転写因子によるクロマチン構造変化:原子間力顕微鏡による解析

转录因子引起的染色质结构变化:使用原子力显微镜进行分析

基本信息

  • 批准号:
    12028217
  • 负责人:
  • 金额:
    $ 1.34万
  • 依托单位:
  • 依托单位国家:
    日本
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
  • 财政年份:
    2000
  • 资助国家:
    日本
  • 起止时间:
    2000 至 无数据
  • 项目状态:
    已结题

项目摘要

我々は一昨年、原子間力顕微鏡(Atomic Force Microscopy:AFM)を用いて、数千塩基対からなるDNAとコアヒストンとから再構成されたヌクレオソームの定量的可視化に成功し、1つのヌクレオソームあたり146塩基対のDNAが取り込まれることを示した。また、ポジショニングシグナルを有する遺伝子とコアヒストンとからヌクレオソームを再構成すると、ヌクレオソームが遺伝子の期待される位置にポジショニングすること、さらに、この系にヒストンH1を加えるとヌクレオソーム上のDNAの巻きかたが更にtightになることを示した(FEBS Lett.,452:267-271.1999;Proc.Nat'l Acad.Sci.USA,97:7266-7271.)。本研究では、AFMの更なる応用として、再構成ヌクレオソーム系を用いてヌクレオソーム再構築関連因子および転写調節関連因子の作用を解析し、クロマチンレベルでの遺伝子・転写因子の"高次構造・機能協関"の解明を目指した。数千-数万塩基対からなるβグロビン遺伝子のエンハンサー領域(Locus Control Region(LCR))における調節タンパク質Bach1/MafK複合体の結合をAFMで可視化した(五十嵐との共同研究;J.Electron Microscopy,49:407-413.2000)。このLCRには複数のDNaseI Hypersensitive Site(HS1-HS5)が存在し、その中のMaf Recognition Element(MARE)にBach1/Maf複合体が結合することが生化学的に証明されている。我々はAFMを用いて(a)Bach1/Maf複合体が塩基配列により予想される結合部位にそれぞれ結合すること、(b)中でも、HS2にはMAREが2つ存在し、HS2を中心に複数のBach1/MafK複合体を介して多重DNAループが形成されること、(c)その際、HS2上のBach1/MafK複合体は移動しないが、HS3あるいはHS4上のBach1/MafK複合体はDNAループが形成されるとそこから移動することを統計的に示した。これらの事実に基づき、エンハンサータンパク質の作用機構として「ヌクレオソームの"Kiss & Pull"モデル」を提唱した。今後、クロマチンレベルでの転写機構解明に向けて、分子生物学的手法(ヌクレオソーム再構成)と構造生物学的手法(AFM)との組み合わせは強力なアプローチとなると期待される。
In the past year, Atomic Force Microscopy (AFM) has been successfully used to visualize the quantitative analysis of DNA samples from thousands of pairs of DNA molecules. (FEBS Lett.), the DNA sequence of the DNA sequence 452:267-271.1999;Proc.Nat'l Acad.Sci.USA,97:7266-7271.)。This study aims to clarify the "high-order structure-function correlation" of AFM's genetic factors by reconstructing correlation factors and analyzing the role of regulatory correlation factors. AFM visualization of the binding of the regulatory substance Bach1/MafK complex in the Locus Control Region(LCR)(Igarashi Joint Research; J. Electron Microscopy,49:407-413.2000). The LCR contains multiple DNase I Hypersensitive Sites (HS1-HS5), a Maf Recognition Element(MARE), a Bach1/Maf complex, and biochemical evidence. We use AFM to detect (a)Bach1/MafK complex binding sites,(b) Hs2 binding sites,(c) Hs2 binding sites,(d) Hs2 binding sites,(e) Hs2 binding sites, and (e) Hs2 binding sites. The Bach1/MafK complex on HS3 was formed and moved statistically. "Kiss & Pull" is the key to the success of this project. In the future, the mechanism of molecular biology (molecular reconstruction) and structural biology (AFM) will be analyzed and analyzed.

项目成果

期刊论文数量(5)
专著数量(0)
科研奖励数量(0)
会议论文数量(0)
专利数量(0)
K.Takeyasu: "AFM with carbon nanotube resolve the subunit organization of protein complexes."J.Electron Microscopy,. 49:. 415-421. (2000)
K.Takeyasu:“使用碳纳米管的 AFM 解析了蛋白质复合物的亚基组织。”J.Electron Microscopy,。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
K.Takeyasu: "DNA phase transition promoted by replication initiator."Biochemistry,. 39:. 9139-9145. (2000)
K.Takeyasu:“复制引发剂促进DNA相变。”生物化学,。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
K.Takeyasu: "AFP-dependent structural change of the eukaryotic clamp loader protein.RFC"Proc.Nat'l Acad.Sci.USA,. 97:. 14127-14132. (2000)
K.Takeyasu:“真核钳装载蛋白的 AFP 依赖性结构变化。RFC”Proc.Natl Acad.Sci.USA,。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
K.Takeyasu: "AFM proposes a 'Kiss and Pull' mechanism for enhancer function."J.Electron Microscopy,. 49:. 407-413. (2000)
K.Takeyasu:“AFM 提出了增强子功能的‘亲吻和拉动’机制。”J.Electron Microscopy,。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
K.Takeyasu: "Reconstitution of nucleosomes using recombinant histones and CENP-A proteins."Proc.Nat'l Acad.Sci.USA,. 97:. 7266-7271. (2000)
K.Takeyasu:“使用重组组蛋白和 CENP-A 蛋白重建核小体。”Proc.Natl Acad.Sci.USA,。
  • DOI:
  • 发表时间:
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
  • 通讯作者:
{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ journalArticles.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ monograph.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ sciAawards.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ conferencePapers.updateTime }}

