课题基金 / 基金详情

ゲノム情報にもとづいた新規立体構造をもつ制限酵素の探索と機能解析

ゲノム情報にもとづいた新規立体構造をもつ制限酵素の探索と機能解析
基于基因组信息的新型三维结构限制性内切酶的搜寻及功能分析
批准号：
07F07420
负责人：
小林 一三
金额：
$1.47万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2007
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2007 至 2008
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-07F07420/
关键词：
DNAタンパク質相互作用タンパク質立体構造制限酵素無細胞タンパク質合成構造生物学バイオインフォマティクスDNAメチル化DNA切断

项目摘要

项目成果

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制限酵素は分子生物学研究で使われるなかで最も重要な種類の酵素であり、DNAを望む位置で切断するのに使われる。制限酵素と対になっているメチル化酵素は、ホストDNAをメチル化して切断から守り、細胞が死ぬのを防ぐ。当研究室での原核生物ゲノムの系統的な解析から、新しい構造と性質を示す制限酵素候補の存在が示唆された。そのような新しい制限酵素を探すために、私は生化学的実験を行った。実験のデザインは、標的の大腸菌にクローン化し、小麦胚芽由来無細胞発現系を使って発現し、DNA分解活性を調べるというものである。私は、新しいフォールド(基本立体構造)を取る可能性のある12の候補をスクリーンし、2つに制限酵素活性を発見した。それらの認識配列を決定した。これらは、配列のホモロジー検索と立体構造予測から、新しいフォールドを取る可能性が高い。さらに、適切なベクターを選ぶ事によって、そのうち一つのin vivoでの発現に成功した。His-tagを付けての発現によって、3つのカラムを使って、95%以上の純度に精製することができた。タグを取り除き、二つのアミノ酸残基をN端に持つタンパク質を得た。その切断反応の条件を至適化した。認識配列を二つもつDNAを好んで切断するタイプかを検討中である。第2の研究対象は、上のようなデザインで既に当研究室で発見されたPabI制限酵素の解析である。これは、ハーフパイプと呼ばれる溝を持っている。DNAがそこを滑っていき反応がプロセッシブに成る可能性を、様々なDNAを用いて検討している。
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会议论文
Thousands of adaptive changes emerging from thousands of genomes within a species
  • 批准号：
    23K05735
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
  • 资助金额：
    $3.08万
  • 财政年份：
    2023
  • 负责人：
    小林 一三
  • 依托单位：
    National Institute for Basic Biology
制限酵素修飾酵素遺伝子の利己的ライフサイクル:転移・増幅・伝達の実験室での再現
  • 批准号：
    19657002
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for Exploratory Research
  • 资助金额：
    $2.3万
  • 财政年份：
    2007
  • 负责人：
    小林 一三
  • 依托单位：
    The University of Tokyo
制限修飾酵素による遺伝子発現制御と、その制限修飾遺伝子(病原体)・ゲノム(宿主)相互作用での役割
  • 批准号：
    03F03312
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
  • 资助金额：
    $0.77万
  • 财政年份：
    2004
  • 负责人：
    小林 一三
  • 依托单位：
    The University of Tokyo
制限酵素修飾酵素遺伝子の自己増殖
  • 批准号：
    03F03103
  • 项目类别：
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
  • 资助金额：
    $0.77万
  • 财政年份：
    2003
  • 负责人：
    小林 一三
  • 依托单位：
    The University of Tokyo
海外基金