癌遺伝子発現臨床情報データベースの開発

癌症基因表达临床信息数据库的开发

• 批准号: 17019071
• 负责人: 加藤 菊也
• 金额: $ 3.14万
• 依托单位: Research Institute, Osaka Medical Center for Cancer and Cardiovascular Disaeses
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17019071/
• 关键词: ゲノム; 遺伝子; マイクロアレイ; 神経科学; 発生・分化

研究代表者のグループは大阪大学医学部病態制御外科及び腫瘍外科、京都大学医学部脳神経外科、大阪府立成人病センターのグループと共同で固形癌の遺伝子発現プロファイル解析を行ってきた。対象とした固形癌は乳癌、大腸癌、肝細胞癌、胃癌、食道癌、甲状腺癌、神経膠腫、肺癌である。測定遺伝子数は1500-3500個で、1500症例以上癌組織の解析を行った。本研究ではこのデータベースについて改良と更新を行った。Cancer Gene Expression Database (CGED, http://cged.hgc.jp)は、検索機能とデータ表示方法に特徴がある。データ検索は、通常の遺伝子名やGenBank accession numberなどのID番号のほか、同一機能グループに属する遺伝子をまとめて検索できるように、Gene Ontology termとSwissProtの機能アノテーション中のキーワードで検索できるようにした。また、遺伝子発現量は赤から緑のグラジエントで、臨床データはそれ以外の色を使ってモザイクプロットで表示した。異なる遺伝子の発現パターンを並べて表示できるだけではなく、発現パターンの類似した遺伝子を検索して表示できるようにもしている。さらに、発現パターンの表示を特定の遺伝子の発現量や臨床パラメータでソートして再表示する機能も備えている。これまでのCGEDには、乳癌(予後関連遺伝子探索用のデータ)、大腸癌、肝細胞癌、食道癌のデータが収納されているが、収録していないデータの標準化を肺癌以外のデータで終了し、データベースに収録した。

The study was conducted by the Department of Pathology and Tumor Surgery, Osaka University School of Medicine, Department of Neurosurgery, Kyoto University School of Medicine, and Osaka Prefectural Department of Adult Diseases. Breast cancer, colorectal cancer, hepatocellular carcinoma, gastric cancer, esophageal cancer, thyroid cancer, glioma, lung cancer The number of detected genes was 1500-3500, and the analysis of cancer tissues with more than 1500 cases was carried out. This study is aimed at improving and updating the information. Cancer Gene Expression Database (CGED, http://cged.hgc.jp) features search function and expression method. GenBank ID number, GenBank access number, GenBank Ontology term, SwissProt function, GenBank ID number, GenBank access number, GenBank access number, GenBank For example, the amount of radiation emitted by the patient is red, green, and other colors. The discovery of a variant of a gene is accompanied by an indication that it has been discovered in a similar manner. In addition, it is necessary to prepare the function of displaying the information of the specific information and the clinical information. These include CGED, breast cancer, colorectal cancer, hepatocellular carcinoma and esophageal cancer.

项目成果

Differentiation of follicular thyroid adenoma from carcinoma by gene expression profiling with adapter-tagged competitive polymerase chain reaction.

通过接头标记的竞争性聚合酶链反应进行基因表达谱分析，区分滤泡性甲状腺腺瘤和癌。

• 发表时间: 2005
• 期刊: Oncology 69
• 作者: Taniguchi;K.;Takano;T.;Miyauchi;A.;Koizumi;K.;Ito;Y.;Takamura;Y.;Ishitobi;M.;Miyoshi;Y.;Taguchi;T.;Tamaki;Y.;Kato;K.;Noguchi;S.
• 通讯作者: S.

Central genetic alterations common to all HCV-positive, HBV-positive and non-B, non-C hepatocellular carcinoma : A new approach to identify novel tumor markers.

所有 HCV 阳性、HBV 阳性和非 B、非 C 肝细胞癌共有的中心遗传改变：一种识别新型肿瘤标志物的新方法。

• 发表时间: 2006
• 期刊: Int.J.Ocol. 28
• 作者: Kurokawa;Y.;Honma;K.;Takemasa;I.;Nakamori;S.;Kita-Matsuo;H.;Motoori;M.;Nagano;H.;Dono;K.;Ochiya;T.;Monden;M.;Kato;K.
• 通讯作者: K.

Cancer Gene Expression Database (CGED) : a database for gene expression profiling and accompanying clinical information of human cancer tissues.

癌症基因表达数据库（CGED）：人类癌症组织基因表达谱和随附临床信息的数据库。

• 发表时间: 2005
• 期刊: Nucleic Acids Res. 33
• 作者: Kato;K.;Yamashita;R.;Matoba;R.;Monden;M.;Noguchi;S.;Takagi;T.;Nakai;K.
• 通讯作者: K.