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微生物由来リボヌクレア-ゼの基質認識および反応の機構の3次元構造に基づく解明

基于3D结构阐明微生物核糖核酸酶的底物识别和反应机制

基本信息

批准号：
01580152
负责人：
中村和郎
金额：
$ 1.22万
依托单位：
Nagaoka University of Technology (1990)The University of Tokyo (1989)
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for General Scientific Research (C)
财政年份：
1989
资助国家：
日本
起止时间：
1989 至 1990
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-01580152/
关键词：
リボヌクレア-ゼ酵素立体構造 X線結晶解析基質認識反応機構

项目摘要

1.リボヌクレア-ゼMs*3'ーGMP複合体結晶の分子置換法による解析は順調に進んだ。すなわち、前年度より高分解能の2A分解能でNative結晶の回折デ-タを収集する事ができた。2.前年度得ることに成功した蛋白分子の格子軸に対するオリエンテ-ションおよび位置から分子モデルを作成し、この粗いスタ-ティング・モデルに対して、電子密度ー分子モデル適合プログラムTOMおよび精密化プログラムPROLSQを用いて精密化を行ったところ、信頼度因子R値は20%をわり、精密なモデルを得ることができた。3.前年度に試みたリボヌクレア-ゼMsと2'ーGMP、3'ーAMP、GfpCなど阻害剤あるいは基質類似体との複合体の結晶化はいずれもX線構造解析可能な結晶を与えた。2の解析の結果に基づき、これらの結晶の解析にも成功し、いくつかの発表を行っている。特に、GfpCとの複合体結晶の解析結果から、本酵素において一般酸として働くのはHis91であることが明確に示された。一般塩基として働く残基の候補としてはGlu57およびHis39が挙げられたが、どちらか特定することはできなかった。4.リボヌクレア-ゼRhに関しては、結晶多形の困難を、結晶母液にMgイオンを共存させることで克服することに成功し、有力な重原子誘導体を数種類得て、重原子位置の決定も決められつつある。まもなく電子密度図も得られるはずであり、今後、解析は順調に進むと思われる。

1. Molecular displacement method for the crystallization of GMP complex. In the past year, the high decomposition energy and 2A decomposition energy of Native crystals have been obtained. 2. In the past year, the lattice axis of protein molecules has been successfully prepared, the coarse lattice axis has been successfully prepared, the electron density has been successfully prepared, and the molecular density has been successfully prepared. 3. The previous year's test showed that the crystal structure of the matrix analog could be analyzed by X-ray structure analysis. 2. The analysis results are based on the analysis results, the analysis results are successful, the analysis results are successful, and the analysis results are successful. In particular, the analysis results of GfpC complex crystals show that the enzyme has a general acid content of 91%. General base residues are candidates for Glu57 and His39. 4. The difficulty of crystallization polymorphism, the blue shift of Mg in crystallization mother liquor, the success of overcoming this problem, the number of kinds of powerful heavy atom inducers, and the determination of heavy atom positions. The electron density is determined by the electron density.