癌遺伝子発現臨床情報データベースの開発

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研究代表者のグループは大阪大学医学部病態制御外科及び腫瘍外科、京都大学医学部脳神経外科、大阪府立成人病センターのグループと共同で固形癌の遺伝子発現プロファイル解析を行ってきた。対象とした固形癌は乳癌、大腸癌、肝細胞癌、胃癌、食道癌、甲状腺癌、神経膠腫、肺癌である。測定遺伝子数は1500-3500個で、1500症例以上癌組織の解析を行った。本研究ではこのデータベースについて改良と更新を行った。Cancer Gene Expression Database (CGED, http://cged.hgc.jp)は、検索機能とデータ表示方法に特徴がある。データ検索は、通常の遺伝子名やGenBank accession numberなどのID番号のほか、同一機能グループに属する遺伝子をまとめて検索できるように、Gene Ontology termとSwissProtの機能アノテーション中のキーワードで検索できるようにした。また、遺伝子発現量は赤から緑のグラジエントで、臨床データはそれ以外の色を使ってモザイクプロットで表示した。異なる遺伝子の発現パターンを並べて表示できるだけではなく、発現パターンの類似した遺伝子を検索して表示できるようにもしている。さらに、発現パターンの表示を特定の遺伝子の発現量や臨床パラメータでソートして再表示する機能も備えている。これまでのCGEDには、乳癌(予後関連遺伝子探索用のデータ)、大腸癌、肝細胞癌、食道癌のデータが収納されているが、収録していないデータの標準化を肺癌以外のデータで終了し、データベースに収録した。