{{ item.title }}
  • 作者:
    {{ item.author }}

数据更新时间:{{ patent.updateTime }}

竹安 邦夫其他文献

ナノバイオロジー
纳米生物学
  • DOI:
  • 发表时间:
    2004
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    竹安 邦夫
  • 通讯作者:
    竹安 邦夫
老化研究の最前線
衰老研究的前沿
  • DOI:
  • 发表时间:
    2002
  • 期刊:
  • 影响因子:
    0
  • 作者:
    竹安 邦夫;石川冬木(編)
  • 通讯作者:
    石川冬木(編)

竹安 邦夫的其他文献

{{ item.title }}
{{ item.translation_title }}
  • DOI:
    {{ item.doi }}
  • 发表时间:
    {{ item.publish_year }}
  • 期刊:
  • 影响因子:
    {{ item.factor }}
  • 作者:
    {{ item.authors }}
  • 通讯作者:
    {{ item.author }}

{{ truncateString('竹安 邦夫', 18)}}的其他基金

リボソームの生合成における各要素の構造と機能に関する研究
核糖体生物发生中各元件的结构与功能研究
  • 批准号:
    10F00785
  • 财政年份:
    2010
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
細胞骨格―細胞核の相互作用
细胞骨架-细胞核相互作用
  • 批准号:
    09F09102
  • 财政年份:
    2009
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
分子間力測定、高速イメージング、認識イメージングによる転写調節機構の解明
利用分子间力测量、高速成像和识别成像阐明转录调控机制
  • 批准号:
    09F09313
  • 财政年份:
    2009
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
染色体構造のナノスケール解析
染色体结构的纳米级分析
  • 批准号:
    04F04653
  • 财政年份:
    2004
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
Na/K-ATPaseの新機能:細胞膜から核への情報伝達分子としての役割
Na/K-ATP酶的新功能:作为将信息从细胞膜传递到细胞核的分子
  • 批准号:
    11878116
  • 财政年份:
    1999
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Exploratory Research
原子間力顕微鏡を用いた転写因子/DNA相互作用の解析
使用原子力显微镜分析转录因子/DNA 相互作用
  • 批准号:
    10173215
  • 财政年份:
    1998
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
原子間力顕微鏡を用いたゲノムの構造・機能協関の解析
使用原子力显微镜分析基因组结构和功能关系
  • 批准号:
    10180212
  • 财政年份:
    1998
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (A)
原子間力顕微鏡を用いた転写因子/DNA相互作用の解析
使用原子力显微镜分析转录因子/DNA 相互作用
  • 批准号:
    09277212
  • 财政年份:
    1997
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
カチオン輸送性P-型 ATPaseにおけるイオン輸送ドメインの同定
阳离子转运 P 型 ATP 酶中离子转运结构域的鉴定
  • 批准号:
    09257226
  • 财政年份:
    1997
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
カチオン輸送性P‐型ATPaseにおけるイオン輸送ドメインの同定
阳离子转运 P 型 ATP 酶中离子转运结构域的鉴定
  • 批准号:
    08268229
  • 财政年份:
    1996
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas

相似海外基金

哺乳類特異的なヒストンバリアントH3.1の生理的意義と機能解明
阐明哺乳动物特异性组蛋白变体 H3.1 的生理意义和功能
  • 批准号:
    23K14193
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
精子形成における体細胞型H3から精子型H3T/tへのヒストン置換の意義の解明
阐明从体细胞型 H3 到精子型 H3T/t 的组蛋白替换在精子发生中的重要性
  • 批准号:
    23H02394
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
Comprehensive analysis of acidic patch binder using histone acylation catalysts
使用组蛋白酰化催化剂综合分析酸性贴片粘合剂
  • 批准号:
    22KJ1113
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
Creation of biochemical reaction field for target specific reaction in cellulo, by synthetic chromatin liquid-liquid phase separation
通过合成染色质液-液相分离,为纤维素中的目标特异性反应创建生化反应场
  • 批准号:
    22KJ0929
  • 财政年份:
    2023
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for JSPS Fellows
Studying modification-pattern-dependent structure and function of long chromatin array via reconstitution and single molecule observation
通过重构和单分子观察研究长染色质阵列的修饰模式依赖性结构和功能
  • 批准号:
    22K14016
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
ヒストンの受け渡し活性測定系の開発から探索するヒストンリサイクルの分子機構
通过开发组蛋白递送活性测量系统探索组蛋白回收的分子机制
  • 批准号:
    22K06210
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
ゲノム恒常性を支えるヘテロクロマチン形成機構の解明
阐明支持基因组稳态的异染色质形成机制
  • 批准号:
    22K06182
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Identification of histone modifications responsible for local chromatin compaction affecting transcriptional states
鉴定负责影响转录状态的局部染色质压缩的组蛋白修饰
  • 批准号:
    22K06185
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
Finding of functional lncRNAs using newly developed RADCL-IP-seq technology
使用新开发的 RADCL-IP-seq 技术寻找功能性 lncRNA
  • 批准号:
    22K06187
  • 财政年份:
    2022
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
DNA倍加誘導に必要なクロマチン制御系の解明
阐明 DNA 加倍诱导所需的染色质控制系统
  • 批准号:
    21H04715
  • 财政年份:
    2021
  • 资助金额:
    $ 1.34万
  • 项目类别:
    Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
{{ showInfoDetail.title }}

作者:{{ showInfoDetail.author }}

知道了