ゲノムワイドアプローチを用いた日本人成人性T細胞白血病の感受性遺伝子・多型の探索

使用全基因组方法寻找日本成人 T 细胞白血病的易感基因和多态性

基本信息

  • 批准号:
    20014009
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 8.51万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
  • 财政年份:
    2008
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2008 至 2009
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

ヒトT細胞白血病ウイルス1型(HTLV-1)感染により惹起される成人T細胞白血病(ATL)、HTLV-1関連脊髄症(HAM)の感受性遺伝子多型を解析し発症危険群の同定を目的として、SNPを用いた全ゲノム関連解析(GWAS)による疾患関連SNPの同定を試みた。熊本で収集されたATL患者258検体と無症候性HTLV-1感染者182検体(Set1)、鹿児島で収集されたHAM患者296検体と無症候性HTLV-1感染者100検体(Set2)のGWASを行った。その結果Set1に関しては、p=2.50×10^<-7>をはじめとして、p<1×10^<-5>のSNPが29個、Set2に関してはp=2.00×10^<-6>をはじめとして、p<1×10^<-5>のSNPが52個得られた。これらの多型は、疾患感受性遺伝子の候補となるものであるが、真の疾患感受性遺伝子の証明には、独立した集団の検体を用いた再現性検証が必須である。そのため、新たに収集された検体を用いた候補SNPのタイピングを行い、結果の比較を通して、真の感受性遺伝子の同定を進めている。今後は、疾患関連SNPの生物学的活性の解析を通して同定された疾患感受性SNPが発症を促進する機序を明らかにするため、SNPがその分子に付与する機能について解析する。
Analysis of susceptibility gene polymorphisms in adult T-cell leukemia (ATL) and HTLV-1-associated spinal syndrome (HAM) caused by T-cell leukemia type 1 (HTLV-1) infection and identification of disease-associated SNP. GWAS was performed in Kumamoto, Japan, 258 ATL patients and 182 asymptomatic HTLV-1 infected patients (Set1), Kagoshima, Japan, 296 HAM patients and 100 asymptomatic HTLV-1 infected patients (Set2). There were 29 SNPs in Set1 and 52 SNPs in Set2, p=2.50 × <-7>10^<-5><-6>and p&lt;1×10^<-5>respectively. The candidate for polytype, disease-susceptible gene, the proof of true disease-susceptible gene, and the independent, collective-based, reproducible evidence are required. For example, if a candidate SNP is selected, the result will be compared and the identity of the candidate SNP will be determined. In the future, the biological activity of disease-associated SNPs will be analyzed and the mechanism of disease-sensitive SNPs promoting disease development will be clarified.

项目成果

期刊论文数量(3)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
A genome-wide association analysis identified a novel susceptible locus for pathological myopia at 11q24.1.
  • DOI:
    10.1371/journal.pgen.1000660
  • 发表时间:
    2009-09
  • 期刊:
  • 影响因子:
    4.5
  • 作者:
    Nakanishi H;Yamada R;Gotoh N;Hayashi H;Yamashiro K;Shimada N;Ohno-Matsui K;Mochizuki M;Saito M;Iida T;Matsuo K;Tajima K;Yoshimura N;Matsuda F
  • 通讯作者:
    Matsuda F
The FOXEI locus is a major genetic determinant for radiation-related thyroid carcinoma in Chernobyl.
FOXEI 基因座是切尔诺贝利辐射相关甲状腺癌的主要遗传决定因素。
Genomewide association study of a rapid progression cohort identifiesnew susceptibility alleles for AIDS.
快速进展队列的全基因组关联研究确定了艾滋病的新易感等位基因。
{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

松田 文彦其他文献

NGSショートリードによるHLA遺伝子全長配列の決定
通过 NGS 短读长确定全长 HLA 基因序列
  • DOI:
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    岩崎 毅;川口 修治;稲富 雄一;清水 正和;松田 文彦
  • 通讯作者:
    松田 文彦
大規模シングルセル発現データを用いた細胞集団プロファイル全体の異同の解析
使用大规模单细胞表达数据分析整个细胞群概况的差异
  • DOI:
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    岡田 大瑚;中村 直俊;瀬藤 和也;川口 喬久;奈良原 舞子;日笠 幸一郎;田原 康玄;松田 文彦;山田 亮
  • 通讯作者:
    山田 亮
もやもや病感受性遺伝子RNF213と脳血管狭窄・血圧の関連:ながはまスタディ
烟雾病易感基因RNF213与脑血管狭窄和血压的关系:Nagahama研究
  • DOI:
  • 发表时间:
    2017
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    西尾 瞳;永田 学;楊 涛;森本 貴昭;峰晴 陽平;吉田 和道;高木 康志;松川 愛未;瀬藤 和也;川口 喬久;田原 康玄;宮本 享;松田 文彦;小杉 眞司
  • 通讯作者:
    小杉 眞司
1.HTLV-1 プロウイルスゲノム変異の大規模解析によるHAM/TSP発症リスク予測モデルの構築
1. 通过大规模HTLV-1原病毒基因组突变分析构建HAM/TSP发病风险预测模型
  • DOI:
  • 发表时间:
    2021
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    北田 せり;川口 修治;清水 正和;安永 純一朗;佐藤 知雄;田 耕平;原田 瑛介;高橋 めい子;山野 嘉久;松岡 雅雄;松田 文彦
  • 通讯作者:
    松田 文彦
HTLV-1 高浸淫地域における大規模HLA解析による感染およびHAM/TSP発症リスクの関連解析
HTLV-1 通过高度淫秽区域的大规模 HLA 分析来分析感染与 HAM/TSP 风险之​​间的关联
  • DOI:
  • 发表时间:
    2018
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    川口 修治;ペノヴァ マリナ;川口 喬久;清水 正和;高橋 めい子;日笠 幸一郎;松田 文彦
  • 通讯作者:
    松田 文彦

