高次構造に基づく転写因子の分子認識機構

基于高阶结构的转录因子分子识别机制

• 批准号: 12028229
• 负责人: 西村 善文
• 金额: $ 1.34万
• 依托单位: Yokohama City University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2000 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12028229/
• 关键词: TFIIE; 立体構造; NMR; ウィングドヘリックス; PhoB; hTRF1; hRap1; DNA結合ドメイン

本研究では高次構造に基づいてタンパク質によるDNAの分子認識機構を解析する事を目的としている。今年度はテロメア結合タンパク質のTRF1のDNA認識機構、基本転写因子のTFIIEβのコアドメインの立体構造とその機能、大腸菌の転写因子PhoBのDNA結合ドメイン/転写活性化ドメインの立体構造とその機能を解析した。hTRF1は3本のヘリックスを持ち3本のヘリックスは3個のTrpを含む疎水的なコアで安定化されていた。DNAと相互作用する部分は、3番目の認識ヘリックスとフレキシブルアームと呼ばれるN末端領域である。認識ヘリックスがDNAの大きな溝に入り、N末端がDNAの小さな溝から巻き付くように結合する。TRF1のDNA結合ドメインがタンデムに繰り返している中のGGGTTA配列を認識できる。hRap1のMyb様モチーフの構造をNMRを用いて決定した。構造解析の結果今までのMyb様モチーフのフォールドと全く同じフォールドであったが明らかに表面構造が異なっていた。基本転写因子のTFIIEβのコアドメインの構造を決定した。コアドメインは3本のヘリックスを持ち、さらにC末にβヘアピンが存在する。構造解析から、コアドメインは2本鎖DNA結合ドメインであることが判った。PhoBのDNA結合/転写活性化ドメインとDNAとの複合体の構造を決定した。PhoBはN末に4本のβ鎖からなるβシート、中央部に3本のαヘリックスのバンドル構造、C末の2本の逆並行β鎖からなるβシートで安定化されている。3番目のヘリックスがDNA大きな溝に収まり特異的に認識しC末のβターンがDNAの小さな溝でリン酸骨格と相互作用し、PhoBは2個のPhoB結合部位にタンデムに結合する。

The purpose of this study is to analyze the purpose and purpose of the DNA molecular intelligence organization. This year, we combined the TRF1 information system with the DNA machine, the basic writing factor, the TFIIE β system, the stereoscopic machine, and the bacteriological factor, PhoB, DNA, with the activation of the device, the stereoscopic machine, the machine analysis. HTRF1 is responsible for the stabilization of 3 Trp samples containing water in 3 books. The interaction part of the DNA is divided into three parts: the interaction section, the interaction section and the program. I don't know if you want to know if you have a DNA, and that you can use the N-terminal DNA to make sure that you don't know what to do. The combination of the TRF1 DNA and the GGGTTA configuration will help you to get the information you need to know what you are doing. HRap1 Myb your NMR to make your decision. The results of the Myb analysis show that the whole system is the same as that on the surface. The basic factor "TFIIE β" determines the value of the data. This is the first time that you need to know that there is something wrong with you. In this paper, the DNA is used to determine the accuracy of the analysis and analysis. The combination of PhoB DNA and

项目成果

Okuda,M.,: "Structure of the central core domain of TFIIEβ with a novel double-stranded DNA-binding surface."The EMBO Journal. 19・6. 1346-1356 (2000)

Okuda, M.，“具有新型双链 DNA 结合表面的 TFIIEβ 中央核心结构域的结构。”EMBO 杂志 19・6（2000）。

西村善文: "構造的に見たDNA認識の普遍性と多様性(転写因子の機能-転写制御複合体形成のダイナミクス蛋白質核酸酵素 臨時増刊号Vol.45,No.9,P.1683-1693)"共立出版. 11 (2000)

Yoshifumi Nishimura：“从结构角度观察 DNA 识别的普遍性和多样性（转录因子的功能 - 转录控制复合物、蛋白质、核酸、酶的形成动力学，特刊，第 45 卷，第 9 期，第 1683-1693 页） ）“共立书刊。11（2000）

西村善文: "ウイングドヘリックス/フォークヘッド・ドメインの多様性(実験医学増刊Vol.18,No.18,p.183-189)"羊土社. 7 (2000)

Yoshifumi Nishimura：“翼状螺旋/叉头结构域的多样性（实验医学特别版，第 18 卷，第 18 期，第 183-189 页）”Yodosha 7 (2000)。

Okamura,H.,: "Structural Comparison of the PhoB and OmpR DNA-binding/transactivation Domains and the Arrangement of PhoB Molecules on the Phosphate Box."J.Mol.Biol.. 295. 1225-1236 (2000)

Okamura, H.,：“PhoB 和 OmpR DNA 结合/反式激活域的结构比较以及 PhoB 分子在磷酸盐盒上的排列。”J.Mol.Biol.. 295. 1225-1236 (2000)

Sasaki,M.,: "Backbone dynamics of the c-Myb DNA-binding domain complexed with a specific DNA."J.Biochem.. 127. 945-953 (2000)

Sasaki,M.,：“与特定 DNA 复合的 c-Myb DNA 结合结构域的骨架动力学。”J.Biochem.. 127. 945-953 (2000)