ゲノム上の核マトリックス結合部位の網羅的解析とそのダイナミクス

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個別領域の詳細解析と高次クロマチンダイナミクス統合モデル:種々のストレスによって転写が誘導される熱ショックタンパク質HSP70遺伝子領域について、クロマチンダイナミクスを解析した。HSPAlA, AlB, AlLの三種のコード領域から転写誘導されるHSP70について、ゲノム配列情報から、MAR-wizによりMARポテンシャルを算出し、ポテンシャルの高低に応じたプロープ、プライマーを設計し、RNA/DNA-FISH、マトリックスPCR、抗RNApolymeraseIIo(リン酸化型)抗体等によるChIP解析とリアルタイムPCRによる定量などにより、このゲノム領域について高次クロマチンの構造変換を詳細に検討して、転写のオン・オフと核マトリックス、転写・複製ファクトリー、クロマチンループドメインのダイナミクスについてのモデルを提示した。クロマチンループの基点となる部位の網羅的解析:G0とG1期の細胞から核マトリックス画分を調製し、この画分に残されるゲノムDNAをヒト21,22番染色体高密度ゲノムchipにかけて、ゲノム上の核マトリックス結合部位を網羅的に同定する準備を進め、現在核マトリックスの安定な調製法を確立し、ゲノムチップ解析のための条件検討を行い今後の指標とした。分子コーミング技術の確立:ゲノム解析に有用な分子コーミング技術を確立し、比較ゲノム解析や、複製起点解析に応用する基盤を築いた。マウスセントロメア領域ヘテロクロマチンドメインの複製制御:マウスセントロメア領域のヘテロクロマチン構造、修飾、複製タイミング、複製フォーク進行速度等について解析し、エピジェネティックな制御下にこれらが密接に関係することを示した。また、ES細胞でも複製フォークの進行や複製起点を解析できるシステムを構築した。