课题基金 / 基金详情

制限酵素修飾酵素遺伝子によるゲノムの存続と進化に関する実験的情報学的研究

制限酵素修飾酵素遺伝子によるゲノムの存続と進化に関する実験的情報学的研究
限制性内切酶修饰酶基因对基因组生存和进化的实验和信息学研究
批准号：
13206015
负责人：
小林 一三
金额：
$3.52万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2001
资助国家：
日本
项目状态：
已结题
起止时间：
2001 至 --
来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-13206015/
关键词：
ゲノム構造細菌ゲノム細胞死ゲノム比較遺伝子増幅バイオテクノロジーゲノム進化制限酵素

项目摘要

项目成果

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細菌ゲノムの多型が作られる過程を、制限修飾遺伝子の活動と細菌ゲノムの対応を中心にして解明した。A.ゲノム比較。ごく近縁の細菌の株の全ゲノム配列を制限修飾遺伝子に注目しながら比較して、生物学的知識を駆使してゲノム多型の形成機構を推測した。(A-1)近縁ゲノム比較ツールの開発。以下の過程で、ゲノム比較ツールCGATを改良した。(A-2)Staphlococcus。S.aureusの2株のゲノム配列を比較し、中規模多型をカタログ化し、形成機構を推測した。動く遺伝子塊に乗っている制限修飾遺伝子ホモログを解析した。遺伝子水平伝達の候補を同定した。(A-3)Nelsserla。N.meningitidis(髄膜炎菌)の二株を比較し、制限修飾遺伝子と関連したゲノム多型を検出した。反復配列の関与するゲノム多型をカタログ化した。(B-1)制限修飾遺伝子の増幅。枯草菌染色体上のBamHI制限修飾遺伝子がタンデムに増幅することを発見し、そのダイナミクスを解析した。(B-2)宣言修飾遺伝子のゲノム内移動。大腸菌ゲノム内で、制限修飾遺伝子の存在を脅かすと、染色体攻撃によって、ゲノム再編がおこり、制限修飾遺伝子が別の所に移動し再発現するようになったものが生き残る。その証拠を得た。(B-3)ゲノム中の多型に連鎖している遺伝子の制限修飾酵素活性。Pyrococcusで逆位に連鎖し、あるいは転移している制限修飾遺伝子らしいunknownのORFのうちに、DNA分解活性をもつものを複数同定した。考察:以上の成果は、制限酵素修飾酵素遺伝子が「利己的な動く遺伝子」であり、ゲノムの多型形成に寄与していることを示唆する。
期刊论文(7)
专著(0)
科研奖励(0)
会议论文
N.Handa: "Y. Nakayama, M. Sadykov and I. Kobayashi. Experimental genome evolution : large-scale genome rearrangements associated with resistance to replacement of a chromosomal restriction-modification gene complex"Mol. Microbiol.. 40. 932-940 (2001)
N.Handa：“Y. Nakayama、M. Sadykov 和 I. Kobayashi。实验基因组进化：与染色体限制修饰基因复合物替换抗性相关的大规模基因组重排”Mol。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
小林一三: "ゲノム比較:ゲノムつくり換えていた制限酵素修飾酵素遺伝子"蛋白質核酸酵素、臨時増刊号「ゲノムサイエンスの新たなる挑戦」. 46. 2393-2399 (2001)
小林一三：“基因组比较：重建基因组的限制性酶修饰酶基因”，蛋白质核酸酶，特刊“基因组科学的新挑战”46。2393-2399（2001）
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
Y.Fujitani: "A reaction-diffusion model for interference in meiotic crossing-over"Genetics. (in press).
Y.Fujitani：“减数分裂交叉干扰的反应扩散模型”遗传学。
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
I.Kobayashi: "Behavior of restriction-modification systems as selfish mobile elements and their impact on genome evolution"Mol.Microbiol.. 40. 932-940 (2001)
I.Kobayashi：“限制性修饰系统作为自私移动元件的行为及其对基因组进化的影响”Mol.Microbiol.. 40. 932-940 (2001)
DOI： --
发表时间：
期刊：
影响因子： --
作者： []
通讯作者：
共 7 条
    Thousands of adaptive changes emerging from thousands of genomes within a species
    • 批准号：
      23K05735
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
    • 资助金额：
      $3.08万
    • 财政年份：
      2023
    • 负责人：
      小林 一三
    • 依托单位：
      National Institute for Basic Biology
    制限酵素修飾酵素遺伝子の利己的ライフサイクル:転移・増幅・伝達の実験室での再現
    • 批准号：
      19657002
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for Exploratory Research
    • 资助金额：
      $2.3万
    • 财政年份：
      2007
    • 负责人：
      小林 一三
    • 依托单位：
      The University of Tokyo
    ゲノム情報にもとづいた新規立体構造をもつ制限酵素の探索と機能解析
    • 批准号：
      07F07420
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for JSPS Fellows
    • 资助金额：
      $1.47万
    • 财政年份：
      2007
    • 负责人：
      小林 一三
    • 依托单位：
      The University of Tokyo
    制限修飾酵素による遺伝子発現制御と、その制限修飾遺伝子(病原体)・ゲノム(宿主)相互作用での役割
    • 批准号：
      03F03312
    • 项目类别：
      Grant-in-Aid for JSPS Fellows
    • 资助金额：
      $0.77万
    • 财政年份：
      2004
    • 负责人：
      小林 一三
    • 依托单位：
      The University of Tokyo
    海外基金