DNA結合タンパク質の塩基配列特異性の網羅的な定量化

DNA 结合蛋白碱基序列特异性的综合定量

• 批准号: 15014227
• 负责人: 西村 善文
• 金额: $ 5.12万
• 依托单位: Yokohama City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2003
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2003 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15014227/
• 关键词: DNA結合タンパク質; 二重鎖DNAチップ; TRF; テロメアDNA; 表面電荷; 転写因子; NMR; MS

二重鎖テロメア配列に結合するタンパク質としてヒトではTRF1とTRF2が発見された。今回TRF2のDNA結合ドメインとテロメアDNAとの複合体構造をNMRで決定した。3本のヘリックスからなるMyb様構造を保持していた。3本のヘリックスの立体配置はフリーの時と同じであったがDNAの小さな溝で特異的にTT配列を認識しているN末のフレキシブルアームがフリーの時に比べてDNAとの結合により固定化された。3番目のヘリックスがAGGG配列をDNAの大きな溝で特異的に認識していた。以前に決定したTRF1とテロメアDNAとの複合体構造と比較してDNA認識様式はほとんど同じであった。いくつかの変異体を作成し、テロメアDNAへの結合能を測定した。テロメアDNAの3'側に突出した1本鎖DNAの構造に関しては、少なくとも試験管内ではTTAGGG配列が繰り返した1本鎖DNAはそれ自身で折り畳まれてグアニン塩基同士で4重らせん構造を形成する。今回TRF2のDNA結合ドメインが特異的にTTAGGG配列が形成する4重らせん構造に結合することを見出した。TRF2は二重鎖DNAに結合するだけではなく1本鎖DNAが作る4重らせん構造にも結合して染色体末端構造の保持に関与している。転写因子c-Myb DNA結合ドメインと22塩基対からなる数種類の二重鎖DNAの系において、その結合の強さについてエレクトロスプレーイオン化質量分析法を用いて解析した。溶液での複合体の解離定数とエレクトロスプレーイオン源部の電圧パラメータの間の相関を明らかにし、解離定数未知のDNA-タンパク質複合体の結合の強さについて、質量分析を用いて解析できることを明らかにした。

The double lock is the combination of TRF1 and TRF2. The structure of TRF2 DNA binding complex was determined by NMR. 3. The structure of this article is maintained. 3. The three-dimensional arrangement of DNA is characterized by the recognition of DNA in small grooves and the immobilization of DNA in small grooves 3. The understanding of AGGG sequence DNA is very important. The previous decision TRF1 was made by comparing the structure of the complex with that of the DNA. The binding energy of DNA was determined. The structure of TTAGGG in the 3'side of DNA is related to the formation of TTAGGG in the 3' side of DNA. The DNA binding mechanism of TRF2 was found to be specific for TTAGGG alignment. TRF2 binds to the double-locked DNA and is responsible for maintaining the structure of chromosome ends. The analysis of the binding factors c-Myb DNA and its 22-mer base pairs in the double-locked DNA system was carried out by chemical mass spectrometry. The dissociation constant of the complex in solution and the correlation between the source and the voltage of the complex are clearly defined. The dissociation constant of the DNA-complex in solution is unknown. The binding strength of the complex is clearly defined. The mass analysis is used to analyze the complex.

项目成果

西村 善文: "DNA・RNAヌクレオチドの合成と代謝"化学と工業. 第56巻. 541-544 (2003)

Yoshifumi Nishimura：“DNA/RNA 核苷酸的合成和代谢”化学与工业卷 56. 541-544 (2003)。

西村 善文: "DNA二重らせん構造の歴史"蛋白質・核酸・酵素. Vol.48. 707-717 (2003)

Yoshifumi Nishimura：“DNA 双螺旋结构的历史”蛋白质、核酸和酶第 48 卷（2003 年）。

西村 善文: "NMR分光法-原理から応用まで"日本分光学会. 269 (2003)

Yoshifumi Nishimura：“NMR 光谱 - 从原理到应用”日本光谱学会 269 (2003)。