MybとHSFのDNA結合ドメインの複合体の立体構造解析
Myb 和 HSF DNA 结合域复合物的三维结构分析
基本信息
- 批准号:10173223
- 负责人:
- 金额:$ 1.28万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
- 财政年份:1998
- 资助国家:日本
- 起止时间:1998 至 无数据
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
構造的な解析を新たに行ったのは、原がん遺伝子産物であるc-MybのDNA結合ドメインとDNAとの複合体での動的構造の解析、c-MybのDNA結合ドメインとHSF-3のDNA結合ドメインとの相互作用、基本転写因子のTFIIEのドメインの立体構造の解析、大腸菌のリン酸レギュロンの転写を制御するPhoBのDNA結合/転写活性化ドメインの立体構造の解析、c-Myb様の構造を持っているテロメア結合タンパク質hTRF-1のDNA結合ドメインの立体構造の解析とATF-2の転写活性化ドメインの立体構造の解析である。ATF-2はcAMP応答配列(CRE)に結合する転写因子で、紫外線や薬物などの細胞ストレスに応じて活性化される。ATF-2はN末に転写活性化ドメインをC末にDNA結合ドメインを持っている。ATF-2の転写活性化ドメインの立体構造を各種のNMRの測定を行うことによって決定した。転写活性化ドメイン中のN末サブドメインは特定の立体構造を取っているがC末サブドメインは全くランダムでフレキシブルな構造であった。N末サブドメインはC2H2型のZnフィンガー様の構造を取っている。N末に2本のβ鎖からなるβシートがありC末に1本のαヘリックスがある。Zn原子の配位やβシートとαヘリックスを安定化させている疎水的なコアを形成しているアミノ酸の配同等も過去に報告されているZnフィンガーモチーフと非常に良く似ている。しかしDNAに結合するZnフィンガーモチーフで非常に良く保存されているリン酸骨格と相互作用するアミノ酸はN末サブドメインでは系統的に他のアミノ酸に置換されている。また静電ポテンシャルを描いてみるとDNA結合ドメイン中のDNA結合性Znフィンガーモチーフでは表面が正電荷を帯びていて、DNAに結合しないZnフィンガーでは負電荷を帯びている。しかしN末サブドメインはほとんど中性で表面に疎水的なアミノ酸から構成される疎水性のパッチがある。
Analysis of novel structure, analysis of DNA binding mechanism and DNA complex structure of original gene product, interaction of DNA binding mechanism of c-Myb and DNA binding mechanism of HSF-3, analysis of stereostructure of TFIE binding mechanism of basic gene, analysis of stereostructure of DNA binding/transcription activation mechanism of PhoB in Escherichia coli, The structure of c-Myb protein was studied by analyzing the three-dimensional structure of DNA binding protein of hTRF-1 and the three-dimensional structure of active protein of ATF-2. ATF-2 binds to cAMP response sequence (CRE) and is activated by ultraviolet light and other chemicals. ATF-2 is a DNA-binding enzyme that binds to DNA. ATF-II was determined by NMR spectroscopy. In the case of active materials, the N terminal material is selected from the specific three-dimensional structure, and the C terminal material is selected from the whole structure. The structure of the N terminal structure is different from that of the C2H2 type. N end 2 this beta lock The coordination of Zn atoms with β and α is very stable. The formation of Zn atoms with β and α is very good. DNA binding is very well preserved, and the interaction between DNA and DNA is very well preserved. DNA binding properties in the electrostatic field are positively charged and negatively charged on the surface. The surface of the water is not covered with acid.
项目成果
期刊论文数量(4)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
Katahira,M.: "Two metal-bindingsites in a lead ribozymebound to competitively by Pband Mg.Induced structural changes as revealed by NMR" Eur.J.Biochem.,. 255. 727-733 (1998)
Katahira,M.:“先导核酶中的两个金属结合位点与 Pband Mg 竞争性结合。NMR 揭示了诱导的结构变化”Eur.J.Biochem.,。
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- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Mogi,T.: "Substitutions of conserved aromatic amino acid residues in subunit I perturbthe metal centers of the Escherichia coli bo-type ubiquinol oxidase." Biochemistry. 3. 1632-1639 (1998)
Mogi,T.:“I 亚基中保守芳香族氨基酸残基的取代扰乱了大肠杆菌 bo 型泛醇氧化酶的金属中心。”
- DOI:
- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
Nagadoi,A.: "Solution structure of the transactivation domain of TF-2comprising a zinc finger-like subdomain and a flexible subdomain." J.Mol.Biol.,. 287. 593-607 (1999)
Nagadoi,A.:“TF-2 反式激活结构域的溶液结构,包含锌指状子结构域和柔性子结构域。”
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- 发表时间:
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
- 通讯作者:
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W. Saenger: Principles of Nucleic Acid Structure, Springer-Verlag, New York and Berlin, 1984, xx+556ページ, 24.5×16.5cm, 14,160円 (Springer Advanced Texts in Chemistry).
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