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転写因子の高次構造に基づくゲノム情報科学

転写因子の高次構造に基づくゲノム情報科学
基于转录因子高阶结构的基因组信息科学
批准号：
12208039
负责人：
西村 善文
金额：
$0.0万
依托单位：
Yokohama City University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2000
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2000 至 --
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12208039/
关键词：
テロメア結合タンパク質DNA結合ドメインNMR立体構造TRF1hRap1表面構造Myb

项目摘要

项目成果

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DNA結合タンパク質の立体構造をNMR法により決定し表面構造を計算してDNA結合能との相関を求めた。今回テロメア結合タンパク質のTRF1のMybモチーフとDNAとの複合体の立体構造とhRap1のMybモチーフの立体構造を新たに決定した。TRF1はテロメアDNAに直接結合しhRap1はTRF2を介して間接的に結合する。両方のMybモチーフとも構造解析の結果3個のヘリックスを持っていた。TRF1のMybモチーフは1個でテロメアDNAと特異的に結合し、フレキシブルなN末がDNAの小さな溝で特異的に結合し3番目のヘリックスがDNAの大きな溝で塩基配列を認識していた。タンパク質表面はDNAと特異的に結合できるように正の表面電荷分布を持っていた。しかしDNAと結合できないhRap1のMybモチーフの表面には特異的な正電荷の分布が無かった。当研究室で以前に構造を解析したc-MybのDNA結合ドメインの3個のリピート、R1、R2、R3は同じフォールドを持っているがR2R3の両方が特異的なDNA結合には必要十分でR1は必要ではない。hRap1のMybモチーフの表面電荷分布はR1に似ていた。また基本転写因子TFIIEベータのコアドメインの構造を決定したところウイングドヘリックス・タンパク質と同じフォールドを持っていたが表面電荷分布を調べてみると典型的なウイングドヘリックス・タンパク質と逆側の表面がDNA結合面であることが示された。このように同じフォールドを持っていても表面電荷分布の違いで機能が異なったり機能部位が異なったりすることが判った。
期刊论文(5)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
Okuda,M.,: "Structure of the central core domain of TFIIEβ with a novel double-stranded DNA-binding surface."The EMBO Journal. 19・6. 1346-1356 (2000)
Okuda, M.，“具有新型双链 DNA 结合表面的 TFIIEβ 中央核心结构域的结构。”EMBO 杂志 19・6（2000）。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
西村善文: "構造的に見たDNA認識の普遍性と多様性(転写因子の機能-転写制御複合体形成のダイナミクス蛋白質核酸酵素 臨時増刊号Vol.45,No.9,P.1683-1693)"共立出版. 11 (2000)
Yoshifumi Nishimura：“从结构角度观察 DNA 识别的普遍性和多样性（转录因子的功能 - 转录控制复合物、蛋白质、核酸、酶的形成动力学，特刊，第 45 卷，第 9 期，第 1683-1693 页） ）“共立书刊。11（2000）
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
西村善文: "ウイングドヘリックス/フォークヘッド・ドメインの多様性(実験医学増刊Vol.18,No.18,p.183-189)"羊土社. 7 (2000)
Yoshifumi Nishimura：“翼状螺旋/叉头结构域的多样性（实验医学特别版，第 18 卷，第 18 期，第 183-189 页）”Yodosha 7 (2000)。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Okamura,H.,: "Structural Comparison of the PhoB and OmpR DNA-binding/transactivation Domains and the Arrangement of PhoB Molecules on the Phosphate Box."J.Mol.Biol.. 295. 1225-1236 (2000)
Okamura, H.,：“PhoB 和 OmpR DNA 结合/反式激活域的结构比较以及 PhoB 分子在磷酸盐盒上的排列。”J.Mol.Biol.. 295. 1225-1236 (2000)
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
クロマチン中の揺らいでいる領域の機能構造解析
  • 批准号：
    23K27119
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
  • 资助金额：
    $8.74万
  • 财政年份：
    2024
  • 负责人：
    西村 善文
  • 依托单位：
    Yokohama City University
クロマチン中の揺らいでいる領域の機能構造解析
  • 批准号：
    23H02426
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
  • 资助金额：
    $11.9万
  • 财政年份：
    2023
  • 负责人：
    西村 善文
  • 依托单位：
    Yokohama City University
核内転写関連因子の天然変性状態と動的構造解析
  • 批准号：
    20247018
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
  • 资助金额：
    $8.9万
  • 财政年份：
    2008
  • 负责人：
    西村 善文
  • 依托单位：
    Yokohama City University
染色体末端テロメアの構造生物学
  • 批准号：
    17012020
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 资助金额：
    $5.44万
  • 财政年份：
    2005
  • 负责人：
    西村 善文
  • 依托单位：
    Yokohama City University
海外基金