DNAアレイを用いた転写因子の標的配列同定法の開発

开发使用 DNA 阵列识别转录因子靶序列的方法

• 批准号: 12878131
• 负责人: 高橋 直樹
• 金额: $ 1.41万
• 依托单位: Nara Institute of Science and Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Exploratory Research
• 财政年份: 2000
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2000 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-12878131/
• 关键词: 転写因子; 標的配列; DNAアレイ; オリゴスクレオチド

本研究は、転写因子の標的配列を明らかにする新しい方法を開発するというものである。転写因子の標的配列を同定する方法としては、ランダムな配列を含む合成オリゴヌクレオチドを、大腸菌発現系を用いて作製した蛋白を用い、抗体カラムやゲルシフトなどで精製をした後、ベクターにクローニングし、塩基配列を決定するという方法がある。しかしこの方法は、精製、クローニング、そして少なくとも数十の独立したクローンの塩基配列の決定と、かなり時間と手間がかかる方法である。本申請の方法は、DNAアレイとハイブリダイゼーションを用いるという方法であり、もしこの方法が確立すれば、きわめて短時間に多くの転写因子の標的配列を特定することができると考え以下の研究を行った。標的配列既知の酵母(MCM1,Matα2)、マウス(Hox)の転写因子に(His)6タグを結合した大腸菌発現コンストラクトを作製しタグ付き転写因子を調製した。MCM1,Matα2については、ランダムな配列を含むオリゴヌクレオチドの混合物から標的配列を濃縮できることをPCR法によって確認した。またDNAアレイによる未知結合配列の検出が可能かどうかは、1000スポットのアレイを試作し、数十倍以上の濃縮があれば検出ができることを確認した。

In this study, <s:1> and 転 write the allocation of factor <e:1> targets を clearly ら にする にする a new <s:1> method を is developed, すると う う を である である である である である である である である Planning to write factor の mark with column を with fixed す る method と し て は, ラ ン ダ ム な match column を む synthesis オ リ ゴ ヌ ク レ オ チ ド を, coliform 発 now を with い て cropping し た を い, antibodies against カ ラ ム や ゲ ル シ フ ト な ど で refined を し た, ベ ク タ ー に ク ロ ー ニ ン グ し, salt base with column を decided す る と い う method が あ る. し か し こ の way は, refined, ク ロ ー ニ ン グ, そ し て less な く と も dozens の independent し た ク ロ ー ン の salt base with の decided と, か な り time between と hand が か か る method で あ る. This application の way は, DNA ア レ イ と ハ イ ブ リ ダ イ ゼ ー シ ョ ン を with い る と い う method で あ り, も し こ の way が establish す れ ば, き わ め て short time に く の planning write factor の mark with column を specific す る こ と が で き る と test under え の を line っ た. Mark with column already know の yeast (MCM1, Mat alpha 2), マ ウ ス (Hox) の planning write factor に (ihs) 6 タ グ を combining し た coliform 発 now コ ン ス ト ラ ク ト を cropping し タ グ pay き planning write modulation factor を し た. MCM1, Mat alpha 2 に つ い て は, ラ ン ダ ム な match column を containing む オ リ ゴ ヌ ク レ オ チ ド の mixture か ら mark column を clotted で き る こ と を PCR method に よ っ て confirm し た. ま た DNA ア レ イ に よ る unknown combined with column の 検 out が may か ど う か は, 1000 ス ポ ッ ト の ア レ イ を try し, dozens of times more の enrichment が あ れ ば 検 out が で き る こ と を confirm し た.