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日仏共同研究によるDNA修復遺伝子の多人種間での比較SNPデータベース構築

日法联合研究构建多种族DNA修复基因SNP比较数据库

基本信息

批准号：
16024207
负责人：
松田文彦
金额：
$ 4.61万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2004
资助国家：
日本
起止时间：
2004 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

DNA修復遺伝子群の一塩基多型(SNP)は、ヒト癌の最も大きな遺伝的要因の一つと考えられている。この遺伝子群におけるSNPの同定とその生物学的機能の評価を行うことは、発癌の分子機構をより深く理解し、また癌の進行や予後の予測といった臨床に直結した有用なデータとなると考えられる。またDNA修復遺伝子のSNPの中には、抗癌剤のテーラーメイド治療を行う上で、薬剤の作用機構(特にDNAを直接傷つけるもの)に影響を与える変異を含む可能性がある。本研究では、日仏国際共同研究体制で、DNA修復遺伝子のSNP検索を多人種で行うことで、人種的偏差を加味したSNPデータベースを構築し、SNPにもとづく癌の診断、治療に直結した次世代の臨床遺伝学の基礎情報の整備を試みた。本研究では123遺伝子を解析し、そのうち55遺伝子については白人・日本人・タイ人、残りの68遺伝子については上記3人種にアフリカ人を加えた4人種について、SNP探索を行った。健常者それぞれ32検体を、プロジェクト全体を通してSNP解析の標準的パネルとして用い、2検体ずつを同じコピー数混合して、16プールについて塩基配列再決定をおこない、結果をSNP自動検出プログラムで解析し、SNPを同定した。その結果以下のことが明らかとなった。1.93万塩基対のゲノム上の領域を解析し、2,863個の未知のSNPを含む総数4,940個のSNPを同定した。そのうち1,254個がエクソンに位置し、アミノ酸変異を伴うSNPは493個であった。2.解析したゲノム領域上におけるSNPの頻度は、平均して1,000塩基当たり5.3個で、一般的に知られているゲノム上のSNPの頻度(数百塩基〜1,000塩基に1個)より高かった。3.結果をデータベースに取り込み、各遺伝子についてSNPの組み合わせのハプロタイプを推定し、大規模なジェノタイピングに用いるマーカーを効率よく選択する方法を開発した。

DNA repair gene subgroup is a multi-genotype (SNP), which is the main cause of cancer. The biological function of SNPs is evaluated, and the molecular mechanism of cancer development is deeply understood, and the prediction of cancer development is directly related to clinical practice. There is a possibility that SNPs in DNA repair genes may be affected by different mechanisms of action of anti-cancer agents (especially direct DNA damage). This study is aimed at establishing a new international research framework for SNP mapping of DNA repair genes in multiple populations, including genetic and racial biases, and developing basic information for cancer diagnosis, treatment, and clinical genetics for the next generation. In this study, 123 genes were analyzed, 55 genes were analyzed, and 68 genes were analyzed. 3 races were analyzed, and 4 races were analyzed. SNP exploration was carried out. The healthy ones include 32 samples, all samples, standard SNP analysis, 2 samples, mixed samples, 16 samples, base re-determination, result SNP auto-detection, SNP analysis, SNP determination. The result is the following: 1.93 million SNPs were identified, including 2,863 unknown SNPs. There are 1,254 SNPs in the list. 2. The frequency of SNPs in the analysis domain was 5.3 on average and 1,000 on average, and the frequency of SNPs in the analysis domain was high (100 to 1,000 on average). 3. Methods were developed to obtain results from data events, determine the composition of SNPs in each gene, and efficiently select SNPs for use in large-scale Internet computing.