ゲノムワイドアプローチを用いた日本人成人性T細胞白血病の感受性遺伝子・多型の探索
使用全基因组方法寻找日本成人 T 细胞白血病的易感基因和多态性
基本信息
- 批准号:20014009
- 负责人:
- 金额:$ 8.51万
- 依托单位:
- 依托单位国家:日本
- 项目类别:Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
- 财政年份:2008
- 资助国家:日本
- 起止时间:2008 至 2009
- 项目状态:已结题
- 来源:
- 关键词:
项目摘要
ヒトT細胞白血病ウイルス1型(HTLV-1)感染により惹起される成人T細胞白血病(ATL)、HTLV-1関連脊髄症(HAM)の感受性遺伝子多型を解析し発症危険群の同定を目的として、SNPを用いた全ゲノム関連解析(GWAS)による疾患関連SNPの同定を試みた。熊本で収集されたATL患者258検体と無症候性HTLV-1感染者182検体(Set1)、鹿児島で収集されたHAM患者296検体と無症候性HTLV-1感染者100検体(Set2)のGWASを行った。その結果Set1に関しては、p=2.50×10^<-7>をはじめとして、p<1×10^<-5>のSNPが29個、Set2に関してはp=2.00×10^<-6>をはじめとして、p<1×10^<-5>のSNPが52個得られた。これらの多型は、疾患感受性遺伝子の候補となるものであるが、真の疾患感受性遺伝子の証明には、独立した集団の検体を用いた再現性検証が必須である。そのため、新たに収集された検体を用いた候補SNPのタイピングを行い、結果の比較を通して、真の感受性遺伝子の同定を進めている。今後は、疾患関連SNPの生物学的活性の解析を通して同定された疾患感受性SNPが発症を促進する機序を明らかにするため、SNPがその分子に付与する機能について解析する。
Analysis of susceptibility gene polymorphisms in adult T-cell leukemia (ATL) and HTLV-1-associated spinal syndrome (HAM) caused by T-cell leukemia type 1 (HTLV-1) infection and identification of disease-associated SNP. GWAS was performed in Kumamoto, Japan, 258 ATL patients and 182 asymptomatic HTLV-1 infected patients (Set1), Kagoshima, Japan, 296 HAM patients and 100 asymptomatic HTLV-1 infected patients (Set2). There were 29 SNPs in Set1 and 52 SNPs in Set2, p=2.50 × <-7>10^<-5><-6>and p<1×10^<-5>respectively. The candidate for polytype, disease-susceptible gene, the proof of true disease-susceptible gene, and the independent, collective-based, reproducible evidence are required. For example, if a candidate SNP is selected, the result will be compared and the identity of the candidate SNP will be determined. In the future, the biological activity of disease-associated SNPs will be analyzed and the mechanism of disease-sensitive SNPs promoting disease development will be clarified.
项目成果
期刊论文数量(3)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
A genome-wide association analysis identified a novel susceptible locus for pathological myopia at 11q24.1.
- DOI:10.1371/journal.pgen.1000660
- 发表时间:2009-09
- 期刊:
- 影响因子:4.5
- 作者:Nakanishi H;Yamada R;Gotoh N;Hayashi H;Yamashiro K;Shimada N;Ohno-Matsui K;Mochizuki M;Saito M;Iida T;Matsuo K;Tajima K;Yoshimura N;Matsuda F
- 通讯作者:Matsuda F
The FOXEI locus is a major genetic determinant for radiation-related thyroid carcinoma in Chernobyl.
FOXEI 基因座是切尔诺贝利辐射相关甲状腺癌的主要遗传决定因素。
- DOI:
- 发表时间:2010
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Takahashi;M.;et al.
- 通讯作者:et al.
Genomewide association study of a rapid progression cohort identifiesnew susceptibility alleles for AIDS.
快速进展队列的全基因组关联研究确定了艾滋病的新易感等位基因。
- DOI:
- 发表时间:2009
- 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:Le Clerc;S.;et at.
- 通讯作者:et at.
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松田 文彦其他文献
NGSショートリードによるHLA遺伝子全長配列の決定
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- DOI:
- 发表时间:
2021 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
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- DOI:
- 发表时间:
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- 影响因子:0
- 作者:
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- 发表时间:
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- 影响因子:0
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- DOI:
- 发表时间:
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- 影响因子:0
- 作者:
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松田 文彦
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- DOI:
- 发表时间:
2018 - 期刊:
- 影响因子:0
- 作者:
川口 修治;ペノヴァ マリナ;川口 喬久;清水 正和;高橋 めい子;日笠 幸一郎;松田 文彦 - 通讯作者:
松田 文彦
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