ショウジョウバエの脚の分化に関わる転写調節因子の構造解析

果蝇腿分化相关转录调控因子的结构分析

• 批准号: 06J10862
• 负责人: 宮園 健一
• 金额: $ 1.22万
• 依托单位: The University of Tokyo
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for JSPS Fellows
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2007
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-06J10862/
• 关键词: 構造解析; 転写調節; 分化

ショウジョウバエの肢形成に関与する転写調節因子AlとCllは共同的にDNAに結合する。その分子機構の構造学的な基盤を解明するため、Al-Cll-DNA三者複合体の構造機能解析を行った。これらの転写調節因子の共同的なDNA結合に必要な最小領域の決定を行ったところ、Alのホメオドメイン領域およびCllのホメオドメイン領域とその上流14残基、下流6残基の領域が、共同的なDNA結合に必須であることが示された。この領域のCllが存在する条件では、AlホメオドメインのDNAに対する.解離定数(Kd)は、大きく低下することが明らかになった。Al-Cll-DNA三者複合体の立体構造をX線結晶構造解析によって決定した。得られた三者複合体の構造を詳細に解析することにより、AlとCllによる共同的なDNA結合機構に関与する構造上の特徴が明らかになった。一つ目はCllの保存領域の末端に位置する残基とAlホメオドメインとの間の二つの塩橋形成、二つ目は、AlとCllの共同的な作用によって引き起こされるDNAの構造変化である。一つ目の機構によって、タンパク質分子間に塩橋が形成され複合体の安定化がもたらされており、二つ目の機構によって、Clホメオドメイン上流領域によるDNAの minor groove側からの特徴的な塩基認識が可能となっていた。これらの特徴的な構造の形成に関与する残基のアラニン変異体を作成し、その重要性を評価した。その結果、どの変異体に関しても変異導入前のものと比較して三者複合体形成能が低下しており、AlとCllの共同的なDNA結合機構に重要な役割を果たしていることが明らかになった。以上の結果をふまえAlとCllの共同的な複合体形成は 1.AlがDNAに結合、 2.AlとCllが共同的に作用することにより、DNAの mirnor grooveを拡張 3.Clホメオドメイン上流領域がDNAと相互作用し、三者複合体を形成、 4.タンパク質分子間の塩橋形成による複合体の安定化、の4段階で起こると結論付けた。

In this paper, the DNA combination of the limb formation and the Al Cll is introduced. The basic principles of computer science in molecular institutions show that the complex of Al-Cll-DNA and DNA can be used to analyze bank data. If you want to write the common DNA combination of the factors, you must use the minimum domain to determine that the line must be checked, and that the Al must be displayed in the upper 14 residues, the lower 6 residues, and the common DNA combination. In the field of Cll, there are some conditions, such as Al conditions, DNA conditions. Release the number of quarantines (Kd), large and low, please understand that the data is not available. The analysis of the X-ray crystal structure of the three-dimensional complex of Al-Cll-DNA and the determination of the X-ray structure. The three copies of the complex system are used to analyze the common DNA binding mechanism of the three components, and to make the special information. One goal Cll saves the end of the field, the residue Al, the location, the formation of the two, the Cll of the Al, the role of the DNA, the formation of the chemical. One is that the target machine is responsible for the formation of a complex, the other is the stabilization of the target, the second is the Cl, and the other is the high-level knowledge of the DNA, minor groove, and so on. The formation of the body, the importance of the body, the formation of the body, the formation of the body and the importance of the body. The results of the experiment and the results show that the three complexes of the pre-entry system and the pre-entry system form a complex that can lower the level of Al and Cll, which is one of the most important parts of the DNA combination mechanism. it is an important part of the system. The above results show that the common complex of Al Cll forms the combination of 1.Al DNA, the common action of 2.Al Cll, the interaction of DNA and mirnor groove, the interaction of upstream DNA, the formation of the three complex, 4. The complex is stabilized by the formation of intermolecular interaction, and the transition is initiated at the end of the 4th segment.

项目成果

Cloning, expression, purification, crystallization and preliminary crystallographic analysis of selenomethionine-labelled KaiC-like protein PH0186 from Pyrococcus horikoshii 0T3.

堀越火球菌 0T3 硒代蛋氨酸标记的 KaiC 样蛋白 PH0186 的克隆、表达、纯化、结晶和初步晶体学分析。

• 发表时间: 2007
• 期刊: Acta Crystallograph Sect F Struct Biol Cryst Commun. 63
• 作者: Ming H;Miyazono K;Tanokura M
• 通讯作者: Tanokura M

Cloning,expression,purification,crystallization and preliminary crystallographic analysis of selenomethionine-labelled KaiC-like protein PHO186 from Pyrococcus horikoshii OT3

堀越火球菌OT3硒代蛋氨酸标记KaiC样蛋白PHO186的克隆、表达、纯化、结晶及初步晶体学分析

• 发表时间: 2007
• 期刊: Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun 63
• 作者: K.Inoue;Y.Ashikawa;Y.Usami;H.Noguchi;Z.Fujumoto;H.Yamane;H.Nojiri;Yamamura A;Miyazono K;Miyazono K;Ming H
• 通讯作者: Ming H

Crystal structure of STSO42,a stand-alone RAM moduleprotein,from hyperthermophilic archaeon Sulfolobus tokodaii strain7

来自超嗜热古菌 Sulfolobus tokodaii 菌株的独立 RAM 模块蛋白 STSO42 的晶体结构

• 发表时间: 2008
• 期刊: Proteins 71
• 作者: K.Inoue;Y.Ashikawa;Y.Usami;H.Noguchi;Z.Fujumoto;H.Yamane;H.Nojiri;Yamamura A;Miyazono K
• 通讯作者: Miyazono K

新規DNA結合フォールドを持つ制限酵素PabIのX線結晶構造解析

具有新型 DNA 结合折叠的限制性内切酶 PabI 的 X 射线晶体结构分析

• 发表时间: 2007
• 作者: Ming H;Kato Y;Miyazono K;Ito K;Kamo M;Nagata K;Tanokura M;宮園 健一
• 通讯作者: 宮園 健一

Novel protein fold discovered in the PabI family of restriction enzymes.

• DOI: 10.1093/nar/gkm091
• 发表时间: 2007
• 期刊: NUCLEIC ACIDS RESEARCH
• 影响因子: 14.9
• 作者: Miyazono, Ken-ichi;Watanabe, Miki;Kosinski, Jan;Ishikawa, Ken;Kamo, Masayuki;Sawasaki, Tatsuya;Nagata, Koji;Bujnicki, Janusz M;Endo, Yaeta;Tanokura, Masaru;Kobayashi, Ichizo
• 通讯作者: Kobayashi, Ichizo