Regulatory Roles and Networks of the Whole Set of Transcription Factors in Escherichia coli

大肠杆菌中整套转录因子的调控作用和网络

• 批准号: 21241047
• 负责人: ISHIHAMA Akira
• 金额: $ 28.79万
• 依托单位: Hosei University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
• 财政年份: 2009
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2009 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-21241047/
• 关键词: ゲノム制御; 転写制御; 転写因子; 大腸菌; ストレス応答; RNAポリメラーゼ; プロモーター; 制御ネットワーク; Genomic SELEX; 転写調節; 環境応答; 転写制御ネットワーク; RNAボリメラーゼ; Phenotype microarray; 原核生物

The genome expression is determined by controlling the distribution of a limited number of RNA polymerase within the genome through interaction with transcription factors. The aim of this research was to identify the regulatory role of all 300 transcription factors in the model prokaryote, Escherichia coli.1) We developed the in vitro Genomic SELEX screening system and determined the regulation target genes for all 300 transcription factors.2) We also developed the in vivo NIP-chip system and determined the intracellular distribution of transcription factors within the E. coli genome.3) The regulation targets thus predicted were examined by measuring their expression in the presence and absence of transcription factors.4) We determined the intracellular levels of all 300 transcription factors by using quantitative immune-blot analysis.5) Taking all the results together, I have proposed :(1) the list of regulation targets for all 300 transcription factors ; and(2) the interaction network of 300 transcription factors, altogether forming complex hierarchic regulation networks.

基因组表达是通过与转录因子相互作用控制有限数量的RNA聚合酶在基因组内的分布来确定的。本研究以大肠杆菌为模型原核生物，建立了体外基因组SELEX筛选系统，确定了300种转录因子的调控靶基因;建立了体内NIP-chip系统，确定了大肠杆菌内转录因子的胞内分布。3）通过在转录因子存在和不存在的情况下测量它们的表达来检验所预测的调控靶。4）通过使用定量免疫印迹分析来确定所有300个转录因子的细胞内水平。5）综合所有结果，我提出了：（1）所有300个转录因子的调控靶的列表;（2）300个转录因子的相互作用网络，形成复杂的等级调控网络。

项目成果

大腸菌機能未知転写因子YneJによる転写制御機構の解析

功能未知的大肠杆菌转录因子YneJ的转录调控机制分析

• 发表时间: 2009
• 作者: 上田竜太; 斎藤朋子;本田 文江;山地直樹・三谷奈見季・Xiao-Yan Xu・Steve P. McGrath・Fang-Jie Zhao・馬建鋒;國友雄介・寺本潤・山田佳代子・長谷川明子・石浜明
• 通讯作者: 國友雄介・寺本潤・山田佳代子・長谷川明子・石浜明

Quorum Sensing転写因子QseAの調節機能の解析

群体感应转录因子QseA的调控功能分析

• 发表时间: 2009
• 作者: 上田竜太;本田 文江;三谷奈見季・山地直樹・馬建鋒;小林尚貴・寺本潤・五浜明
• 通讯作者: 小林尚貴・寺本潤・五浜明

大腸菌転写因子DeoRの新規標的遺伝子群の同定と制御機能解明

大肠杆菌转录因子DeoR新靶基因的鉴定和调控功能的阐明

• 发表时间: 2009
• 作者: Ma;J.F.;Yamaji;N.;Mitani;N.;中川史之・島田友裕・石田雄士・石浜明
• 通讯作者: 中川史之・島田友裕・石田雄士・石浜明

大腸菌全tRNA遺伝子発現プロファイルの解析

大肠杆菌总 tRNA 基因表达谱分析

• 发表时间: 2009
• 作者: Mitani;N.;Ma;J.F.;長谷川喬彬・梅林章・五浜明・前田理久
• 通讯作者: 長谷川喬彬・梅林章・五浜明・前田理久

バイオフィルム形成統括制御遺伝子csgDの多因子による転写制御機構

生物膜形成调控基因csgD的多因素转录调控机制

• 发表时间: 2010
• 作者: T.Ohta;S.Ogawa;B.Gelloz;N.Koshida;重藤迪子・笹谷努・高井伸雄;田辺明生;小笠原寛
• 通讯作者: 小笠原寛