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高次構造に基づく転写因子の分子認識機構

高次構造に基づく転写因子の分子認識機構
基于高阶结构的转录因子分子识别机制
批准号：
12028229
负责人：
西村 善文
金额：
$1.34万
依托单位：
Yokohama City University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
财政年份：
2000
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2000 至 --
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12028229/
关键词：
TFIIE立体構造NMRウィングドヘリックスPhoBhTRF1hRap1DNA結合ドメイン

项目摘要

项目成果

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本研究では高次構造に基づいてタンパク質によるDNAの分子認識機構を解析する事を目的としている。今年度はテロメア結合タンパク質のTRF1のDNA認識機構、基本転写因子のTFIIEβのコアドメインの立体構造とその機能、大腸菌の転写因子PhoBのDNA結合ドメイン/転写活性化ドメインの立体構造とその機能を解析した。hTRF1は3本のヘリックスを持ち3本のヘリックスは3個のTrpを含む疎水的なコアで安定化されていた。DNAと相互作用する部分は、3番目の認識ヘリックスとフレキシブルアームと呼ばれるN末端領域である。認識ヘリックスがDNAの大きな溝に入り、N末端がDNAの小さな溝から巻き付くように結合する。TRF1のDNA結合ドメインがタンデムに繰り返している中のGGGTTA配列を認識できる。hRap1のMyb様モチーフの構造をNMRを用いて決定した。構造解析の結果今までのMyb様モチーフのフォールドと全く同じフォールドであったが明らかに表面構造が異なっていた。基本転写因子のTFIIEβのコアドメインの構造を決定した。コアドメインは3本のヘリックスを持ち、さらにC末にβヘアピンが存在する。構造解析から、コアドメインは2本鎖DNA結合ドメインであることが判った。PhoBのDNA結合/転写活性化ドメインとDNAとの複合体の構造を決定した。PhoBはN末に4本のβ鎖からなるβシート、中央部に3本のαヘリックスのバンドル構造、C末の2本の逆並行β鎖からなるβシートで安定化されている。3番目のヘリックスがDNA大きな溝に収まり特異的に認識しC末のβターンがDNAの小さな溝でリン酸骨格と相互作用し、PhoBは2個のPhoB結合部位にタンデムに結合する。
期刊论文(5)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
Okuda,M.,: "Structure of the central core domain of TFIIEβ with a novel double-stranded DNA-binding surface."The EMBO Journal. 19・6. 1346-1356 (2000)
Okuda, M.，“具有新型双链 DNA 结合表面的 TFIIEβ 中央核心结构域的结构。”EMBO 杂志 19・6（2000）。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
西村善文: "構造的に見たDNA認識の普遍性と多様性(転写因子の機能-転写制御複合体形成のダイナミクス蛋白質核酸酵素 臨時増刊号Vol.45,No.9,P.1683-1693)"共立出版. 11 (2000)
Yoshifumi Nishimura：“从结构角度观察 DNA 识别的普遍性和多样性（转录因子的功能 - 转录控制复合物、蛋白质、核酸、酶的形成动力学，特刊，第 45 卷，第 9 期，第 1683-1693 页） ）“共立书刊。11（2000）
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
西村善文: "ウイングドヘリックス/フォークヘッド・ドメインの多様性(実験医学増刊Vol.18,No.18,p.183-189)"羊土社. 7 (2000)
Yoshifumi Nishimura：“翼状螺旋/叉头结构域的多样性（实验医学特别版，第 18 卷，第 18 期，第 183-189 页）”Yodosha 7 (2000)。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Okamura,H.,: "Structural Comparison of the PhoB and OmpR DNA-binding/transactivation Domains and the Arrangement of PhoB Molecules on the Phosphate Box."J.Mol.Biol.. 295. 1225-1236 (2000)
Okamura, H.,：“PhoB 和 OmpR DNA 结合/反式激活域的结构比较以及 PhoB 分子在磷酸盐盒上的排列。”J.Mol.Biol.. 295. 1225-1236 (2000)
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
クロマチン中の揺らいでいる領域の機能構造解析
  • 批准号：
    23K27119
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
  • 资助金额：
    $8.74万
  • 财政年份：
    2024
  • 负责人：
    西村 善文
  • 依托单位：
    Yokohama City University
クロマチン中の揺らいでいる領域の機能構造解析
  • 批准号：
    23H02426
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
  • 资助金额：
    $11.9万
  • 财政年份：
    2023
  • 负责人：
    西村 善文
  • 依托单位：
    Yokohama City University
核内転写関連因子の天然変性状態と動的構造解析
  • 批准号：
    20247018
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
  • 资助金额：
    $8.9万
  • 财政年份：
    2008
  • 负责人：
    西村 善文
  • 依托单位：
    Yokohama City University
染色体末端テロメアの構造生物学
  • 批准号：
    17012020
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 资助金额：
    $5.44万
  • 财政年份：
    2005
  • 负责人：
    西村 善文
  • 依托单位：
    Yokohama City University
海外基金