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SAGE法による食道癌・胃癌特異的遺伝子の探索とその発癌、進展、予後における意義

使用SAGE方法寻找食管癌和胃癌的特异性基因及其在癌发生、进展和预后中的意义

基本信息

批准号：
15026210
负责人：
安井弥
金额：
$ 3.9万
依托单位：
Hiroshima University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15026210/
关键词：
胃癌食道癌 SAGE法進展・予後カアスタムアレイ臨床疫学

项目摘要

serial analysis of gene expression(SAGE)法を用いて組織型や悪性度の異なる5種類の胃癌組織の遺伝子発現を解析し、38,903個のユニークtagを含む137,706発現tagを同定した(GEO accession number:GSE545)。胃癌特異的発現遺伝子の抽出のため、胃癌libraryと正常胃粘膜との比較から、特に発現の異なる128tagについてクラスター解析を行い、すべての胃癌で共通して発現が亢進している15tagを抽出した。これらに対応する16遺伝子の発現を定量的RT-PCRで検討したところ、APOC1,CEACAM6,YF13H12が、半数以上の胃癌において過剰発現していた。また、SAGE database中の15種類の正常組織libraryで発現がなく、胃癌では発現している遺伝子を約60個抽出し、RT-PCR法で発現を検討したところ、少なくとも4個の新規胃癌特異的発現遺伝子が見い出された。さらに、早期癌と進行癌、原発巣と転移巣から得られたSAGE libraryの比較から、FUS,CDH17,COL1A1,COL1A2,APOEが悪性度と相関することが確認された。SAGE法で抽出された遺伝子に、胃癌の発生・進展に関する既知の遺伝子、薬剤感受性のマーカー遺伝子を合わせた475遺伝子について、SAGE databaseを基にクラスター解析を行ったところ、胃癌と他の癌との判別ができ、さらに、胃癌の種類や悪性度に対応する遺伝子群が同定できた。これをもとに胃癌の病態解析、遺伝子診断用のカスタムアレイEx-STOMACHIPを作成した。今後、多数の臨床例を対象に発現解析を行い、発癌リスク、進展、予後情報との関連を臨床疫学的に検討する予定である。尚、食道癌については、現在、SAGE法により遺伝子発現プロファイルを解析中である。

The serial analysis of gene expression(SAGE) method was used to analyze the gene expression of five types of gastric cancer tissues, including 38,903 gene tag, including 137,706 gene tag (GEO accession number:GSE545). Extraction of gastric cancer specific gene, comparison between gastric cancer library and normal gastric mucosa, and extraction of 128tag specific gene from gastric cancer library and normal gastric mucosa These 16 genes were detected quantitatively by RT-PCR in more than half of all gastric cancers, including APOC1, CEACAM6, YF13H12. About 60 genes were extracted from 15 normal tissue libraries in SAGE database, and 4 new gastric cancer specific genes were detected by RT-PCR. Comparison of SAGE library, FUS,CDH17,COL1A1,COL 1A 2,APOE, and early stage cancer, progression of cancer, and origin of cancer. SAGE method extracts genetic information, gastric cancer development and progression, known genetic information, susceptibility genetic information, genetic information, SAGE database analysis of genetic information, gastric cancer and other cancer discrimination, gastric cancer type and gender, genetic information, genetic information, and identification. This is the first time that the Ex-STOCHIP has been created for pathological analysis and genetic diagnosis of gastric cancer. In the future, most of the clinical cases will be analyzed in advance, progress will be made, and future information will be discussed in advance. In addition, esophageal cancer can be detected by SAGE method.