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ヒト免疫グロブリンH鎖遺伝子全領域の構造解析

整个人免疫球蛋白H链基因区的结构分析

基本信息

批准号：
08670365
负责人：
松田文彦
金额：
$ 1.41万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
1996
资助国家：
日本
起止时间：
1996 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

ヒト免疫グロブリンH鎖遺伝子領域の物理地図を作成し全塩基配列を決定することを最終目標に領域の単離、解析を酵母人工染色体(YAC)を用いて試み、約1Mbの領域の全体を単離し詳細な物理地図を作成し、この領域の全貌を明らかにすることに成功した。さらに、得られた物理地図の情報をもとに、全領域の全塩基配列の決定を試み、現在までに2箇所のギャップ(約10kb)を除き、J_H遺伝子群から14qテロメアまでの約1Mbの領域の塩基配列決定に成功し、以下の結果を得た。1)得られた塩基配列を用いてコンピューターによる相同性検索を行った結果、V_H断片の総数は82個であることが明らかになった。またこのうち半数以上の42個が何らかの原因で機能を失った偽遺伝子であった。また、V_H断片のJ_H断片に対する相対的転写方向はすべてJ_Hに対して順向きで、逆位は存在しないことが明らかになった。2)領域中に分布するヒトの高頻度反復配列Alu及びL1反復配列の同定を行った。その結果、105個のAlu配列と25個のLl配列が見い出された。それぞれの反復配列の頻度はゲノム全体の平均とはそれほど大きく異なっておらず、またその分布に関しても特定の傾向は見い出されなかった。3)ヒトD遺伝子群はD_M、D_<LR>、D_<XP>、D_A、D_K、D_Nの6つのファミリーのD断片で構成され、V6-1とJ_H断片群の間の領域にこれら6つの断片が組になって4回重複したかたちで存在していることが推測されている。塩基配列の詳細な解析より今回合計25個のD断片を同定した。

The final goal was to isolate and analyze the yeast artificial chromosome (YAC) in the domain. About 1Mb of the domain was isolated from the entire domain. The detailed physical map was created and the complete picture of the domain was clearly identified. In this paper, we obtained the information of physical location, tried to determine the total base alignment of the whole field, and now we divided 2 sites (about 10kb). We successfully determined the base alignment of about 1Mb of the field from the JH cluster. The following results were obtained. 1)The number of V_H fragments is 82. More than half of the 42 reasons for the loss of function are false. The direction of writing is opposite to the direction of writing. The direction of writing is opposite to the direction of writing. 2)Alu and L1 are repeatedly arranged at the same time. The results show that there are 105 Alu pairs and 25 Ll pairs. The frequency of the repeated arrangement of the two groups is different from that of the whole group, and the distribution of the two groups is different. 3) D fragment groups D_M, D<LR>_, D<XP>_A, D_K, D_N consist of 6 fragments, V6-1 and J_H fragment groups consist of 6 fragments and 4 repeats exist. A total of 25 D fragments were identified.