松田 文彦的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('松田 文彦', 18)}}的其他基金

HTLV-1関連疾患にかかわる遺伝因子の探索
寻找HTLV-1相关疾病的遗传因素
  • 批准号:
    08F08815
  • 财政年份:
    2008
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
成人性T細胞白血病の遺伝因子の解明:DNA修復遺伝子の多型の遺伝解析
阐明成人T细胞白血病的遗传因素:DNA修复基因多态性的遗传分析
  • 批准号:
    18014014
  • 财政年份:
    2006
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
ヒトDNA修復遺伝子の一塩基多型の遺伝解析と生物学的機能の評価
人类DNA修复基因单核苷酸多态性的遗传分析及生物学功能评价
  • 批准号:
    17015026
  • 财政年份:
    2005
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
ニワトリB細胞株を用いたヒトDNA修復遺伝子のSNPの機能評価
使用鸡 B 细胞系对人类 DNA 修复基因中的 S​​NP 进行功能评估
  • 批准号:
    16651100
  • 财政年份:
    2004
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Exploratory Research
日仏共同研究によるDNA修復遺伝子の多人種間での比較SNPデータベース構築
日法联合研究构建多种族DNA修复基因SNP比较数据库
  • 批准号:
    16024207
  • 财政年份:
    2004
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
ヒト免疫グロブリンH鎖遺伝子全領域の構造解析
整个人免疫球蛋白H链基因区的结构分析
  • 批准号:
    08670365
  • 财政年份:
    1996
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
ヒト免疫グロブリン遺伝子群の分子進化学的解析
人类免疫球蛋白基因的分子进化分析
  • 批准号:
    06273215
  • 财政年份:
    1994
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
ヒト免疫グロブリンH鎖遺伝子全領域の構造解析
整个人免疫球蛋白H链基因区的结构分析
  • 批准号:
    04780263
  • 财政年份:
    1992
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
ヒト免疫グロブリンH鎖全領域の構造解析
整个人免疫球蛋白 H 链区的结构分析
  • 批准号:
    03780229
  • 财政年份:
    1991
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (A)
ヒト免疫グロブリンH鎖遺伝子全領域の構造解析
整个人免疫球蛋白H链基因区的结构分析
  • 批准号:
    01790509
  • 财政年份:
    1989
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Encouragement of Young Scientists (Research Fellowship)

相似海外基金

新規疾患感受性遺伝子に着目した全身性エリテマトーデスの病態解明と治療薬開発
阐明系统性红斑狼疮的病理并开发以新疾病易感基因为重点的治疗药物
  • 批准号:
    24K02487
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
全身型若年性特発性関節炎の疾患感受性遺伝子及び薬剤感受性遺伝子の同定
系统性幼年特发性关节炎疾病易感基因和药物易感基因的鉴定
  • 批准号:
    24K19247
  • 财政年份:
    2024
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
疾患感受性遺伝子と生活習慣の相互作用からみたクローン病の病態解明
从疾病易感基因与生活习惯的相互作用阐明克罗恩病的病理学
  • 批准号:
    23K15026
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
肺炎球菌性肺炎における疾患感受性遺伝子を起点とした重症肺炎制御機構の解明
基于肺炎球菌肺炎疾病易感基因阐明重症肺炎的控制机制
  • 批准号:
    23K15379
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
全身型若年性特発性関節炎の疾患感受性遺伝子及び薬剤感受性遺伝子の同定
系统性幼年特发性关节炎疾病易感基因和药物易感基因的鉴定
  • 批准号:
    22K16363
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
肺炎球菌性肺炎における疾患感受性遺伝子の同定と病態増悪機構の解明
肺炎球菌肺炎疾病易感基因的鉴定及病情加重机制的阐明
  • 批准号:
    21K15437
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
実験モデルを用いた肺非結核性抗酸菌症の疾患感受性遺伝子の機能解析
利用实验模型对肺非结核分枝杆菌疾病易感基因进行功能分析
  • 批准号:
    18J02173
  • 财政年份:
    2018
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
結核菌感染における疾患感受性遺伝子ならびに薬剤治療有効性決定遺伝子の同定
结核分枝杆菌感染疾病易感基因及决定药物治疗效果的基因鉴定
  • 批准号:
    13J10599
  • 财政年份:
    2013
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
アトピー性皮膚炎と遺伝:全エクソンシーケンスによる新規疾患感受性遺伝子の探索
特应性皮炎与遗传学:通过全外显子测序寻找新的疾病易感基因
  • 批准号:
    25461679
  • 财政年份:
    2013
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
次世代シーケンサーを用いた原発性胆汁性肝硬変の疾患感受性遺伝子と病態に関する研究
二代测序技术研究原发性胆汁性肝硬化疾病易感基因及病理
  • 批准号:
    24790688
  • 财政年份:
    2012
  • 资助金额:
    $ 8.51万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了