课题基金 / 基金详情

DNA結合タンパク質の塩基配列特異性の網羅的な定量化

DNA結合タンパク質の塩基配列特異性の網羅的な定量化
DNA 结合蛋白碱基序列特异性的综合定量
批准号：
15014227
负责人：
西村 善文
金额：
$5.12万
依托单位：
Yokohama City University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2003
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2003 至 --
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15014227/
关键词：
DNA結合タンパク質二重鎖DNAチップTRFテロメアDNA表面電荷転写因子NMRMS

项目摘要

项目成果

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二重鎖テロメア配列に結合するタンパク質としてヒトではTRF1とTRF2が発見された。今回TRF2のDNA結合ドメインとテロメアDNAとの複合体構造をNMRで決定した。3本のヘリックスからなるMyb様構造を保持していた。3本のヘリックスの立体配置はフリーの時と同じであったがDNAの小さな溝で特異的にTT配列を認識しているN末のフレキシブルアームがフリーの時に比べてDNAとの結合により固定化された。3番目のヘリックスがAGGG配列をDNAの大きな溝で特異的に認識していた。以前に決定したTRF1とテロメアDNAとの複合体構造と比較してDNA認識様式はほとんど同じであった。いくつかの変異体を作成し、テロメアDNAへの結合能を測定した。テロメアDNAの3'側に突出した1本鎖DNAの構造に関しては、少なくとも試験管内ではTTAGGG配列が繰り返した1本鎖DNAはそれ自身で折り畳まれてグアニン塩基同士で4重らせん構造を形成する。今回TRF2のDNA結合ドメインが特異的にTTAGGG配列が形成する4重らせん構造に結合することを見出した。TRF2は二重鎖DNAに結合するだけではなく1本鎖DNAが作る4重らせん構造にも結合して染色体末端構造の保持に関与している。転写因子c-Myb DNA結合ドメインと22塩基対からなる数種類の二重鎖DNAの系において、その結合の強さについてエレクトロスプレーイオン化質量分析法を用いて解析した。溶液での複合体の解離定数とエレクトロスプレーイオン源部の電圧パラメータの間の相関を明らかにし、解離定数未知のDNA-タンパク質複合体の結合の強さについて、質量分析を用いて解析できることを明らかにした。
期刊论文(6)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
西村 善文: "DNA・RNAヌクレオチドの合成と代謝"化学と工業. 第56巻. 541-544 (2003)
Yoshifumi Nishimura：“DNA/RNA 核苷酸的合成和代谢”化学与工业卷 56. 541-544 (2003)。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
西村 善文: "NMR分光法-原理から応用まで"日本分光学会. 269 (2003)
Yoshifumi Nishimura：“NMR 光谱 - 从原理到应用”日本光谱学会 269 (2003)。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
西村 善文: "DNA二重らせん構造の歴史"蛋白質・核酸・酵素. Vol.48. 707-717 (2003)
Yoshifumi Nishimura：“DNA 双螺旋结构的历史”蛋白质、核酸和酶第 48 卷（2003 年）。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
クロマチン中の揺らいでいる領域の機能構造解析
  • 批准号：
    23K27119
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
  • 资助金额：
    $8.74万
  • 财政年份：
    2024
  • 负责人：
    西村 善文
  • 依托单位：
    Yokohama City University
クロマチン中の揺らいでいる領域の機能構造解析
  • 批准号：
    23H02426
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
  • 资助金额：
    $11.9万
  • 财政年份：
    2023
  • 负责人：
    西村 善文
  • 依托单位：
    Yokohama City University
核内転写関連因子の天然変性状態と動的構造解析
  • 批准号：
    20247018
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
  • 资助金额：
    $8.9万
  • 财政年份：
    2008
  • 负责人：
    西村 善文
  • 依托单位：
    Yokohama City University
染色体末端テロメアの構造生物学
  • 批准号：
    17012020
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 资助金额：
    $5.44万
  • 财政年份：
    2005
  • 负责人：
    西村 善文
  • 依托单位：
    Yokohama City University