転写因子の高次構造に基づくゲノム情報科学

基于转录因子高阶结构的基因组信息科学

• 批准号: 13208029
• 负责人: 西村 善文
• 金额: $ 4.16万
• 依托单位: Yokohama City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13208029/
• 关键词: テロメア結合タンパク質; 立体構造; 生体生命情報学; ゲノム; 蛋白質; NMR; 表面構造; DNA結合ドメイン

DNA結合タンパク質には特徴的な正電荷の表面が存在することが判ってきた。現在その正電荷表面がDNAのリン酸骨格に対応できるような表面であるかどうかを判定するためのソフトウェアーを開発中である。また2本鎖DNAに特異的に結合するDNA結合タンパク質を同定するためのDNAチップも開発した。ある特定の配列のDNAチップに結合するタンパク質を同定できるようになった。現在感度の向上と再現性をチェックしている。またDNA結合タンパク質の立体構造をNMR法により決定し表面構造を計算してDNA結合能との相関を求めた。テロメア結合タンパク質のTRF1のMybモチーフとDNAとの複合体の立体構造とhRap1のMybモチーフの立体構造を決定した。両方のMybモチーフとも構造解析の結果3個のヘリックスを持っていた。TRF1のMybモチーフは1個でテロメアDNAと特異的に結合し、フレキシブルなN末がDNAの小さな溝で特異的に結合し3番目のヘリックスがDNAの大きな溝で塩基配列を認識していた。タンパク質表面はDNAと特異的に結合できるように正の表面電荷分布を持っていた。hRap1のMybモチーフの表面には特異的な正電荷の分布が無かった。DNA結合タンパク質を同定するためのソフトウェアーの開発は世界的に見て独自技術である。またDNA結合タンパク質を同定するためのDNAチップの開発は世界的に種々の方法で行われているがその殆どはタンパク質を何らかの方法でラベルしているが我々はDNA側をラベルしておいてDNA結合タンパク質を同定できる新手法を開発した。hRap1のMybモチーフの構造とテロメアDNAとテロメアタンパク質のhTRF1の複合体の立体構造を世界に先駆けて決定しテロメアDNAの塩基配列の認識機構を解明した。

DNA binding タ ン パ ク qualitative に は な positive charge の surface of 徴 が exist す る こ と が convicted っ て き た. Now そ の positively charged surface が DNA の リ ン acid bone に 応 seaborne で き る よ う な surface で あ る か ど う か を determine す る た め の ソ フ ト ウ ェ ア ー を in open 発 で あ る. ま た 2 this lock に specific DNA に combining す る dna-binding タ ン パ ク qualitative を with fixed す る た め の DNA チ ッ プ も open 発 し た. Youdaoplaceholder0 specific <s:1> coordinating <s:1> DNAチップに binds to するタ パ パ を を to で るようになった るようになった るようになった. Now the sensitivity <s:1> is upward と reproducibility をチェッ る て て る る. ま た dna-binding タ ン パ ク qualitative の three-dimensional structure を NMR method に よ り decided し を surface structure calculation し て DNA binding energy と の phase masato を o め た. テ ロ メ ア combining タ ン パ ク qualitative の TRF1 の Myb モ チ ー フ と DNA と の complex の three-dimensional structure と hRap1 の Myb モ チ ー フ の three-dimensional structure を decided し た. The two sides' <s:1> Mybモチ モチ フと フと <s:1> construction analysis <e:1> results in three <s:1> ヘリッ スを スを hold って って た た た. TRF1 の Myb モ チ ー フ は 1 で テ ロ メ ア と specific DNA に し, フ レ キ シ ブ ル な N が の DNA at the end of the small さ な ditch で specific に combining し triple mesh の ヘ リ ッ ク ス が DNA の big き な ditch で salt base with column を know し て い た. タ ン パ ク mass surface は と specific DNA に combining で き る よ う に is の surface charge distribution を hold っ て い た. The に に specific な positive charge <e:1> distribution on the surface of hRap1 <s:1> Mybモチ モチ フ フ <e:1> <e:1> が is が without った った. DNA binds to タ, パ, パ, and を to するため, ソフトウェア, and ソフトウェア. The development of に worldwide can be found in て and its own technology である. ま た dna-binding タ ン パ ク qualitative を with fixed す る た め の DNA チ ッ プ の open 発 は world of に 々 の way line で わ れ て い る が そ の perilous ど は タ ン パ ク qualitative を what ら か の way で ラ ベ ル し て い る が I 々 は DNA side を ラ ベ ル し て お い て dna-binding タ ン パ ク qualitative を be で き る を twist to open 発 し た. HRap1 の Myb モ チ ー フ の tectonic と テ ロ メ ア DNA と テ ロ メ ア タ ン パ ク qualitative の hTRF1 の complex の three-dimensional structure を world に 駆 first け て decided し テ ロ メ ア DNA の salt base with fathers の know organization を interpret し た.

项目成果

西村 善文 (分担執筆): "ここまで判った形づくりのシグナル伝達 (竹縄 忠臣、帯刀 益夫 編 p、72-81)"羊土社. 278 (2002)

Yoshifumi Nishimura（合著者）：“迄今为止已了解的整形中的信号传输（由 Tadaomi Takenawa 和 Masuo Tateto 编辑，第 72-81 页）”Yodosha 278 (2002)。

Hanaoka, S.: "NMR structure of the hRap1 Myb motif reveals a canonical three helix bundle lacking the positive surface charge typical of Myb DNA binding domains"J. Mol. Biol.. 312. 167-175 (2001)

Hanaoka, S.：“hRap1 Myb 基序的 NMR 结构揭示了典型的三螺旋束，缺乏 Myb DNA 结合域典型的正表面电荷”J.

西村善文(分担執筆): "基礎生化学実験法第3巻タンパク質I検出・構造解析法(日本生化学会編、p.203-226)"東京化学同人. 282 (2001)

Yoshifumi Nishimura（共同作者）：“基本生化实验方法第3卷蛋白质I检测和结构分析方法（日本生化会编辑，第203-226页）”东京化学同人282（2001）。