原子レベルでの病態解明に向けたハイスループットなタンパク質相互作用解析法の開発

开发高通量蛋白质相互作用分析方法以阐明原子水平的病理状况

• 批准号: 13204018
• 负责人: 嶋田 一夫
• 金额: $ 3.33万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
• 财政年份: 2001
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2001 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13204018/
• 关键词: 核磁気共鳴法; ゲノム; 構造生物学; ハイスループット; 交差飽和法

ヒトゲノムのDNAマップ作成がほぼ終わりに近づいているが、同定された遺伝子をさらに有効活用していくためには、個々の遺伝子の機能を解明し、実際の病態や薬剤応答性について分子と分子の相互作用レベルでの理解が必須である。本研究ではハイスループットかつ分子間相互作用様式を明らかにするNMR測定システムの確立を目指した。申請者の開発したNMRを用いた交差飽和法によるタンパク質複合体相互作用界面決定法は、複合体のNMRシグナルの観測を行うため、現実的な適用限界はタンパク質複合体の分子量が5万程度のものまでに限られていた。この場合、創薬のターゲットとなる可能性の高い膜タンパク質などの高分子量タンパク質複合体には適用が困難であった。そこで、より高分子量の標的タンパク質複合体に対し適用可能な方法の開拓を行った。交差飽和法の拡張バージョンとして、交換系を用いた「転移交差飽和法」の開発を行った。この手法では界面を同定したい蛋白質(リガンド蛋白質)を標的蛋白質に比べ、過剰に加え、リガンド蛋白質の標的蛋白質に対する結合状態および非結合状態か混在するようにする。ここで、2種の状態が互いに適度な速さで交換している場合、結合状態で生じた交差飽和法の影響を非結合状態を通して観測することかできる。したがって、結合状態の分子量はNMR測定の制限とはならない。実際、抗体結合性蛋白質(6K)と抗体(150K)の系にたいして、転移交差飽和法を試したところ、リカント蛋白質側の界面残基の同定に成功した。したがって、150K以上の蛋白質複合体の界面残基同定法が確立できた。

ヒ ト ゲ ノ ム の DNA マ ッ プ made が ほ ぼ eventually わ り に nearly づ い て い る が, with fixed さ れ た posthumous son 伝 を さ ら に have sharper use し て い く た め に は, a 々 の posthumous son 伝 の function を interpret し, be interstate の pathological や 薬 tonic 応 a sexual に つ い て と molecules の interaction レ ベ ル で の must understand が で あ る. This study で は ハ イ ス ル ー プ ッ ト か つ intermolecular interaction others type を Ming ら か に す る NMR measurement シ ス テ ム の establish を refers し た. Applicants の open 発 し た NMR を with い た job saturation method に よ る タ ン パ ク complex interaction interface は decision method, complex の NMR シ グ ナ ル の 観 measuring line を う た め, now be な applicable limits は タ ン パ ク qualitative complex の が molecular weight 50000 degree の も の ま で に limit ら れ て い た. こ の occasions, gen 薬 の タ ー ゲ ッ ト と な likely の る い membrane タ ン パ ク qualitative な ど の high molecular weight タ ン パ ク qualitative complex に は applicable が difficult で あ っ た. そ こ で, よ り high molecular weight の mark タ ン パ ク qualitative complex に し applicable methods の な develop seaborne を line っ た. A job saturation method の company, zhang バ ー ジ ョ ン と し て, exchange を with い た "poor planning over saturation method" の open 発 を line っ た. を こ の gimmick で は interface with fixed し た い protein (リ ガ ン ド protein) を target protein に than べ, turning に え, リ ガ ン ド protein の target protein に す seaborne る combining state お よ び a combination state か mixed in す る よ う に す る. こ こ で state, two の が mutual い に moderate な speed さ で exchange し て い る occasions, combined with state で じ た job saturation method combining の influence を non state を tong し て 観 measuring す る こ と か で き る. Youdaoplaceholder0 たがって, combined state <s:1> molecular weight <e:1> NMR determination <s:1> limit と と ならな ならな ならな ならな たがって. Be international, antibody binding protein (6 k) antibody (150 k) の と に た い し て, poor planning over saturation method を try し た と こ ろ, リ カ ン ト protein side の interface residues の with fixed に successful し た. Youdaoplaceholder1 たがって, the homogeneity method of interinterface residues of <s:1> protein complexes <e:1> above 150K が established で で た た.

项目成果

Kazuyasu Shindo: "Solution Structure of Micelle-bound H5 Peptide (427-452) : A Primary Structure Corresponding to the Pore-Forming Region of the Voltage Dependent"Biochem. Biophys. Acta.. 1545. 153-159 (2001)

Kazuyasu Shindo：“胶束结合的 H5 肽 (427-452) 的溶液结构：对应于电压依赖性成孔区域的一级结构”Biochem。

Tamiji Nakanishi: "Determination of the Interface of a Large Protein Complex by Transferred"J. Mol. Biol.. (in press). (2002)

Tamiji Nakanishi：“通过转移测定大蛋白质复合物的界面”J。

Tomohisa Aoyama: "Identification and characterization of an antibacterial peptide in The 26-Kda protease of Sarcophaga peregrina having antibacterial activity"J. Biochem.. 130. 313-318 (2001)

Tomohisa Aoyama：“具有抗菌活性的游隼 26-Kda 蛋白酶中抗菌肽的鉴定和表征”J.