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RNAエディティングによるゲノム情報の変換システム - 葉緑体ゲノムでの網羅的解析

利用RNA编辑的基因组信息转换系统——叶绿体基因组的综合分析

基本信息

批准号：
16011251
负责人：
杉浦昌弘
金额：
$ 4.16万
依托单位：
Nagoya City University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16011251/
关键词：
葉緑体 RNAエディティング in vitro系進化システムタバコエンドウ

项目摘要

1)RNAエディティングのシス配列の同定昨年度、開発に成功した蛍光標識ダイデオキシヌクレオチドとプライマー伸長法を組み合わせた新しい非RIアッセイ系である「in vitro RNAエディティング系」を用いて、光化学系のNADH脱水酵素サブユニットのmRNA上の19ヶ所のエディティング部位の効率を測定した。その結果35%の効率から活性が検出できないものまで部位によりエディティング効率が著しく異なることを明らかにした。次いで、効率の高いndhB-2とndhFのmRNAのエディティング部位についてシス配列の同定を行った。ndhB-2ではエディティング部位の上流から10から6ヌクレオチドの1ヶ所、次いでndhFでは上流40から36ヌクレオチドおよび上流15から下流6ヌクレオチドの2ヶ所がシス配列であることを決定した。これを基にエディティングの新しいモデルを考え出した。2)RNAエディティングのトランス因子の同定・単離UVクロスリンク法を用いて、ndhFとrpoBのmRNAのエディティング部位のトランス因子を82kDaと60kDaを同定した。psbE mRNAエディティングに対する56kDaのトランス因子を単離しMS/MS法でタンパク質の一次構造の決定を進め、いくつかのペプチド配列を得た。まだ充分ではないのでこれらの単離方法および一次構造決定に関する条件についてさらに検討・改良を試みた。3)RNAエディティングの進化メカニズムの考察栽培タバコ(Nicotiana tabacum)のエディティング部位をさらに同定し、ndhG mRNAで新しい部位2ヶ所を見出した。そのうちの1ヶ所は進化的に保有されないアミノ酸置換であった。更に双子葉植物のエンドウで葉緑体エディティング部位の体系的同定を進め、27ヶ所の部位を同定した。これらをタバコと比較しエディティング部位出現の進化的傾向を考察した。

1)RNA sequence determination, development, and successful combination of mRNA sequence identification, mRNA sequence identification, mRNA sequence 35% of the results show that the activity is different from that of the other parts. The mRNA of ndhB-2 and ndhF is closely related to the gene sequence. ndhB-2 The first time I saw him, I saw him. 2)RNA protein expression was determined by UV staining, and mRNA expression of ndhF and rpoB was determined by 60kDa. The psbE mRNA sequence was determined by MS/MS for the 56kDa protein. In addition, the method of separation and the condition of primary structure determination are discussed and improved. 3) The evolution of RNA gene expression in Nicotiana tabacum was investigated. The first step is to replace the first step with the second step. In addition, the identity of the chloroplast system of dicotyledonous plants was improved, and the identity of all parts of dicotyledonous plants was improved. The tendency of evolution of the position of the plant was investigated.

项目成果

期刊论文数量（14）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

A site-specific factor interacts directly with its cognate RNA editing site in chloroplast transcripts

DOI：
10.1073/pnas.0307163101
发表时间：
2004-01-06
期刊：
PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA
影响因子：
11.1
作者：
Miyamoto, T;Obokata, J;Sugiura, M
通讯作者：
Sugiura, M

Comparative analysis of the whole chloro-plast genomes from rice, maize and wheat

水稻、玉米和小麦叶绿体全基因组的比较分析