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立体構造に基づく転写因子のドメイン間の相互作用

立体構造に基づく転写因子のドメイン間の相互作用
基于三级结构的转录因子结构域之间的相互作用
批准号：
11154221
负责人：
西村 善文
金额：
$1.28万
依托单位：
Yokohama City University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
财政年份：
1999
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
1999 至 --
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11154221/
关键词：
TFIIE立体構造NMRウィングドヘリックスPhoBATF-2転写活性化ドメインDNA結合

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本研究では転写因子や基本転写因子のDNA結合ドメインや転写活性化ドメインの構造を解析し構造に基づいて機能を解析することを目的としている。TFIIEβサブユニットのコアドメインを同定し立体構造をNMRで解析した。コアドメインは3本のαヘリックスとC末もβヘアピンを持っていて、ウィングドヘリックスモチーフと非常に類似している。コアドメインは2本鎖DNA結合ドメインであることが示唆された。ウィングドヘリックスモチーフの場合はヘリックスターンヘリックスを形成し認識ヘリックスとしてDNAの大きな溝に収まって特定の塩基配列を認識している。しかしTFIIEβのコアドメインは全く逆側の表面を使って2本鎖DNAに結合する新規の結合様式を示した。PhoBのDNA結合/転写活性化ドメインの構造をNMRにより決定したところN末の4本のβ鎖からなるβシート、中央部の3本のαヘリックスのバンドル構造、C末のβヘアピンで安定化されていた。全体の構造は既に解析されていたOmpRのDNA結合/転写活性化ドメインと非常に良く似ていたが2番目と3番目のαヘリックスが作るヘリックスターンヘリックス構造のターン部位のコンホメーションと3番目のヘリックス長さが明らかに異なっていた。各々はRNAポリメラーゼと相互作用するがサブユニットの違いがPhoBとOmpRのターン部位のコンホメーションの違いになっている。ATF-2の転写活性化ドメインはN末サブドメインとC末サブドメインの2個のサブドメインからなる。N末サブドメインはC2H2型Znフィンガーと立体構造が非常に良く似ていて、C末サブドメインはフレキシブルでランダムな構造であった。C末サブドメインは他のタンパク質との結合によってランダムな構造から両親媒性のαヘリックスへと変化することが判った。
期刊论文(4)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
Okuda, M.,: "Structure of the Central Core Domain of TFIIEb Double-stranded DNA-binding Surface"EMBO J.. (in press). (2000)
Okuda, M.，：“TFIIEb 双链 DNA 结合表面的中央核心结构域的结构”EMBO J..（出版中）。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Nagadoi,A.,: "Solution structure of the transactivation domain of ATF-2 comprising a zinc finger-like subdomain and a flexible subdomain."J.Mol.Biol.. 287. 593-607 (1999)
Nagadoi，A.，：“ATF-2 反式激活结构域的溶液结构，包含锌指样子结构域和柔性子结构域。”J.Mol.Biol.. 287. 593-607 (1999)
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Okumura, H.,: "Structural Comparison of the PhoB and OmpR DNA-binding/transactivation Domains and the Arrangement of PhoB Molecules on the Phosphate Box"J. Mol. Biol.. 295. 1225-1235 (2000)
Okumura, H.，“PhoB 和 OmpR DNA 结合/反式激活域的结构比较以及 PhoB 分子在磷酸盐盒上的排列”J.
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Sasaki,M.,: "Backbone Dynamics of the c-Myb DNA-binding domain complexed with a specific DNA."J.Biochem.. (in press). (2000)
Sasaki,M.，：“与特定 DNA 复合的 c-Myb DNA 结合域的骨干动力学。”J.Biochem..（出版中）。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
クロマチン中の揺らいでいる領域の機能構造解析
  • 批准号：
    23K27119
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
  • 资助金额：
    $8.74万
  • 财政年份：
    2024
  • 负责人：
    西村 善文
  • 依托单位：
    Yokohama City University
クロマチン中の揺らいでいる領域の機能構造解析
  • 批准号：
    23H02426
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
  • 资助金额：
    $11.9万
  • 财政年份：
    2023
  • 负责人：
    西村 善文
  • 依托单位：
    Yokohama City University
核内転写関連因子の天然変性状態と動的構造解析
  • 批准号：
    20247018
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
  • 资助金额：
    $8.9万
  • 财政年份：
    2008
  • 负责人：
    西村 善文
  • 依托单位：
    Yokohama City University
染色体末端テロメアの構造生物学
  • 批准号：
    17012020
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 资助金额：
    $5.44万
  • 财政年份：
    2005
  • 负责人：
    西村 善文
  • 依托单位：
    Yokohama City University
海外基金