎖DNAを形成していることを読み取りで確認し、調整したDNA結合タンパク質を添加してカバーガラスをかぶせて全体に行き渡るようにした後に純水で洗浄した。サンプルタンパク質としてTRF1とTRF2に関して実験を行った。本研究における二重鎖DNAチップの有用性を調べるために、BIACOREでDNA結合タンパク質TRF1の各々のプローブに対する解離定数を調べた。現時点で7プローブに対して同じくビオチン修飾したDNAプローブを用いることで解離定数を求めた。7点での相関係数は0.85であった。また新しい可視化技術の開発として過去に報告されたDNA結合タンパク質とDNAとの相互作用をDNA表面で展開するソフトを開発しDNA結合面から見たタンパク質表面の特徴を描くことに成功した。

A new type of double-locked DNA switch has been developed. DNA binding protein is made from multiple double-locked DNA. The DNA sequence of the first and second locks was created and the DNA sequence of the second lock was created. The end of the DNA sequence is called the DNA sequence. This year, TRF is specialized in the development of double-locked DNA. 16 kinds of DNA are synthesized by DNA sequencing. The first step is to make sure that you have the right information. Double-lock DNA formation is confirmed, adjusted, and purified by adding DNA binding substances. TRF1 and TRF2 are related. In this study, the usefulness of double-locked DNA was modulated by the dissociation parameters of TRF1. The current number is 7. The correlation coefficient of 7 points 0.85. The development of new visualization techniques has been reported in the past, and DNA binding surfaces have been successfully characterized.

项目成果

西村 善文 (分担執筆): "ここまで判った形づくりのシグナル伝達 (竹縄 忠臣、帯刀 益夫 編 p、72-81)"羊土社. 278 (2002)

Yoshifumi Nishimura（合著者）：“迄今为止已了解的整形中的信号传输（由 Tadaomi Takenawa 和 Masuo Tateto 编辑，第 72-81 页）”Yodosha 278 (2002)。

奥田昌彦, 西村善文: "転写における構造生物学"蛋白質・核酸・酵素. Vol.47. 926-940 (2002)

Masahiko Okuda，Yoshifumi Nishimura：“转录的结构生物学”，蛋白质、核酸和酶，第 47 卷（2002 年）。

西村 善文: "蛋白質のドメイン構造-機能ドメインと構造ドメイン"実験医学増刊. Vol.20. 24-32

西村义文：“蛋白质的结构域——功能域和结构域”实验医学特别版。20。24-32

西村善文: "情報伝達におけるドメイン構造の多様性と認識の普遍性"実験医学増刊. Vol.20. 72-81 (2002)

Yoshifumi Nishimura：“信息传递中的域结构的多样性和识别的普遍性”实验医学特别版。20。72-81（2002）。

長土居 有隆, 西村 善文 (分担執筆): "NMR分光法 (阿久津 秀雄、島田 一夫、鈴木 栄一郎、西村 善文編 p153-160、p207-233)"学会出版センター. 269 (2003)

Yutaka Nagadoi、Yoshifumi Nishimura（撰稿人）：“NMR 光谱学（由 Hideo Akutsu、Kazuo Shimada、Eiichiro Suzuki 和 Yoshifumi Nishimura 编辑，第 153-160 页，第 207-233 页）”学会出版中心 269（2003 年）。